失去
大自然的進化為什麼不允許生物近親繁殖？
其實並非是大自然不允許，而是在絕大部分動物的繁衍體系中，近親繁殖時出生的幼體成活率比較低，身體有缺陷的可能性增加，在殘酷的自然環境中難以生存，進入了自然淘汰的行列！當然作為現代人類也知道是什麼原因造成的，但問題是為什麼自然界的規律會是這樣呢？
其實近親繁殖在希臘神話中簡直就是很平常的一件事，但神仙也許沒事，人類有事不？
一、近親繁殖的後果
動物的近親繁殖有一點是比較肯定，能夠保留比較有特色的基因，比如純種寵物，有些條件不是很充分的條件下只能近親繁殖，出生的寵物如果湊巧的話會比較健康，而且毛色、體態以及整個外觀與父母輩差異並不大，因為並沒有雜種基因的介入，但有比較大的概率會將兩者共有的基因卻選繼承下來，可能在父母輩是隱性的，如果近親繁殖，則沒有正常的基因來補充，那麼在下一代就會變成顯性，這就是優點更優，但缺點卻暴露無遺的一種方式，也許可以賭一把，但風險是比較大的！
而人類中的表現則可能更為嚴重一些，在歐洲歷史上，曾經有很多為了保證家族血統而出現近親結婚，當然後果也是嚴重的！比如歐洲歷史上最顯赫的哈布斯堡家族曾經統治過奧地利，比利時，匈牙利等多個國家，但在18世紀突然衰落，西班牙科學家研究後認為亂倫和近親結婚是導致這個歐洲皇室家族衰落的重要原因。
假如一種遺傳疾病在普通人群中發生的概率是千分之一，那麼在非近親人群中的後代概率將是百萬分之一，而在同胞兄妹之間的後代將上升到八千分之一！當然表兄妹之間的概率會比同胞兄妹低一些，但仍然屬於極高的概率（三萬二千分之一）！
二、演化與進化的規律
即使到現在為止也仍然有很多人並不相信達爾文的《演化論》，從根本上懷疑大自然的自我優化能力，其實這並不是大自然所然，而是自身的原因，比如近親繁殖後先天畸形、早產和流產、幼兒夭折的風險增加，如果在動物界，即使成長被獵殺的概率極高！那麼很自然它不會成為一個種群繁衍的優良種子！
當然自然規律所涉及的並不只是近親繁殖，這只是自然界的淘汰方式！還會有擇優演化的方式，與淘汰相反，從物種誕生以來就在不斷的突變，這是生物自身在生長繁衍過程中的一個自然進程，如果出現一個非常強壯，適應自然的品種，那麼很自然它會得到生存與親睞，作為種群的優秀基因是肯定的，但如果這個種群是封閉的，走向沒落又是必然，所以分化與發展也是個中極為關鍵的要素！
有研究表明，歐洲人的近親尼安德特人滅絕的一個因素可能就是因氣候變化，種群獨立，近親繁殖的後代增多導致沒落！
三、自然界有近親繁殖卻沒有滅絕的案例嗎？
也許科莫多巨蜥算一號，但它卻快滅絕了，儘管它僅僅只需要雌性即可繁殖，科莫多巨蜥也算是世界上比較稀有的物種之一，野外僅存3000只！
只需要雌性即可繁殖的現象叫做孤雌生殖，真實案例是英國的切斯特郡立動物園在2006年5月，一隻雌性科莫多龍居然發生了孤雌生殖！
星辰大海路上的種花家
看過一個BBC的紀錄片，專門講純種狗的，有純種犬潔癖的人類為了保持犬類的“優良血統”，在數十年中，利用純種狗進行交配繁殖。
比如，巴哥犬的近親繁殖就非常之嚴重，在英國，純種巴哥犬數量超過10000只，但是他們的所有DNA可能僅僅來自於50只巴哥犬。
這種近親繁殖，給狗帶來了嚴重的疾病風險，而且很誇張：
查爾斯國王騎士獚犬因為頭骨太小而不能容納大腦；牛頭犬的怪異形狀致使他們無法自然交配生產；金毛犬極易患上癌症……
它們更像是人類生產的產品，而非大自然界的動物。
如果有興趣可以找來看看，片名為《Pedigree Dogs exposed》。
之所以不能近親繁殖，從遺傳學角度來看非常簡單。
我們每個人都會攜帶一定數量的隱性疾病遺傳基因，攜帶狀態為Aa（正常人為AA），這種狀態是不會表現出疾病的。而攜帶狀態為aa的則會表現出疾病。
如果近親結婚，兩方看似正常，卻都是Aa，這樣組合就很容易出現aa的患病者。而非近親結婚，這種遺傳病出現的概率就大為降低了。
這也是歐洲原來皇室近親結婚，雖然保住了皇室血脈，後代卻產生了各種疾病的原因。
著名的生物學家孟德爾，本身就是遺傳學的鼻祖，但是他卻愛上了自己的表妹，愛情無法阻擋，但兩個人最後生下的孩子都夭折了。
還有達爾文，它的進化論革命了生物學，但諷刺的是，他卻在挑戰“進化論”，娶了自己表姐，他們生了10個孩子，都是非死即病。
