故事發生在1566年（嘉靖四十五年），此時的嘉靖帝已經避居西苑二十餘年，雖然久居深宮修道煉丹，但嘉靖帝依然牢牢地把握著朝廷的政權，由於長期服用丹藥加上年事已高，此時的嘉靖帝的身體狀況已經不容樂觀，老天似乎並不打算讓他平靜的修仙煉丹度過餘生。農曆二月，海瑞因不滿嘉靖帝寵信方士，妄求長生，而朝中又無人敢諫，於是備棺上書，後人稱《直言天下第一疏》。
奏章中說道嘉靖做事虎頭蛇尾，三分鐘熱度，放著朝政不理，卻去追求修道成仙，妄圖長生不老，(銳精未久，妄念牽之而去矣，反剛明而錯用之，謂遙興可得而一意修玄。)，又說嘉靖“侈興土木，二十餘年不視朝，綱紀弛矣”以致入不敷出，民不聊生，所以老百姓才說“嘉靖者，言家家皆淨而無財用也。”像這樣的罪狀，林林總總的列了好多條。
嘉靖帝讀完奏疏，怒不可遏，確實，任何一位專制皇帝都不會容忍這樣的攻擊，嘉靖憤怒的把奏章往地上一摔，高聲喊道：“把他抓起來，不要讓他跑了！”一旁的宦官黃錦連忙跪奏：“皇上息怒，這個人素來是個書呆子，聽說他知道自己此次必死無疑，所以他在上疏前就買好了棺材，與家人訣別並且遣散了僕人，這個人是不會逃跑的”。嘉靖帝聽完後長嘆了一聲，又把奏章撿了起來，認真的讀了好幾遍。最後嘉靖帝決定暫時不給海瑞任何處罰，奏章也留中不發。
幾個月後，嘉靖帝依然氣憤難平，越想越來氣，於是下令讓錦衣衛把海瑞逮捕入獄，至於如何處罰海瑞，刑部給出的意見是絞刑處死，但是，在奏章上呈嘉靖帝簽字時，嘉靖卻久久沒有批覆。
就這樣，海瑞在獄中足足待了十個月，一直到嘉靖帝去世，他才得以被釋放出獄，據說當牢房看守把嘉靖駕崩的消息告訴他時，海瑞先是呆了一會，然後突然放聲大哭起來，哭得撕心裂肺，接著就開始吐，直到吐出膽水，一旁的看守都嚇呆了。
根據記載不難看出，嘉靖帝在處理海瑞的問題上十分猶豫不決，其實在前面我們可以看出，嘉靖確實很迫切的想殺死海瑞，但又是什麼原因讓他遲遲沒有決定呢？
原因很簡單，嘉靖一生非常愛面子，他不想死後落下個昏君的罵名。如果他殺了敢於諫言的海瑞，天下人肯定會罵他是昏君。這一點，嘉靖心裡非常清楚。他自己都說過：“此人可方比干，第朕非紂耳。”他明白自己要是殺了海瑞，一定會跟紂王之類的昏君並列。為了給自己留下一個好名聲，所以嘉靖才沒有處死海瑞，而是把他關在獄中。
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