嘉靖雖然不是一個好皇帝，但是絕對是一個成熟的政治家。精通帝王心術的嘉靖，操控群臣如提線木偶。
當時，以嚴嵩為首的嚴黨、徐階為首的清流加上呂芳掌握的司禮監共同維持朝廷權力的平衡。
嚴格意義上來講，呂芳算不上一股獨立的勢力，他不過是嘉靖用來平衡嚴嵩、徐階的工具罷了。正如嘉靖皇帝所說：
呂芳從來就沒有自己的人。
呂芳陪伴嘉靖這麼多年，可以說沒有功勞，也有苦勞。更何況嘉靖皇帝也是個顧及舊情的人。嘉靖沒有什麼親人，實際上呂芳就是嘉靖的親人。嘉靖對呂芳是信任的，而呂芳對嘉靖也是忠誠的。那麼為什麼嘉靖會責怪呂芳的？
嘉靖有句話說得很好“小仗受、大仗走”。比如鄭必昌、何茂才帶著織造局的燈籠去買田的時候，嘉靖非常的生氣，大罵嚴嵩父子，弄得八十多歲的嚴嵩都流眼淚了。但是此時的嘉靖並未想過扳倒嚴嵩。
等到嘉靖真正下決心的時候，他對嚴嵩父子客客氣氣，滿足嚴嵩父子的要求，態度不可謂不好。
從這裡就能夠看出來，嘉靖對呂芳態度不好實際上是對呂芳的一種呵護。因為朝局已經變了，呂芳已經不能夠像以前那樣，躲在後面做個老好人了。
嘉靖明白，呂芳也明白。當然呂芳不是黃錦，他也是有私心。所以呂芳才會在世子出生以後，派自己的乾兒子馮保進入裕王府，希望能夠搭上裕王這條線。
嘉靖生氣的也是這個地方，因為呂芳有私心了。嘉靖執掌天下這麼多年，不可能不知道宮廷裡面的人叫呂芳老祖宗。呂芳揹著嘉靖去找嚴嵩和徐階談的時候，嘉靖知道了此事，非常生氣。為什麼呢？因為嘉靖權力慾望非常強。呂芳把供詞案卷不先給他看，便是對嘉靖不忠。他私自跑去找嚴嵩和徐階，是有結黨的嫌疑。還有一點，嘉靖也後來對呂芳說過，呂芳去勸說，他們會以為是嘉靖的意思。
所以嘉靖皇帝大發雷霆，為了就是敲打一下呂芳。
嚴黨倒臺以後，朝廷的局勢已經發生了變化。呂芳已經想太子靠攏，這是已經不希望看到。
嘉靖需要的是司禮監能夠站出來，充當嚴嵩的角色，為他遮風擋雨。以呂芳的性格，呂芳是不會這麼做的，因為呂芳知道這麼幹，日後很難善終。
嘉靖明白呂芳的想法，所以找個理由懲罰了呂芳，實際上是讓呂芳能夠頤養天年。
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