流泪谷
秦琼也参加了玄武门之变，只是不在玄武门内，而在外围。
李世民玄武门之变将李建成一箭穿心，尉迟恭单骑救主将李元吉一枪刺死，随后带刀披甲逼正在湖中划船的李渊立李世民为太子，所以功劳最大，李世民当皇帝后论功行赏，尉迟恭食封一千三百户。这里有个问题，就是和尉迟恭齐名战斗力相当的秦琼也参加了玄武门之变，为啥食封只有七百户，比尉迟恭整整少了六百户。于是有人说，秦琼看不惯李世民杀兄戮弟逼父抢弟媳妇，所以没参加玄武门之变，其实根本不对。
《旧唐书》列了李世民伏击李建成的十个人人员名单：长孙无忌、尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝。其中没有秦琼。十人除了长孙无忌是文臣外，其他都是勇将，张公瑾在随后的战斗中凭一人之力就把玄武门城门关了。公孙武达年轻时一人一刀击杀几十名强盗。杜君绰后来食邑一千户，当了禁军统领。郑仁泰后来成为和薛仁贵齐名的悍将，李孟尝是李世民玄甲军骁勇，刘师立是李世民贴身保镖，独孤彦云在随后的颉利可汗与唐对峙中不幸牺牲，他是跟随李世民出渭桥谈判护卫之一。侯君集不用详述。这个阵容是非常科学的，包括李世民全是战斗人员。
但到《新唐书》里就成了十二个人：长孙无忌、尉迟恭、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦琼、段志玄、屈突通、张士贵。这个名单里长孙无忌、房玄龄、杜如晦、宇文士及是文臣，屈突通当时并不在长安城，高士廉在玄武门外的芳林门接应，并没有进去。能打的只有尉迟恭、侯君集、程知节、秦琼、段志玄，张士贵。可见这个名单是不准确的，只能说这些人参与了玄武门之变，或在现场，或幕后策划。
秦琼就属于外围接应人员。李世民身边尉迟恭和秦琼战斗指数最高，所以李世民派尉迟恭跟自己进去动手，派秦琼带领余众在外围接应，配合作战。因为谁都不知道进去能不能成功，如果没得手就得出来赶紧往洛阳跑，跑不了就是死路一条，所以外围没人接应是不行的，比如高士廉就在芳林门接应，没进去。因此秦琼也是玄武门之战功臣之一，只是他在外围接应，没有尉迟恭亲手打死李元吉救李世民一命的功劳大，所以他的食封比尉迟恭少了整整六百户。
唐风宋月
玄武门之变，至所以看不到秦琼的身影，主要有以下两方面的原因:
一、秦琼是个厚道君子。秦琼认为自己之所以在朝廷拥有一席之地，都是开国皇帝李渊所给予。他不能背叛自己的恩主，而为了将来的富贵去投靠新的权势者。所以，太子建成和秦王世民，他谁也不站。
二、由于早年征战太多，秦琼伤痕累累，身体很不好。天下平定后，他基本宅在家里，休养身心，不与世俗事接触。
竹院青史阁
我们先来看看玄武门之变之前李世民的处境，这个时候李世民的处境并不好，可以说已经完全落入下风，迫不得已之下才兵行险着，在玄武门事变之前一天李世民诬告李建成李元吉与后宫有染，李渊下旨诏李建成二人次日进宫问话 由此李世民掌握李建成的行踪。
可以说李世民并没有十足的把握，所以有一种说法是李世民为了家人的安全将自己的心腹也是武力最高之人秦琼留下 若失败则秦琼率人保护家眷离京
