一、背景
留抵稅額，是納稅人已繳納但未抵扣完的進項稅額。我國過去一直實行留抵稅額結轉下期抵扣制度，僅對出口貨物服務對應的進項稅額，實行出口退稅。從國際上來看，留抵退稅是主流做法。在建立普遍留抵退稅制度的國家，基本沒有單獨的出口退稅，對出口企業採取的是出口免稅，其進項稅額統一通過留抵退稅制度來解決。
近年來，隨著營改增的全面推開，進項抵扣範圍不斷擴大，納稅人的留抵稅額呈現總量越來越大、涉及納稅人越來越多的顯著特點。隨著深化增值稅改革的推進，我國營商環境的日益改善，各界對留抵退稅制度化的呼聲也越來越大，期望越來越高。2018年6月，財政部 稅務總局發佈《關於2018年退還部分行業增值稅留抵稅額有關稅收政策的通知》（財稅〔2018〕70號），試行對部分行業增值稅期末留抵稅額予以退還的政策。本次《關於深化增值稅改革有關政策的公告》（財政部 稅務總局 海關總署公告2019年第39號）取消了行業限制，對於符合條件的納稅人，均有機會申請享受增值稅期末留抵稅額退稅制度。
二、退稅條件（需同時符合）
（一）自2019年4月稅款所屬期起，連續六個月（按季納稅的，連續兩個季度）增量留抵稅額均大於零，且第六個月增量留抵稅額不低於50萬元；
（二）納稅信用等級為A級或者B級；
（三）申請退稅前36個月未發生騙取留抵退稅、出口退稅或虛開增值稅專用發票情形的；
（四）申請退稅前36個月未因偷稅被稅務機關處罰兩次及以上的；
（五）自2019年4月1日起未享受即徵即退、先徵後返（退）政策的。
注：
1．將納稅人2019年3月底的留抵稅額時點數固定設為存量留抵，納稅人每個月的增量留抵，都是和2019年3月底的留抵比新增加的留抵稅額。
2．本次留抵退稅，是全面試行留抵退稅制度，不再區分行業，只要增值稅一般納稅人符合規定的條件，都可以申請退還增值稅增量留抵稅額。
3．2019年4月1日以後新設立的納稅人，2019年3月底的留抵稅額為0，因此其增量留抵稅額即當期的期末留抵稅額。
4．加計抵減額並不是納稅人的進項稅額，不會形成留抵稅額，因而也不能申請留抵退稅。
5．2019年4月1日以後一次性轉入的待抵扣部分的不動產進項稅額，在當期形成留抵稅額的，可用於計算增量留抵稅額。
6．對增量部分給予退稅，一方面是基於鼓勵企業擴大再生產的考慮，另一方面是基於財政可承受能力的考慮，若一次性將存量和增量的留抵稅額全部退稅，財政短期內不可承受。因而這次只對增量部分實施留抵退稅，存量部分視情況逐步消化。
7．要設定連續六個月增量留抵稅額大於零，且第六個月增量留抵稅額不低於50萬元的退稅條件,主要是基於退稅效率和成本效益的考慮，連續六個月增量留抵稅額大於零，說明增值稅一般納稅人常態化存在留抵稅額，單靠自身生產經營難以在短期內消化，因而有必要給予退稅；不低於50萬元，是給退稅數額設置的門檻，低於這個標準給予退稅，會影響行政效率，也會增加納稅人的辦稅負擔。
8．39號公告中規定的“從4月稅款所屬期起連續六個月”的具體含義，是隻能從4月開始往後算6個月，而不能往前倒算。也就是說，最早滿足連續6個月的情形，是今年4月至9月的連續6個月。還有一點需要注意的是，連續6個月並不一定從今年4月開始算，納稅人可以從4月以後的任何一個月開始計算連續六個月，比如5月到10月，6月到11月等等。
9．為了鼓勵納稅人誠信納稅和防範退稅風險，還設置了另外4個退稅條件：一是將退稅主體限定在納稅信用等級為A級和B級的納稅人，這也是2018年留抵退稅條件的延續；二是納稅人在申請退稅前36個月內不能有騙取留抵退稅、出口退稅或虛開增值稅專用發票行為；三是不能因偷稅被稅務機關處罰兩次及以上；四是2019年4月1日以後沒有享受過即徵即退、先徵後返或先徵後退政策的納稅人，才可以申請留抵退稅。相關條件中對違反稅收法律法規的納稅人不予退稅，也是懲惡揚善的體現。需要注意的是，出於防範退稅風險的考慮，未享受過即徵即退、先徵後返或先徵後退政策的這項條件是按照納稅主體而不是按照即徵即退項目來限制的。也就是說，只要享受過這些優惠政策的納稅人，其一般項目的留抵也是不允許退稅的。