可見近親繁殖的遺傳病病發率有多高。
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科學重口味
大自然很冤枉：我什麼時候不允許近親繁殖了？你們可以盡情地近親繁殖，我不會不允許，但會造成什麼結果我就管不了了！自己的事情自己負責！
拿人類舉例子，大自然並不反對人類近親結婚，多數情況下是人類自己不允許近親結婚，與大自然並沒有直接關係。因為我們是智慧物種，我們知道近親結婚的後果！
而在動物界大自然同樣不反對近親繁殖，不過在進化的過程中近親繁殖的動物基本上很快就會走向滅亡，被大自然淘汰掉！
為什麼會這樣？簡單說因為近親繁殖的雙親擁有很多相似的致病基因，當他們的基因結合時，在遺傳過程中相似的致病基因結合的概率會很高，這時候下一代就會顯現出致命基因，出現各種天然缺陷，很容易被淘汰！
而在非近親繁殖中，擁有相同致病基因的概率非常低，所以下一代出現有缺陷的幾率當然更低！
就像並沒有人真的不讓你酒後開車，喝酒後你可以盡情地開車，也不一定會被警察抓到（就像近親繁殖也並非一定會把致病基因遺傳給下一代），但一旦被抓到，結果是可以想象的！
總之一句話，大自然從來不反對任何事情的出現，在大自然眼裡，沒有什麼是不允許的！
宇宙探索
無論是雜交，還是近親繁殖都是大自然中的一種選擇，近親繁育也有一定好處，當然更大概率的是壞處，好處就是可以保持優良純種的性狀，壞處當然是極大的增加了各種致病遺傳的概率，被自然淘汰。
典型的例子就是，人類飼養寵物時，為了自己的喜好，盲目追求所謂的“純種”，使得狗狗等寵物大量的近親繁育，看起來都維持了漂亮的皮毛，純良的血統，但這種違背自然規律的做法，使得很多寵物患上了嚴重的遺傳疾病，導致身體畸形，行動障礙，很難生存。
而對於人類來講，在歷史上，歐洲很多貴族為了維持高貴的血統，也是經常近親結婚。我國古代也有很多像賈寶玉和薛寶釵這樣的表哥表妹成婚，近親結婚可能保留有利的基因，但同時使各種有害的隱性基因表達出來，古代嬰幼兒的死亡率比較高，這也算大自然的一種淘汰機制。
現代社會，有錢人可以通過基因檢測，或者基因編輯來實現更長的壽命，維持財富和社會地位，而沒錢的就只能靠自然選擇了。
量子實驗室
大自然才無所謂呢，事實上近親繁殖在自然界並不少見，只是由於近親繁殖時更容易暴露基因缺陷，不利於在自然界存活下去，自然選擇使得很多生物本能地避免近親繁殖。
近親繁殖這個詞對於人類來說是禁忌，但是對於自然界不少生物卻是很常見的，像科莫多巨蜥，由於生活的環境多是孤島、荒漠地帶，遇到同類的有時候會很少，因此有一些與眾不同的繁殖防止，疑似能夠孤雌生殖，英國曾經飼養的一隻科莫多巨蜥，後來發現突然又冒出來一隻，並且它們還會近親繁殖，所有的一切都是先保證種群在自然界存活下去。它們胚胎染色體組的組成方式也和人類不大相同，使得它們能儘可能地存在近親繁殖或者孤雌生殖中保留基因的優勢，有利於它們在殘酷的自然界生存下去。
自然並無意識，並不會特意將某種生物素造成什麼什麼樣，生物的性狀都是進化的結果，生存並且是種群延續是第一目的，是受基因可複製性支配的行為。自然界只有人類是認識到了近親繁殖的危害，絕大多數生物都沒有這樣的意識，它們的行為是在長久的進化過程中保留下來的，由於近親繁殖不利於一些基因的傳播，有這種傾向的個體就難以將基因傳遞下去，最後使得這樣的生物體越來越少，生物刻在基因中的本能使得它們會主動避免近親繁殖。
地球環境的多樣性，也塑造了生物生殖方式的多樣性，既有孤雌生殖，也有兩性繁殖，還有出芽生殖等，都是由於環境的影響形成的獨特的繁殖行為，同樣也塑造了多樣性的生物。現代一些所謂的純種寵物，培育過程中都要用到這樣的方式，造成了很多畸形的寵物，比如現在的牧羊犬，很多都有脊椎問題，牛頭梗鼻腔結構嚴重變形，有些會因為情緒高漲呼吸不暢把自己憋暈憋死。
來看世界呀
不是不允許，只不過是因為概率的問題，會導致遺傳性的一些疾病概率變大。
古代中國，表兄妹，堂兄妹之間結婚的也是普遍現象。
不單是中國，歐洲一樣，是牛頓吧，娶了表妹，後代沒一個正常的好像。歐洲近親結婚從平民到貴族到皇室也是普遍現象。
就是現在，阿拉伯/日本皇室為了保持血統，也不結外親的，就是為了保持“血統”。
