失去
大自然的进化为什么不允许生物近亲繁殖？
其实并非是大自然不允许，而是在绝大部分动物的繁衍体系中，近亲繁殖时出生的幼体成活率比较低，身体有缺陷的可能性增加，在残酷的自然环境中难以生存，进入了自然淘汰的行列！当然作为现代人类也知道是什么原因造成的，但问题是为什么自然界的规律会是这样呢？
其实近亲繁殖在希腊神话中简直就是很平常的一件事，但神仙也许没事，人类有事不？
一、近亲繁殖的后果
动物的近亲繁殖有一点是比较肯定，能够保留比较有特色的基因，比如纯种宠物，有些条件不是很充分的条件下只能近亲繁殖，出生的宠物如果凑巧的话会比较健康，而且毛色、体态以及整个外观与父母辈差异并不大，因为并没有杂种基因的介入，但有比较大的概率会将两者共有的基因却选继承下来，可能在父母辈是隐性的，如果近亲繁殖，则没有正常的基因来补充，那么在下一代就会变成显性，这就是优点更优，但缺点却暴露无遗的一种方式，也许可以赌一把，但风险是比较大的！
而人类中的表现则可能更为严重一些，在欧洲历史上，曾经有很多为了保证家族血统而出现近亲结婚，当然后果也是严重的！比如欧洲历史上最显赫的哈布斯堡家族曾经统治过奥地利，比利时，匈牙利等多个国家，但在18世纪突然衰落，西班牙科学家研究后认为乱伦和近亲结婚是导致这个欧洲皇室家族衰落的重要原因。
假如一种遗传疾病在普通人群中发生的概率是千分之一，那么在非近亲人群中的后代概率将是百万分之一，而在同胞兄妹之间的后代将上升到八千分之一！当然表兄妹之间的概率会比同胞兄妹低一些，但仍然属于极高的概率（三万二千分之一）！
二、演化与进化的规律
即使到现在为止也仍然有很多人并不相信达尔文的《演化论》，从根本上怀疑大自然的自我优化能力，其实这并不是大自然所然，而是自身的原因，比如近亲繁殖后先天畸形、早产和流产、幼儿夭折的风险增加，如果在动物界，即使成长被猎杀的概率极高！那么很自然它不会成为一个种群繁衍的优良种子！
当然自然规律所涉及的并不只是近亲繁殖，这只是自然界的淘汰方式！还会有择优演化的方式，与淘汰相反，从物种诞生以来就在不断的突变，这是生物自身在生长繁衍过程中的一个自然进程，如果出现一个非常强壮，适应自然的品种，那么很自然它会得到生存与亲睐，作为种群的优秀基因是肯定的，但如果这个种群是封闭的，走向没落又是必然，所以分化与发展也是个中极为关键的要素！
有研究表明，欧洲人的近亲尼安德特人灭绝的一个因素可能就是因气候变化，种群独立，近亲繁殖的后代增多导致没落！
三、自然界有近亲繁殖却没有灭绝的案例吗？
也许科莫多巨蜥算一号，但它却快灭绝了，尽管它仅仅只需要雌性即可繁殖，科莫多巨蜥也算是世界上比较稀有的物种之一，野外仅存3000只！
只需要雌性即可繁殖的现象叫做孤雌生殖，真实案例是英国的切斯特郡立动物园在2006年5月，一只雌性科莫多龙居然发生了孤雌生殖！
星辰大海路上的种花家
看过一个BBC的纪录片，专门讲纯种狗的，有纯种犬洁癖的人类为了保持犬类的“优良血统”，在数十年中，利用纯种狗进行交配繁殖。
比如，巴哥犬的近亲繁殖就非常之严重，在英国，纯种巴哥犬数量超过10000只，但是他们的所有DNA可能仅仅来自于50只巴哥犬。
这种近亲繁殖，给狗带来了严重的疾病风险，而且很夸张：
查尔斯国王骑士獚犬因为头骨太小而不能容纳大脑；牛头犬的怪异形状致使他们无法自然交配生产；金毛犬极易患上癌症……
它们更像是人类生产的产品，而非大自然界的动物。
如果有兴趣可以找来看看，片名为《Pedigree Dogs exposed》。
之所以不能近亲繁殖，从遗传学角度来看非常简单。
我们每个人都会携带一定数量的隐性疾病遗传基因，携带状态为Aa（正常人为AA），这种状态是不会表现出疾病的。而携带状态为aa的则会表现出疾病。
如果近亲结婚，两方看似正常，却都是Aa，这样组合就很容易出现aa的患病者。而非近亲结婚，这种遗传病出现的概率就大为降低了。
这也是欧洲原来皇室近亲结婚，虽然保住了皇室血脉，后代却产生了各种疾病的原因。
著名的生物学家孟德尔，本身就是遗传学的鼻祖，但是他却爱上了自己的表妹，爱情无法阻挡，但两个人最后生下的孩子都夭折了。
还有达尔文，它的进化论革命了生物学，但讽刺的是，他却在挑战“进化论”，娶了自己表姐，他们生了10个孩子，都是非死即病。
