據文獻記載，瞿曇寺始建於明太祖洪武年間，創寺的開山僧為三羅喇嘛。三羅喇嘛原為西藏山南洛扎卓隴的一名僧侶，名桑兒加查實，後於青海湖湖心山修行得道，受到環湖及敦煌一帶罕東衛藏族諸部的尊崇，被譽為“大成就者三羅喇嘛”或“白象騎士”。三羅喇嘛在地方上博得聲譽，同時也受到朝廷的青睞。 洪武二十六年(1393)，當時河套蒙古族進入青海，而居住在環湖地區的一些藏族部落不堪其擾，後來在三羅喇嘛的帶領下東遷至樂都，於現在的寺址上建起一座小佛堂。隨後，三羅喇嘛又嚮明廷貢馬，以表歸順之心並請求明廷的“護持”。明太祖朱元璋賜“瞿縣寺”，並賜金書匾額一塊，是為瞿曇寺最早的建築一瞿曇寺殿。 後來，明政府又設立西寧僧綱司，以三羅喇嘛為都綱，主管西寧衛帶宗教事務， 管理十三族。永樂初，明廷派太監孟繼指揮使田選等協助瞿縣寺擴建殿字，先後建成寶光三世殿以殿、金剛殿、前山門、護法殿、立敕及前院迴廊。永樂六年(1408)諭碑通，對寺院以皇諭的形式加以保護。明宣宗朱瞻基即位後，亦因循先制， “茲於瞿縣寺繼作後殿，循先志增益閎規”。於宣德二年(1427) ，建成瞿縣寺內規制最為宏闊的隆國殿，並立敕諭碑兩通。
說道隆國殿的建成，不得不說說建文帝了。話說，當初朱棣殺到皇城的時候，皇宮中發生了一場大火，大火過後，朱允炆那是下落不明，活不見人，死不見屍。關於朱允炆到底去了哪裡，歷史學界流傳著好幾種說法。一種說，朱允炆眼見大勢已去，於是命人放火，自己帶著馬氏皇后一起跳火自焚了。一種說他沒死，是逃到了民間，在深山裡隱居。還有一種說法是他坐船逃到了東南亞，鄭和下西洋就是去尋找建文帝朱允炆的下落的。還有一種，證據頗多，那就是逃到青海省瞿曇寺做了喇嘛修行了。
據專家考究，建文帝-朱允炆最後是逃到了青海省海東市樂都區南山的一處藏傳佛教寺院內修行去了。明朝都城南京離青海省距離非常遙遠，朱允炆怎麼會跑到那麼遠的地方歸隱呢？其實，當時永樂皇帝對朱允炆沒死的傳聞一直很是擔心，派人全國各地的尋找朱允炆的下落，但是一直沒有消息。此間朱允炆是到處漂泊，前後去過雲南、四川，後來又到甘肅，因為當時甘肅最高軍事長官肅莊王朱瑛是受到過建文帝關照的，於是朱允炆在甘肅也是受到了朱瑛的庇護，但是朱允炆在甘肅的消息很快傳到了朱棣耳朵裡，於是派人前來搜查，朱瑛被迫無奈把朱允炆轉移到了青海海東市樂都區南山的瞿曇寺。這種說法都是有歷史佐證的。
每年清明，楊氏家族在祭祖的時候，老人們都要講述一個故事。故事說：明朝時，皇宮內發生內亂，楊氏先祖楊剛忠兄弟二人保護皇上逃出了皇宮，輾轉來到了樂都瞿曇寺。兄弟二人害怕此事被朝廷的人知道，於是讓弟弟改姓盛，以避人耳目。在樂都，楊家和盛家是一家，祭祖的時候在同一個墳頭上燒紙。至今，兩家不通婚。
“我小的時候，就聽家族內的老人講過楊家先祖保護皇上的故事。”楊淼林先生說，“這個故事不僅在我們楊家內部流傳，樂都一帶的人都知道。”長大後，翻閱史書，楊淼林先生認為這個故事的主角很有可能就是建文帝朱允炆。
為了驗證這個故事的真實性，楊淼林先生曾在瞿曇寺附近的盛家莊走訪，廣泛收集與這個故事有關的線索。盛氏家族一位名叫盛世榮的老人為這個楊氏兄弟大義扈駕的故事，補充了這樣的內容。他說：“當年皇帝遇難時，楊家兄弟二人和一個姓徐的人一同護送皇上到了樂都瞿曇寺。哥哥叫楊剛忠，弟弟改姓盛，名叫樂登。楊氏兄弟和姓徐的是結拜兄弟。”得到這個信息後，楊淼林先生又拜訪了楊氏家族的老人們，他們提供了一條更清晰的線索：和楊氏兄弟一起保護皇上來青海樂都的除了姓徐的人之外，還有一個姓剛的人。他們四位是結拜兄弟。剛姓族人原來住在樂都勝番溝，現住在石嘴村。
在樂都還有一則民謠與建文帝有關。樂都籍九旬老人俞國慶說：“瞿曇寺，瞿曇寺，永樂皇上起痰死；瞿曇寺，瞿曇寺，把永樂皇上欺坦死。樂都話‘起痰’與‘瞿曇’一個音，‘欺坦’是被折磨、欺辱的意思。”這裡的永樂皇上疑為建文帝。在樂都，還有許多類似的民間故事。從多本家譜的記載來看，裡面有一段內容是相同的：“扈駕瞿曇”。扈駕，是指隨侍帝王的車駕。
樂都《楊氏宗譜》續修於清乾隆二十九年(1764年)，當時的碾伯舉人、吏部揀選知縣許潤為《楊氏宗譜》撰寫了序文，文中有：明洪武八年，楊氏先祖剛忠公被召入內廷任職，後來隨皇帝的車駕來到了瞿曇寺，之後，楊氏的先祖又做了西寧衛碾伯所的千戶。其他三家的家譜中也有相同內容的記載。
楊淼林認為，為楊氏宗譜寫序文的多為有功名在身的讀書人，有的人還是楊氏族人，因此，宗族譜的內容可信度較高。另外，在楊氏族人楊元林家中珍藏著一幅楊氏宗派圖。宗派圖寬1.4米、長1.2米，是由兩塊寬70釐米的白布縫拼在一起的，布上又刷了桐油，上面有彩繪的人像、圖案，還有文字。宗派圖也叫神位圖。舊時，大戶人家才有宗派圖。宗派圖上，楊氏先祖楊剛忠身穿明朝官服、頭戴官帽，從官服上的補子(明清官員服裝上的胸前和背後的方形裝飾，以圖案的不同來區別文、武官員)來看，他應該是武官。那麼，這也從另一方面證明了，楊氏先祖保護建文帝來到樂都瞿曇寺的可能性。
但朱允炆下落瞿曇寺更有利的證據就是瞿曇寺本身，瞿曇寺也被稱為是“高原上的小故宮”。瞿曇寺有著鮮明漢式皇家建築風格的寺院，瞿曇寺的規制和建築規模完全就是按照皇家宮殿設計建造的，其中瞿曇寺隆國殿的屋頂還採用了皇家建築元素-重簷廡殿頂，這純粹就是一個官式宮殿，在封建社會還是在遠離中原地區的西北地區怎麼會出現這樣的一座寺院呢？很有可能就是朱允炆當時就在這裡修行！
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