公元1631年，後金政權的第2位大汗，清朝的第一位皇帝——皇太極的兩次西征之後，漠南蒙古諸部先後歸順了清朝。包括如今內蒙古大部地區的漠南蒙古，無論人口還是面積，都絲毫不次於清朝所在的東北地區。
粉絲為清軍入關前清朝疆域
如何統治面積如此廣袤的漠南蒙古，就成為擺在清朝統治者面前的頭等大事。女真人在努爾哈赤的率領下，能在白山黑水之間崛起並不斷擊敗明朝的軍隊，除了女真人的尚武和悍不畏死之外，也與女真人始終堅持騎射，擁有戰馬這一冷兵器時代的bug有極大關係。因為，明軍絕大多數部隊都是步兵，機動能力比之騎馬的八旗相差甚遠。因此，明軍面對八旗，往往只有招架之功而無還手之力。
但是，號稱騎射起家的八旗，面對在馬背上長大的蒙古諸部，其騎兵的優勢不但蕩然無存，反而居於劣勢。因為，漁獵民族的女真人，比之自幼騎羊、長大騎馬的遊牧民族，顯然無法相媲美。比之蒙古騎兵，女真八旗也只能被稱之為騎馬步兵。
蒙古鐵騎
因此，從皇太極開始，歷任清朝統治者都深知蒙古諸部對於清朝的重要性。牢牢的控制蒙古諸部，就成為清朝統治者最核心的任務之一。但是，由於遊牧民族的生活習性，如何對居無定所、逐草而居的蒙古諸部進行有效統治，就成為清廷的一大難題。
公元1631年7月，皇太極仿照明朝中央組織機構，設置了6部：即吏部、戶部、禮部、兵部、刑部和工部。並在6部的每一部中，都設立了蒙古承政一職，專門負責處理與蒙古有關的政務。
但是，隨著清朝對蒙古諸部統治的加深，再加上不斷有蒙古部落歸順清朝，清廷統治下的蒙古部落和疆域面積愈發龐大。清廷6部中的蒙古承政，已經無法處理越來越多的蒙古事務。因此，7年之後，公元1638年6月，皇太極將蒙古承政改為了理藩院。博洛擔任了理藩院承政，塞冷和尼堪分別為左右參政。
皇太極
隨後，隨著清朝勢力的不斷壯大，理藩院也不斷的進行組織機構調整和升級，例如，順治繼位的順治元年，也就是清軍入關的那一年，理藩院承政被改為尚書，參政為侍郎，同時擴大了組織機構和人員。康熙初年，又將理藩院升級為與中央6部同等的地位，同時，在理藩院內部設置的錄勳、柔遠、賓客、理刑四司。乾隆年間，又增設了淶遠一司。
到乾隆年間，理藩院的組織機構趨於完善和固定。當時，理藩院設有了旗籍、王會、典屬、柔遠、徠遠、理刑六個司，滿漢檔房、當月處、司務廳、蒙古房、內外館、銀庫等機構。六個司主要負責承辦者關於蒙古的各項事務，例如，旗籍司負責內外扎薩克的疆理、封爵、會盟、譜系、軍旅郵傳等等。
八旗
不過，理藩院終究只是設立在北京的中央統治機構而已，如何將面積廣闊，人口分散的蒙古諸部進行有效統治，才是最為關鍵的問題。
清朝對於蒙古的征服並非一蹴而就，而是一步步進行的。最初，在努爾哈赤時代，在努爾哈赤統一女真各部的同時，他也十分重視與鄰近蒙古諸部的關係，因此，在展示肌肉，炫耀武力的同時，努爾哈赤不斷的通過聯姻等諸多手段，交好拉攏漠南蒙古各部。
到皇太極時代，通過一系列改革和對外戰爭，清朝國勢有了巨大發展之後，皇太極多次西征蒙古，消滅了對女真各部最為敵視，也是威脅最大的蒙古末代大汗——察哈爾部的林丹汗，八旗的兵鋒甚至一度打到河套流域，將大部漠南蒙古招致麾下。尚未入關之前的清朝國力，因此有了巨大的提升。
入關後的清朝疆域
