尿频、尿急、尿痛的病因很多，主要是膀胱和尿道疾病，包括感染性疾病如普通细菌、结核杆菌、真菌、病毒、寄生虫引起的膀胱炎、尿道炎、前列腺炎、尿道旁腺炎、尿道憩室炎、龟头炎、阴道炎、尖锐湿疣；非感染性炎症如间质性膀胱炎、放射性膀胱炎、化学性膀胱炎（环磷酰胺、避孕药或泡浴等引起）；结石如膀胱结石、尿道结石、输尿管下段结石；膀胱、尿道、前列腺肿瘤；膀胱或尿道内异物等。
膀胱瘘、尿道狭窄、肉阜、尿道口过小、处女膜伞异常，包茎等也可以引起尿频、尿急、尿痛。除膀胱和尿道疾病外，肾盂肾炎、肾积脓、肾结核等肾脏疾病，膀胱、尿道邻近器官如子宫、卵巢、结肠等的疾病，癔病、神经性膀胱等精神神经系统疾病和白塞病等全身性疾病都可以引起尿频、尿急、尿痛。
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