10．納稅信用等級為M級的納稅人不符合規定的申請退還增量留抵稅額的條件。
三、退稅計算
允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例×60%
進項構成比例，為2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期內已抵扣的增值稅專用發票（含稅控機動車銷售統一發票）、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證註明的增值稅額佔同期全部已抵扣進項稅額的比重。
注：增值稅法定抵扣憑證包括：
1.增值稅專用發票
2．海關進口增值稅專用繳款書
3．農產品收購發票或者銷售發票
4．接受境外單位或者個人提供的應稅服務，從稅務機關或者境內代理人取得的解繳稅款的完稅憑證
5．機動車銷售統一發票
6．收費公路通行費增值稅電子普通發票
7．增值稅一般納稅人支付的橋、閘通行費，取得的通行費發票（不含財政票據）
8．購進國內旅客運輸服務取得的電子普通發票，註明旅客身份信息的航空運輸電子客票行程，鐵路車票，公路、水路等其他客票。
注意：以上可以退留抵的進項是1、2、4、5標紅的抵扣憑證，計算進項構成比重時分子分母都是已抵扣的憑證。
旅客運輸服務計算抵扣的部分並不在退稅的範圍之內，但由於退稅採用公式計算，因而上述進項稅額並非直接排除在留抵退稅的範圍之外，而是通過增加分母比重的形式進行了排除。
四、退稅程序
（一）納稅人應在增值稅納稅申報期內，向主管稅務機關申請退還留抵稅額。
注：提交留抵退稅申請必須在申報期完成，以免對退稅數額計算和後續核算產生影響。由於設置了連續6個月增量留抵的條件，因此，今年10月將是符合退稅條件的納稅人提出退稅申請的首個期間。要求納稅人在納稅申報期內提出退稅申請，一方面，是考慮了留抵退稅申請和增值稅納稅申報的銜接，這樣可以簡併納稅人跑稅務局的次數，減輕納稅人負擔；另一方面，也是考慮到和出口退稅制度的銜接問題。
（二）留抵退稅和出口退稅的銜接
當納稅人既有內銷業務，又有出口業務時，出口退稅和留抵退稅制度需要進行有效銜接。具體來說，對於適用免抵退稅辦法的生產企業，辦理退稅的順序是，先辦理出口業務的免抵退稅，待免抵退稅完成後，還有期末留抵稅額且符合留抵退稅條件的，可以再申請辦理留抵退稅。
如果是適用免退稅辦法的外貿企業，由於其進項稅額要求內銷和出口分別核算，出口退稅退的是出口貨物的進項稅額。因此，應將這類納稅人的出口和內銷分開處理，其出口業務對應的所有進項稅額均不得用於留抵退稅；內銷業務的留抵稅額如果符合留抵退稅條件，可就其內銷業務按規定申請留抵退稅。
例：某生產型出口企業適用增值稅免抵退稅辦法，徵稅率13%，出口退稅率為16%，2019年4月單證、信息齊全的出口貨物銷售額120萬元，內銷貨物不含稅銷售額為80萬元，國內購進一批原材料，增值稅專用發票上註明的價款為100萬元，增值稅額為13萬元，無期初留稅額。
解析：
本期免抵退稅額=120×16%=19.2（萬元）
本期免抵退稅不得免徵和抵扣稅額=120×（13%-16%）=-3.6萬元，適用稅率減去退稅率的差為負數的，要視為零來參與計算免抵退稅額。
本期應納增值稅額=80×13%-（13-0）=10.4-13=-2.6萬元