清軍入關奇蹟般佔領天下之後，位於西域的衛拉特蒙古4部之一的準噶爾部，在首領葛爾丹的率領下迅速崛起，葛爾丹統一了衛拉特蒙古諸部，建立了強盛一時的準噶爾汗國。葛爾丹的夢想是統一蒙古各部，再現成吉思汗蒙古帝國的榮耀。這在以中華繼承者自居的清朝看來，自然是大逆不道的，當然也完全不能容忍。因此，準噶爾蒙古崛起之後，雙方的矛盾根本不可調和。
由此，清朝與準噶爾部開始了長達70年的戰爭，最終，歷經康熙、雍正、乾隆三朝，清朝終於笑到了最後，消滅了準噶爾汗國，將西域、漠北等地納入了清朝的統治範圍。同樣在乾隆年間，遠在伏爾加河流域的土爾扈特部，在首領渥巴錫的率領下東歸中國，至此，絕大部分蒙古諸部處於了清朝的統治之下。
但是，分佈於東北、蒙古高原、漠南、西北、青藏高原等廣闊地區的蒙古諸部，如何進行有效統治，而不重蹈清朝之前大多數中原王朝的覆轍？通過對於蒙古諸部的逐步統治，清朝逐漸摸索了一套屬於自己的方法。
清朝鼎盛時期疆域
尚未入關之前，與清朝統治疆域相鄰的科爾沁、敖漢、內喀爾喀五部等多之蒙古部落先後歸順了清朝。皇太極在接受了這些蒙古部落的歸順以後，召集了這些蒙古部落貴族召開了貝勒會議。在會議上，皇太極給蒙古各部劃分了牧地疆域，並分配了丁戶，同時規定，各民戶不得越界遊牧。
在蒙古衙門成立之後，皇太極又派遣了蒙古衙門承政尼堪等人，前往歸順的蒙古逐步進行稽查戶口，並編制牛錄，建旗。經過多次稽查，理清蒙古諸部的分佈數量之後，清朝在蒙古諸部遊牧之地，本著“眾建而分其力”的目的，在蒙古各部，編旗、設盟、分佐領、授札薩克。這也是蒙古地區盟旗制度之始。
旗和盟並不是蒙古族不的傳統，而是清廷為了方便對於蒙古地區的統治，新創造的體制。為了牢牢的控制著這些桀驁不馴的遊牧民族，征服蒙古諸部之後，清朝廢除了蒙古自古以來的傳統體制和隸屬關係，建立了獨屬於清朝統治蒙古的基本機構——旗。
八旗旗幟
猶如八旗之中分為八旗蒙古、八旗滿洲、八旗漢軍一樣，蒙古的旗也有扎薩克旗，喇叭旗、總管旗之分。扎薩克旗是數量最多的，同時也是分佈最廣的，扎薩克旗既是清廷在蒙古地區設置的行政軍事單位，也是清朝皇帝賜予蒙古王公們的世襲領地。
清朝在龐大的蒙古疆域，分為了內屬蒙古和外藩蒙古兩部分。外藩蒙古，又分為了外扎薩克蒙古和內扎薩克蒙古兩種。在清朝的設置中，位於內蒙古的49旗為內札薩克蒙古。外札薩克蒙古則為喀爾喀蒙古86旗，新疆伊犁將軍管轄的13旗，青海29旗，科布多19旗，以及阿拉善旗，額濟納旗。
內外扎薩克除了地域的不同，主要的區別在於，內扎薩克在清中期之前，是有兵權的，並直屬於理藩院。而外札薩克並沒有兵權，並受到清廷派駐當地的將軍、辦事大臣或參贊大臣節制。
札薩克印
清廷在蒙古地區設立的盟旗制度，極為重要的一個特點，是禁止蒙古各部越界往來。將蒙古地區納入統治範圍之後，清朝派駐大臣嚴格的劃定了各旗之間的旗界，並頒佈了極為嚴厲的法令，禁止各部落之間越界遊牧，更不允許旗與旗之間隨意往來。
例如，清廷曾明確規定，蒙古各部如果違反規定越界往來，即便是王公貴族，也需要罰俸一年。蒙古人和喇嘛出境必須要向管旗章京報明情況。即便是理由充分，對於入關的人員數量，都進行了明確和嚴格的規定。
通過這樣極為嚴格的封禁政策，再加上聯姻修廟，大力推廣藏傳佛、教鼓勵蒙古牧民出家當喇嘛等諸多政策，使得清廷在滅亡準噶爾汗國之後，一直牢牢控制著蒙古地區。清朝也成為中國數千年曆史中，少數幾個真正消除北方遊牧民族對於中原地區危害的王朝。
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