可见近亲繁殖的遗传病病发率有多高。
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科学重口味
大自然很冤枉：我什么时候不允许近亲繁殖了？你们可以尽情地近亲繁殖，我不会不允许，但会造成什么结果我就管不了了！自己的事情自己负责！
拿人类举例子，大自然并不反对人类近亲结婚，多数情况下是人类自己不允许近亲结婚，与大自然并没有直接关系。因为我们是智慧物种，我们知道近亲结婚的后果！
而在动物界大自然同样不反对近亲繁殖，不过在进化的过程中近亲繁殖的动物基本上很快就会走向灭亡，被大自然淘汰掉！
为什么会这样？简单说因为近亲繁殖的双亲拥有很多相似的致病基因，当他们的基因结合时，在遗传过程中相似的致病基因结合的概率会很高，这时候下一代就会显现出致命基因，出现各种天然缺陷，很容易被淘汰！
而在非近亲繁殖中，拥有相同致病基因的概率非常低，所以下一代出现有缺陷的几率当然更低！
就像并没有人真的不让你酒后开车，喝酒后你可以尽情地开车，也不一定会被警察抓到（就像近亲繁殖也并非一定会把致病基因遗传给下一代），但一旦被抓到，结果是可以想象的！
总之一句话，大自然从来不反对任何事情的出现，在大自然眼里，没有什么是不允许的！
宇宙探索
无论是杂交，还是近亲繁殖都是大自然中的一种选择，近亲繁育也有一定好处，当然更大概率的是坏处，好处就是可以保持优良纯种的性状，坏处当然是极大的增加了各种致病遗传的概率，被自然淘汰。
典型的例子就是，人类饲养宠物时，为了自己的喜好，盲目追求所谓的“纯种”，使得狗狗等宠物大量的近亲繁育，看起来都维持了漂亮的皮毛，纯良的血统，但这种违背自然规律的做法，使得很多宠物患上了严重的遗传疾病，导致身体畸形，行动障碍，很难生存。
而对于人类来讲，在历史上，欧洲很多贵族为了维持高贵的血统，也是经常近亲结婚。我国古代也有很多像贾宝玉和薛宝钗这样的表哥表妹成婚，近亲结婚可能保留有利的基因，但同时使各种有害的隐性基因表达出来，古代婴幼儿的死亡率比较高，这也算大自然的一种淘汰机制。
现代社会，有钱人可以通过基因检测，或者基因编辑来实现更长的寿命，维持财富和社会地位，而没钱的就只能靠自然选择了。
量子实验室
大自然才无所谓呢，事实上近亲繁殖在自然界并不少见，只是由于近亲繁殖时更容易暴露基因缺陷，不利于在自然界存活下去，自然选择使得很多生物本能地避免近亲繁殖。
近亲繁殖这个词对于人类来说是禁忌，但是对于自然界不少生物却是很常见的，像科莫多巨蜥，由于生活的环境多是孤岛、荒漠地带，遇到同类的有时候会很少，因此有一些与众不同的繁殖防止，疑似能够孤雌生殖，英国曾经饲养的一只科莫多巨蜥，后来发现突然又冒出来一只，并且它们还会近亲繁殖，所有的一切都是先保证种群在自然界存活下去。它们胚胎染色体组的组成方式也和人类不大相同，使得它们能尽可能地存在近亲繁殖或者孤雌生殖中保留基因的优势，有利于它们在残酷的自然界生存下去。
自然并无意识，并不会特意将某种生物素造成什么什么样，生物的性状都是进化的结果，生存并且是种群延续是第一目的，是受基因可复制性支配的行为。自然界只有人类是认识到了近亲繁殖的危害，绝大多数生物都没有这样的意识，它们的行为是在长久的进化过程中保留下来的，由于近亲繁殖不利于一些基因的传播，有这种倾向的个体就难以将基因传递下去，最后使得这样的生物体越来越少，生物刻在基因中的本能使得它们会主动避免近亲繁殖。
地球环境的多样性，也塑造了生物生殖方式的多样性，既有孤雌生殖，也有两性繁殖，还有出芽生殖等，都是由于环境的影响形成的独特的繁殖行为，同样也塑造了多样性的生物。现代一些所谓的纯种宠物，培育过程中都要用到这样的方式，造成了很多畸形的宠物，比如现在的牧羊犬，很多都有脊椎问题，牛头梗鼻腔结构严重变形，有些会因为情绪高涨呼吸不畅把自己憋晕憋死。
来看世界呀
不是不允许，只不过是因为概率的问题，会导致遗传性的一些疾病概率变大。
古代中国，表兄妹，堂兄妹之间结婚的也是普遍现象。
不单是中国，欧洲一样，是牛顿吧，娶了表妹，后代没一个正常的好像。欧洲近亲结婚从平民到贵族到皇室也是普遍现象。
就是现在，阿拉伯/日本皇室为了保持血统，也不结外亲的，就是为了保持“血统”。
