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事实上，按照金庸小说里面的故事线，明教是在昆仑派之后入驻昆仑山的。明教为什么选择立派昆仑山呢？主要是因为当时以方腊为教主的明教与朝廷招安的梁山好汉互打，最后两败俱伤。明教损失惨重，教主方腊被擒，教内高手也所剩无几，剩下的漏网之鱼为了躲避朝廷的追杀，便远赴西域，最后选择躲进昆仑山中，以图东山再起。
明教和昆仑派所当时处地理位置可见上图，昆仑派虽与明教同处昆仑山，但昆仑山何其之大，明教刚入昆仑山，都是残兵败将，自然想的是休养生息，与昆仑派离得越远越好，所以一开始与昆仑派根本不会碰面的。明教蛰伏了好长时间之后，直到明教阳顶天的崛起，才与昆仑派应当是有了正面的冲突，不断摩擦之后彻底爆发演变成世仇，像灵宝道长、游龙子和白鹿子几任掌门人，都是连续死在明教中人的手中。昆仑派在西域备受明教打压，为了对付明教，转而加大与中原各派的联络，大吐苦水。然后就引致了峨嵋派孤鸿子挑战杨逍，少林三渡与阳顶天的一战，再经谢逊一事，六大派都成功与明教结仇，最终经成昆暗中串联，就形成了反明教联盟。
因此，归根结底，是明教一开始不愿惹事，加上昆仑山山脉之大，所以才有了明教壮大的机会。
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（一）一般说昆仑山指的是昆仑山脉，它不是像嵩山那样的一座山，而是由无数个山峰组成，是绵延数千里的巨大山脉。
《倚天屠龙记》中明教的总坛设在光明顶，而昆仑派在三圣坳，这显然不在一个地方。书中描写三圣坳:“不一日来到昆仑山三圣坳，但见遍地绿草如锦，到处果树香花。……原来那三圣坳四周都是插天高山，挡住了寒气。”对于光明顶周边的描写却是一片戈壁沙漠，两个教派虽然同处昆仑山，然而气候环境却大相径庭，说明了两派位置上相距甚远。
（二）倚天开篇就提到昆仑三圣何足道，他一出手就惊艳全场，欲以一人之力与少林寺争雄，迫使天鸣方丈几乎认输，可以说实力强劲。只不过后来张君宝的出现让他铩羽而归，发誓从此不再踏足中原。昆仑派因何足道的崛起震惊武林，明教自然不愿招惹。
（何足道）（三）明教是以反对元朝统治为主旨的，无意消灭六大派，他们和六大派的恩怨，大多是因为成昆的挑唆而成。昆仑派与明教之间也确实争斗不断，何足道的师傅白鹿子，就是死于明教高手手中，等到何太冲做了掌门，他和夫人班淑娴屡次找杨逍拼命，却因为杨逍武功高强不能如愿。这时候阳顶天去世，明教四分五裂，昆仑派同样人才不济，所以谁也奈何不了对方。
（阳顶天）
剑胆琴心01
当初阳顶天在世时，昆仑派昆仑三圣何足道尚在，何足道武功超群，阳顶天仅凭四层不到的乾坤大挪移并不敢强吃昆仑派，而随着阳顶天，何足道相继死去，光明左使杨逍刚愎自用，想主持明教，引发法王，五散人，五行旗相继离开光明顶，，明教实力大减，名存实亡，而后，明教继位教主张无忌胸无大志，不以壮大明教为己任，试图交好六大门派，以至于，始终无法吞并昆仑派，还有朱武连环庄，可惜
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山有木兮弗野
谁正谁邪？世人眼中视明教为魔教，是由于元朝廷的误导，蒙蔽百姓。明教的教义有言：怜我世人，忧患实多……这是悲天悯人侠义之道啊！昆仑身为六大派之一，素以正派自居，可是何太冲班淑娴西华子之流又岂是正人居子？孰正孰邪？明教并没有称霸天下的野心，关心的是百姓的疾苦，反的是朝廷的腐败。又怎会对付昆仑派呢？
开向直隶湾
两者高层有内部协议。
