1913年，傅斯年考入北京大学预科，当时北大预科分甲乙两部，甲部重数学及自然科学，乙部重文史，傅在乙部学习，由于国学底子好，四年考试三次全班第一。1916年，傅斯年入北京大学国学门。
初入北大时，傅斯年虽然只有十七八岁，但他的治学功底甚至强过了北大当时的某些教授。
北大同学聂湘滨回忆说：“据我了解他（傅斯年）很少上课，成天泡在图书馆里，博览群书。当时有些教授就怕给他上课，往往在课堂上，他提出的问题，老师答不上来。使教师更难为情的是，他会当面指责教师讲错了，并有根据地说：这个问题某某书上是怎么讲的，某某先生是怎么说的，我认为该怎么理解，经常把老师弄得张口结舌，下不了台”。
傅的好友罗家伦回忆说：“在当时的北大，有一位朱蓬仙教授，也是太炎弟子，可是所教的《文心雕龙》却非所长，在教室里不免出了好些错误……恰好有一位姓张的同学借到朱教授的讲义全稿，交给孟真。孟真一夜看完，摘出三十几条错误，由全班签名上书校长蔡先生，请求补救，书中附列这错误的三十几条。蔡先生对于这些问题是内行，看了自然明白……”可蔡元培不信这是学生们自己发现的，为防教授们互相攻讦，于是突然召见签名的全班学生。同学们慌了，害怕蔡元培要考，又怕傅斯年一人承担这责任未免太重。于是大家在见蔡先生之前，一人分担了几条，预备好了方才进去。果然蔡先生当面口试，同学们回答得头头是道。考完之后，蔡先生一声不响，同学们也一声不响，一一鞠躬鱼贯退出。过后不久，朱蓬仙果然不再教这门课，而换成了黄侃。
傅斯年的天纵之才为同学极力推崇，甚至有人称赞这位山东才俊是“孔子以后第一人”、“黄河流域的第一才子”。平日，某若问另一同学是中文系哪班，若对方回答是傅斯年那班的，彼此肯定会心一笑。因为有傅斯年“压”着，别人休想翻身。后来，傅斯年到欧洲留学，被傅斯年誉为“中国最有希望的两个读书种子”的俞大维竟也赶忙弃学文史而改择理科，他说：“搞文史的人当中出了个傅胖子，我们就永无出头之日了！”
当时，黄侃等人皆将傅斯年视为衣钵传人，傅斯年也以其师为楷模，就连穿着打扮也刻意模仿黄侃：一袭长衫，一把大葵扇，一卷古书。但因为一个人的出现，傅斯年的人生再次发生了改变，这个人就是胡适。
1916年11月，蔡元培出任北大校长，提出“兼容并包”的办学方针。次年，胡适从海外归来后，被聘为北大教授，讲授中国哲学史，但其讲授的内容和方法与众不同，当时就读于北大哲学系的顾颉刚后来说：“觉得他（胡适）讲的虽是哲学，不啻讲的史学，更不啻讲的是治史学的方法。他用实验主义的态度讲学问，处处是出我意外，入我意中。”不过胡的授课方式却在学生中引起不小的争议。有人认为胡适远不如国学大师陈汉章，想把他赶走；有人则认为，胡适读的书虽然没有陈汉章多，讲课却颇有新意。顾于是想起在学生中颇有威望的好友傅斯年，想让傅去听一听胡适的课，傅斯年开始以自己不是哲学系的推脱，顾说：“你虽不是哲学系学生，又何妨去听一听呢？”傅斯年最终接受了顾的建议，专门去听了几堂胡适的课，并且做足功课，在课堂上以请教为名向胡适发问，胡适一一作答，傅则步步紧逼，一问一答之间，胡适的汗就下来了。胡适后来坦白地说，他当时就发现了，这批学生尽管“年轻但是却相当成熟，而对传统学术又颇有训练”，有“几个学生的学问比我强”。
