在2014年10月開始機關事業單位養老保險改革前，事業單位中退休人員的養老金由原單位發放，因此對於自收自支事業單位來說，負擔會比較重。而改革後，已經退休的“老人”的養老金不再由本單位自己來直接發養老金，而改成社會化發放，因此不管是自收自支還是全額撥款，退休後養老金的來源都沒有什麼區別了。
同時機關事業單位在編人員每個月也開始需要繳納社保，這就意味著退休後的養老金的來源就是自己和單位平時繳納的社保，平時繳納的社保金額越高，繳納的年限越長，退休後領取的養老金也就越多。
自收自支性質的事業單位主要存在於生產經營類事業單位，按照事業單位分類改革要求，這部分事業單位將在2020年底前全部改企。關於這點，沒有異議。
不過，過去受編制總量控制同時不增加財政負擔等方面影響，在部分地區特別是縣區、鄉鎮一級，也有將公益二類事業單位設置為自收自支的案例。這類事業單位主體職責是公益服務，同時具備一定的收費或經營職責，但不足以維持整個單位的正常運轉，很多時候仍需要財政撥款。出於政事分開、事企分開考慮，這類事業單位在改革中將被剝離收費或經營職責，改為公益一類全額撥款事業單位。其在職在編人員隨單位改制置換身份，由自收自支轉為全額撥款。原退休人員按照老人老辦法原則處理，繼續領取相應的退休金，不受單位改革影響。退休人員企望通過單位改革提高養老金待遇不太現實。
現在機構改革都採取編制和機構限額管理，單位逆向轉性和個人逆向調動一樣都非常難。因此，事業單位由自收自支一步到位轉全額撥款實際上極為少見。比較常見的是從差額撥款改全額的，比如鄉鎮衛生院，但佔比也不大。
總之退休人員在退休時已經移交社保接管，由社保發放養老金，單位除逢年過節有些許慰問金外，對退休人員不再承擔其他義務。因此無論單位怎麼改革，實質上與退休無關，更不存在由自收自支轉全額的概念。
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