新冠肺炎疫情發生後，吉林省生態環境廳迅速成立了廳新冠肺炎疫情防控工作領導小組，全面統籌開展生態環境相關的疫情防控工作。實施了廳領導分片包保的幫扶機制，上下聯動，細化完善工作措施，系統部署了全省疫情防控生態環境監管和全省生態環境系統人員疫情防控工作。
針對醫療廢物的處置，吉林省生態環境廳堅持突出重點、分類指導。第一時間組織疫情防控檢查組分赴長春、吉林、四平、公主嶺、松原等地區醫療廢物處理廠，對疫情期間醫療廢物處理工作進行現場督導檢查，督促企業落實責任、規範管理，對發熱門診產生的醫療廢物妥善處理，做到專人專車收集運輸和處置，嚴守操作流程，寧繁勿簡。密切關注醫院汙水處理工作，在保障城市汙水處理廠達標處理的基礎上，重點防止糞大腸菌群超標。目前已對全省11個醫療廢物集中處置設施進行現場檢查。
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