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防治赤霉病一般要看小麦生育期，即见花打药，在结合气象条件及品种进行科学防治为宜。
小麦赤霉病为气候性病害，一般在田间充足菌源情况下，抽穗扬花期有2-3天以上连阴雨，或长时间田间湿度过大，雾霾天气较多，麦穗结露情况下容易引起流行发生及其为害。因为小麦齐穗至扬花时也是赤霉病最容易侵染的敏感生育期，因此通常情况下，小麦赤霉病要在小麦初花期及时喷药，以及时杀灭附着在小麦颖壳上的赤霉病病菌，防止进一步控制为害麦穗穗轴。一般药剂可以选用丙硫菌唑戊唑醇或氰烯菌酯己唑醇，丙硫菌唑或氰烯菌酯等药剂，对赤霉病防治均有很好效果，同时还能降低赤霉毒素含量，有利于提高小麦产量和品质。但是对于感病品种，或抽穗扬花期阴雨天气多，田间小麦生育期不一致，扬花时间比较长的小麦，一般还要在药后的5-7天在喷施防治一次。如果小麦灌浆后雨日天气比较多的，通常还要进行第三次防治，才能确保赤霉病有效防控，尤其在今年赤霉病大发生的态势下，赤霉病防治一定要保障两次喷药不动摇，看天气情况决定是否第三次施药。
小麦赤霉病发生流行和为害程度于小麦品种感病，菌源量和气候条件息息相关，尤其抽穗扬花期于赤霉病病菌释放期高度吻合，加之田间湿度过大或雨日天气多就会发生流行，因此赤霉病防治除选用对路药剂，并足量用药和用足水量，选用雾化好机械喷药外，还有确保在晴天小麦见花打，阴天小麦齐穗打，雨天抢前或雨停间隙打（药剂中加入安融乐增效剂喷施）。通常药后2小时内遇雨不影响防效。
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在小麦齐穗始花期开始喷施，间隔5—7天再喷施一次，连喷2—3次，施药后3—6小时内遇雨，雨后应及时补治。喷药秘诀是：晴天见花打，阴天见穗打，雨前抢先打，雨停间隙打，农户见花打，大户见穗打，抢先打好“预防药”，二次用好“补救药”，杜绝喷施“后悔药”。如开花过后才开始施药，那时赤霉病菌已经侵染，防效就会很差。