后来回忆起这段日子时，胡适感慨地说：“那时北大中国哲学系的学生都感觉一个新的留学生叫做胡适之的，居然大胆地想纹断中国的哲学史；因为原来讲哲学史的先生们，讲了两年才讲到商朝，而胡适之一来就把商朝以前的割断，从西周晚年东周说起。这一班学生们都说这是思想造反；这样的人怎么配来讲授呢？那时候，孟真在学校中已经是一个力量。那些学生们就请他去听听我的课，看看是不是应该赶走。他听了几天以后，就告诉同学们说，‘这个人书虽然读得不多，但他走的这一条路是对的。你们不能闹。’我这个二十几岁的留学生，在北京大学教书，面对着一般思想成熟的学生，没有引起风波；过了十几年以后，才晓得是孟真暗地里做了我的保护人。”
听过胡适的课之后，傅斯年对胡适的治学方法很是认同，从此之后，便疏远了黄侃等章氏门生，不时趋访胡适，请教学问，纵论时局。在胡适的家里，傅斯年结识了同在北大读书但并不在一个系里的罗家伦。对此罗家伦回忆说：
“我和孟真是1917年在北京大学认识的……我们开始有较深的了解，却在胡适先生家里。那时我们常去，先则客客气气的请教受益，后来竟成为讨论争辩肆言无忌的地方。这时期还是适之先生发表了《文学改良刍议》以后，而尚未正式提出“国语的文学，文学的国语”，也就是未正式以文学革命主张作号召以前。适之先生甚惊异孟真中国学问之博与精，和他一接受以科学方法整理旧学以后的创获之多与深。适之先生常是很谦虚地说，他初进北大做教授的时候，常常提心吊胆，加倍用功，因为他发现许多学生的学问比他强。（抗战胜利后的第二年，适之先生于北大校庆之夕，在南京国际联欢社聚餐时演讲，就公开有此谦词。）这就是指傅孟真、毛子水、顾颉刚等二三人说的。当时的真正国学大师刘申叔（师培）、黄季刚（侃）、陈伯弢（汉章）几位先生，也非常之赞赏孟真，抱着老儒传经的观念，想他继承仪征学统或是太炎学派等衣钵。孟真有徘徊歧路的资格，可是有革命性、有近代头脑的孟真，决不徘徊歧路，竟一跃而投身文学革命的阵营了。以后文学革命的旗帜，因得孟真而大张。”
随着与胡适交往日深，傅斯年尽弃旧学，转而投向新文学阵营。1918年，傅斯年与同学罗家伦、顾颉刚等人组织新潮社，通过陈独秀向蔡元培提出申请，蔡同意从北大每年4万元的经费中拨出2000元作为办刊经费，于是新潮社由胡适做顾问，创办《新潮》月刊，与《新青年》同声相呼。
周作人在《知堂回想录》中说：“《新潮》的主干是傅斯年，罗家伦只是副手，才力也较差，傅在研究所也单认了一种黄侃的文章组的‘文’，可以想见一年之前还是黄派的中坚。但到七年十二月，就完全转变了。所以陈独秀虽自己在编《新青年》，却不自信有这样的法力，在那时候曾经问过我，‘他们可不是派来做细作的么？’我虽然教过他们这一班，但实在不知底细，只好成人之美说些好话，说他们既然有意学好，想是可靠的吧。”
傅斯年在《新潮》上发表了40多篇文章，内容涉及文学语言、社会政治、道德伦理、哲学历史等领域，随着新文学运动影响日大，最初销量不佳的《新青年》、《新潮》发行量大增，傅斯年也随之蜚声文坛，成为北京大学著名的学生领袖。胡适在《中国文艺复兴运动》一文中说：“《新潮》杂志，在内容和见解方面，都比他们的先生们办的《新青年》还成熟得多，内容也丰富得多，见解也成熟得多。”
摘自落尘《民国的底气》
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