也不是说近亲结婚的后代一定有遗传病，只是因为双方亲缘关系相近，一些隐性基因呈现的疾病在后代基因上容易表现出来罢了。
因为需要优生优育的理念，所以绝大多数国家法律上都做出了禁止近亲结婚繁育后代的规定。
别抬那根杠
近亲繁殖其实提高了遗传病的风险。
近亲繁殖广泛存在于现在的世界里。
其实进化没有什么允许或者不允许的，物种是物种自己的事情，而自然选择是自然选择的事情，所以生物的进化倒不如说是生物的演化，因为不是肌肉更发达就一定会活下来。而人类常常会操作一些近亲繁殖的产物，也就是所谓的纯种。最常见的就是宠物狗和猫。我举个例子：小短腿柯基。
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狗贩子为了能卖个好价钱，想炒作品相，比如：大围脖，指的就是柯基脖子位置是一圈白色的。而为了得到好的品相，他们就让品相好的柯基和品相好的柯基进行繁殖，也就是说纯种的柯基有大量是近亲繁殖的结果。那结果是什么呢？柯基有很多遗传病，比如：遗传性髋关节发育不良的及眼疾，还有肠胃不好等问题。
其实但凡是纯种狗，或多或少都有一些遗传病。
近亲繁殖
其实古人也发现了这个问题，也就是近亲繁殖得遗传病的概率就会变高。其实这件事情也很好理解，稍微学过一点遗传学知识的（高中即可）就会知道，遗传病是分显性隐性的，但不管怎么说，一个家族遗传病，其实内部致病基因的基因频率是挺高的。而和没有这个遗传病的人结婚，至少是普遍降低致病基因的出现概率。
钟铭聊科学
感谢提问！首先需要更正的是，并不是大自然不允许生物近亲繁殖，而是近亲繁殖而出现的绝大部分生物不能很好的适应大自然的发展，因为自然是客观存在的，不以人的意志为转移的，所以近亲繁殖与否，大自然还是按照特定的法则运行着，这种固有法则就是优胜劣汰。
题主之所以提出这样的问题或想法，说明已经意识到或知道了近亲繁殖的不良后果，即近亲繁殖会大大增加患遗传病的概率，不过人类得出这一结论是经过千百年的“实验”而总结出来的，下面就以人类为例来来说明。
在古代社会，近亲结婚的现象比较普遍，这一点在一些电视剧中也多有体现，自己下去脑补一下。但是在古代，由于科学技术不够发达，对于近亲结婚所出现的痴、呆、傻等现象不明就里，因而这种现象就一直存在。
随着人类科学技术的发展和医疗水平的提高，人们逐渐意识到近亲结婚虽然能延续家族优秀基因，但是由于两人的基因非常相似，尽管可能会造出一个“神童”，但也有可能造出来的却是一个遗传病携带者，而且出现后者的概率相比也更大一些。
很显然，在模棱两可的事情面前，聪明的人类往往会选择静观其变，而近亲结婚就是一种模棱两可的事，因为好的结果与坏的结果各占比例。无论是对于家庭来说，还是对于国家来说，不管出现的是哪一种结果，由于人类的社会属性决定了哪一种结果都需要承担相应的社会责任。因此为了尽可能减少不良率的发生，我国法律明文规定直系血亲三代以内决不允许通婚！
而动物界由于没有这种社会属性，因此也就没有社会责任之说，它们遵从的是自然的优胜劣汰，为了保持种群的数量和优秀个体，也根本不会考虑近亲与否。
总之，大自然是神奇的，每一个物种都有其特定的生存之道，而我们人类由于社会化分工的加强，相比而言许多动物特有的功能都已退化，因此需要通过发展高科技来加以弥补。
地理那些事
大自然进化的规律是优胜劣汰，对基因不良突变多导致生理缺陷多的个体，因多病畸形早夭等会优先淘汰，亲近繁殖因雌雄双方基因组同源区很多，有缺陷的基因变异区不易通过远缘交配互补弥补正常功能，因此近亲繁殖的后代容易因遗传得病或早夭而遭淘汰。亲近繁殖有时为了获得纯系动物又是必须的，这类纯系动物体质极弱必须人工飼养要求在清洁级环境中生存。
秦浚川
我觉得题主的问法就不够严谨，严格意义上来说并不是“大自然进化不允许生物近亲繁殖”，而是近亲繁殖产生的后代普遍都被自然淘汰掉了。相比于血缘关系更远的生物繁殖产生的后代，“近后”的个体更容易患隐性基因造成的疾病。“远后”利用基因互补的优势，更容易产生个体优势明显的后代，在野生动物当中就更容易获得“交配权”，“近后”哪怕没有死于隐性基因造成的疾病，或是被天敌吃掉，也很难获得“交配权”，很难把基因遗传下去。这是一种必然结果，并不是所谓“大自然的意志”。