也不是說近親結婚的後代一定有遺傳病，只是因為雙方親緣關係相近，一些隱性基因呈現的疾病在後代基因上容易表現出來罷了。
因為需要優生優育的理念，所以絕大多數國家法律上都做出了禁止近親結婚繁育後代的規定。
別抬那根槓
近親繁殖其實提高了遺傳病的風險。
近親繁殖廣泛存在於現在的世界裡。
其實進化沒有什麼允許或者不允許的，物種是物種自己的事情，而自然選擇是自然選擇的事情，所以生物的進化倒不如說是生物的演化，因為不是肌肉更發達就一定會活下來。而人類常常會操作一些近親繁殖的產物，也就是所謂的純種。最常見的就是寵物狗和貓。我舉個例子：小短腿柯基。
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狗販子為了能賣個好價錢，想炒作品相，比如：大圍脖，指的就是柯基脖子位置是一圈白色的。而為了得到好的品相，他們就讓品相好的柯基和品相好的柯基進行繁殖，也就是說純種的柯基有大量是近親繁殖的結果。那結果是什麼呢？柯基有很多遺傳病，比如：遺傳性髖關節發育不良的及眼疾，還有腸胃不好等問題。
其實但凡是純種狗，或多或少都有一些遺傳病。
近親繁殖
其實古人也發現了這個問題，也就是近親繁殖得遺傳病的概率就會變高。其實這件事情也很好理解，稍微學過一點遺傳學知識的（高中即可）就會知道，遺傳病是分顯性隱性的，但不管怎麼說，一個家族遺傳病，其實內部致病基因的基因頻率是挺高的。而和沒有這個遺傳病的人結婚，至少是普遍降低致病基因的出現概率。
鍾銘聊科學
感謝提問！首先需要更正的是，並不是大自然不允許生物近親繁殖，而是近親繁殖而出現的絕大部分生物不能很好的適應大自然的發展，因為自然是客觀存在的，不以人的意志為轉移的，所以近親繁殖與否，大自然還是按照特定的法則運行著，這種固有法則就是優勝劣汰。
題主之所以提出這樣的問題或想法，說明已經意識到或知道了近親繁殖的不良後果，即近親繁殖會大大增加患遺傳病的概率，不過人類得出這一結論是經過千百年的“實驗”而總結出來的，下面就以人類為例來來說明。
在古代社會，近親結婚的現象比較普遍，這一點在一些電視劇中也多有體現，自己下去腦補一下。但是在古代，由於科學技術不夠發達，對於近親結婚所出現的痴、呆、傻等現象不明就裡，因而這種現象就一直存在。
隨著人類科學技術的發展和醫療水平的提高，人們逐漸意識到近親結婚雖然能延續家族優秀基因，但是由於兩人的基因非常相似，儘管可能會造出一個“神童”，但也有可能造出來的卻是一個遺傳病攜帶者，而且出現後者的概率相比也更大一些。
很顯然，在模稜兩可的事情面前，聰明的人類往往會選擇靜觀其變，而近親結婚就是一種模稜兩可的事，因為好的結果與壞的結果各佔比例。無論是對於家庭來說，還是對於國家來說，不管出現的是哪一種結果，由於人類的社會屬性決定了哪一種結果都需要承擔相應的社會責任。因此為了儘可能減少不良率的發生，我國法律明文規定直系血親三代以內決不允許通婚！
而動物界由於沒有這種社會屬性，因此也就沒有社會責任之說，它們遵從的是自然的優勝劣汰，為了保持種群的數量和優秀個體，也根本不會考慮近親與否。
總之，大自然是神奇的，每一個物種都有其特定的生存之道，而我們人類由於社會化分工的加強，相比而言許多動物特有的功能都已退化，因此需要通過發展高科技來加以彌補。
地理那些事
大自然進化的規律是優勝劣汰，對基因不良突變多導致生理缺陷多的個體，因多病畸形早夭等會優先淘汰，親近繁殖因雌雄雙方基因組同源區很多，有缺陷的基因變異區不易通過遠緣交配互補彌補正常功能，因此近親繁殖的後代容易因遺傳得病或早夭而遭淘汰。親近繁殖有時為了獲得純系動物又是必須的，這類純系動物體質極弱必須人工飼養要求在清潔級環境中生存。
秦浚川
我覺得題主的問法就不夠嚴謹，嚴格意義上來說並不是“大自然進化不允許生物近親繁殖”，而是近親繁殖產生的後代普遍都被自然淘汰掉了。相比於血緣關係更遠的生物繁殖產生的後代，“近後”的個體更容易患隱性基因造成的疾病。“遠後”利用基因互補的優勢，更容易產生個體優勢明顯的後代，在野生動物當中就更容易獲得“交配權”，“近後”哪怕沒有死於隱性基因造成的疾病，或是被天敵吃掉，也很難獲得“交配權”，很難把基因遺傳下去。這是一種必然結果，並不是所謂“大自然的意志”。