期末留抵稅額為2.6萬元，當期應退稅額2.6萬元，免抵稅額19.2-2.6=16.6萬元。
先辦理出口業務的免抵退稅，待免抵退稅完成後，該企業期末留抵稅額為0，不得再申請辦理留抵退稅。
（三）退稅後續操作
納稅人取得退稅款後，應及時調減留抵稅額，否則，會造成重複退稅。在完成退稅後，如果納稅人要再次申請留抵退稅，連續6個月計算區間，不能和上一次申請退稅的計算區間重複。
例：某企業2019年3月底存量留抵50萬元，4月-9月的留抵稅額分別為60、55、80、70、90和100萬元, 4月-9月全部憑增值稅專用發票抵扣進項。由於納稅人連續6個月都有增量留抵稅額，且9月增量留抵稅額為50萬元。如果該企業也同時滿足其他四項退稅條件，則在10月份納稅申報期時可向主管稅務機關申請退還留抵稅額30萬元（50*100%*60%）。如果該企業10月收到了30萬元退稅款，則該企業10月的留抵稅額就應從100萬元調減為70萬元（100-30=70）。
（四）此次深化增值稅改革涉及增值稅期末留抵退稅也適用《財政部 稅務總局關於增值稅期末留抵退稅有關城市維護建設稅 教育費附加和地方教育附加政策的通知》（財稅〔2018〕80）規定，即對實行增值稅期末留抵退稅的納稅人，允許其從城市維護建設稅、教育費附加和地方教育費附加的計稅（徵）依據中扣除退還的增值稅稅額。
五、會計分錄
參考《財政部 國家稅務總局關於退還集成電路企業採購設備增值稅期末留抵稅額的通知》（財稅〔2011〕107號）第三條第二項規定，企業收到退稅款項的當月，應將退稅額從增值稅進項稅額中轉出。收到退還的期末留抵時：
借：銀行存款
貸：應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）
轉登記納稅人尚未申報抵扣的進項稅額以及轉登記日當期的期末留抵稅額，計入“應交稅費—待抵扣進項稅額”核算。
六、案例
某增值稅一般納稅人，2015年成立，同年被認定為增值稅一般納稅人。增值稅按月申報，納稅信用等級為A級，無出口業務。2019年3月期末留抵為10萬元，2019年4-9月增值稅申報情況如下：
解：
1.計算進項構成比例
假設該企業2019年4月至2019年9月已抵扣的增值稅專用發票（含稅控機動車銷售統一發票）、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證註明的增值稅額為781.2萬元，同期全部已抵扣進項稅額為868萬元，則退還比例=781.2/868=90%。
2.計算增量留抵稅額=2019年9月期末留抵稅額68萬元-2019年3月期末留抵稅額10萬元=58萬元。
3.該企業允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例×60%=58×90%×60%=31.32萬元。
該企業應在2019年10月增值稅納稅申報期內，向主管稅務機關申請退還留抵稅額。取得退還的留抵稅額後，應相應調減當期留抵稅額，2019年9月的期末留抵由68萬元變為68-31.32=36.68萬元。
借：銀行存款 313200
貸：應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）313200
假設該企業2019年10月，11月，12月，2020年1月，2月，3月連續6個月增量留抵均大於零，且2020年3月與2019年3月底的留抵稅額相比，增量留抵稅額不低於50萬元，並同時符合其他條件，則再次滿足退稅條件，該企業可以在2020年4月申報期向主管稅務機關申請退還留抵稅額。
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