top:4 灰原哀
原黑衣组织成员，代号“雪莉”（Sherry），女科学家，使工藤新一身体缩小的药物APTX4869的制造者。有着被组织看中的好头脑，曾被派往美国留学。姐姐宫野明美被组织暗杀后，因对组织对此没有作出解释而不满，停止药物研发工作以示抗议，被组织囚禁，为了自杀而服下APTX4869后，身体缩小成小学生模样。背叛组织后被阿笠博士收留，化名为灰原哀。
top:3 贝尔摩德
黑衣组织重要成员，真实身份是美国女明星莎朗·温亚德。因某种原因恢复年轻或停止衰老（具体原因至今不详），而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。擅长易容术与变声术，各方面能力出众。在组织中负责收集重要的情报，是“那位先生”欣赏的人。经常单独行动，被称为“神秘主义者”。早年与工藤有希子在黑羽盗一（第一代怪盗基德）门下学习易容，成为朋友。曾易容为杀人魔后，被工藤新一、毛利兰救下。知道江户川柯南和灰原哀的真实身份，却并没有上报组织。认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”。
top:2 琴酒
最早登场也是最重要的黑衣组织成员之一，智能型罪犯，国籍、年龄均不详。经常和伏特加一起出现，是最早登场也是最重要的黑衣组织成员之一，可以得到“那位先生”的直接命令。在第1集《云霄飞车杀人事件》里，由于工藤新一偷窥到伏特加和一公司经理进行非法交易的画面，被琴酒发现后，强行给他灌下了尚在试验中的APTX4869，从此让新一身体缩小，也开始了整个故事。
top:1工藤优作
工藤优作作为柯南的父亲，神秘组织磁盘中存有以他作品主人公命名的"暗夜男爵"病毒，还有他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友，他也很神秘组织有很大瓜葛。
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