正常情况下，肠道各种细菌种群与宿主相互依存和相互制约，维持种动态的生态平衡，一旦受到宿主及外环境变化的影响，平衡状态就会被打破，形成破坏生理性组合，生成病理性组合，从而造成肠道菌群失调并参与些疾病的发生。
失调类型
(1)比例失调。按严重程度可分为三类，I度:细菌定量上发生改变，没有明显的或仅有轻微的临床症状，病变是暂时性和可逆性的，去除引起菌群失调的病因后可自行恢复;II度:肠道菌群失调并引起了明显的临床症状，为不可逆性，去除病因后仍维持菌群失调的状态;I度:肠道正常菌群被过度繁殖的过路菌所替代，引起感染症状，又称菌群交替症。
(2)定位转移。又称易位，是指肠道细菌及其产物越过肠道黏膜屏障向肠系膜淋巴结肝、脾、肾等肠外组织迁移的过程。小肠细菌过度生长、肠道通透性增高及机体免疫防御功能低下是易位发生、发展的主要原因。定位转移又可分为横向转移和纵向转移两类。横向转移是指肠道正常菌群由原位向周围转移，如大肠菌群向小肠转移;纵向转移是指肠道正常菌群由原位向肠黏膜深层乃至全身转移，如细菌通过黏膜屏障进入血液。目前主要的防治措施包括营养支持增强肠黏膜屏障功能选择性肠道去污染、肠道微生态制剂及抗氧化剂等。
(3)自身感染。当机体抵抗力低下时，肠道的正常菌群可以转化为条件致病菌引起机体自身的感染。自身感染多见于免疫功能受损或危重病患者，通常是肠道菌群比例失调和定位转移共同作用的结果。
致病因素
引起肠道菌群失调的原因复杂多样，主要包括药物因素、饮食习惯、年龄因素、肠道动力异常以及肠道免疫功能障碍等。
(1)药物因素。抗生素、免疫抑制剂细胞毒性药物、激素及抗肿瘤等药物的使用均可引起肠道菌群失调。尤其是长期使用广谱抗生素可使肠道敏感菌被物制，耐药菌过量繁殖，这是导致肠道菌群失调最常见的原因。经研究人员研究发现,抗生素所致肠道菌群失调的水平与用药剂量相关，高剂量组菌群变化更明显，此外，益生菌有稳定并增加肠道优势菌在肠道菌群中的作用，这使医师在以后的治疗方案决定中,需要考虑到肠道微生态平衡，更加合理地使用抗生素。
(2)饮食习惯。饮食习惯可以影响肠道菌群的种类和数量，不良的饮食习惯会破坏肠道菌群的平衡。科学家们发现高脂饮食会改变肠道菌群，而在低脂饮食中加人纤维对保存肠道结构及功能有益。因此，调整膳食结构及养成良好的饮食习惯对维持肠道菌群动态平衡有重要作用。
(3)年龄因素。肠道菌群会随年龄的变化而变化,有研究表明老年人肠道内双歧杆菌数量显著减少，肠杆菌和肠球菌数量增加，肠道定植抗力下降。老年人肠道菌群失调可能与退行性及感染性疾病的易患性增加相关。因此，在老年肠道菌群失调相关疾病中，适当应用微生态制剂有利于老年人身体健康的恢复。
(4)肠道动力异常。正常的肠道运动是阻止肠道菌群失调的一一个重要手段。小肠消化期和消化间期的正常运动具有清除细菌的作用,小肠动力障碍时,小肠移行性复合运动的强度减弱,小肠转运速度及食物推进速度减缓,致使细菌在肠道内滞留时间过长、大量繁殖，促进了肠道菌群失调的形成。
(5)肠道免疫功能障碍。黏膜固有层的浆细胞是肠道正常免疫功能的主要来源，它可以产生大量对肠道细菌有抑制作用的免疫球蛋白。分泌型免疫球蛋白A是肠黏膜主要的免疫球蛋白，对黏膜抵抗固有及入侵的病原体有重要作用，亦是阻止肠道细菌移位的重要环节。当肠道免疫功能出现障碍时，分泌型免疫球蛋白A缺乏，肠道细菌会因失去监控而过度繁殖，造成肠道菌群失调。
(6)器官移植。当人体内部环境发生变化时，肠道微生态被破坏，出现菌群失调，进而导致系列相关疾病发生。有研究表明肝移植术后肠道菌群失调的发生率高，手术后14天内为高发时段。且经统计学分析，手术后抗生素的使用时间与肠道菌群失调的发生具有显著的相关性，随着抗生素使用时间的延长，肝移植术后 肠道菌群失调的发生率逐渐升高。故对于感染患者或者有潜在感染风险的患者，在选取抗生素时,不但要考虑到致病菌的耐药性特点及抗生素的使用种类，还要考虑使用时间,不可滥用抗生素以及严格规定抗生素的使用范围。
其他如外伤、重症感染、化学物品、精神疾病、肿瘤等因素均可导致肠道菌群失调。
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