千年攻爵
《宠物小精灵》系列动画中，给观众们留下印象最深的邪恶组织就是火箭队，毕竟由武藏、小次郎和喵喵组成的行动小队一直以来都在为他们幕后的反派组织刷脸。不过，包括大家耳熟能详的火箭队，神奇宝贝世界中还存在其余十一个邪恶组织，虽然都被统称为“反派组织”，但实际上他们的目的却各不相同。
火箭队
从动画第一季的「无印篇」开始，火箭队便一直在执行抢夺神奇宝贝的计划，而且曾经还制造出一直传说的神奇宝贝“超梦”，从表面上看，众人都知晓他们在渴望得到世界上最强的神奇宝贝，但实际上执行这一切的目的就是为了利用这些强大的神奇宝贝“征服世界”。
熔岩队&海洋队
熔岩队与海洋队一直以来都是“水火不容”的对立组织，熔岩队一心想利用固拉多“扩张陆地面积”，相对的海洋队则想利用盖欧卡“扩张海洋面积”，他们只追求自认为完美的摄像却完全不顾及其他人是否陷入危难，沉浸在自己幻想里的他们一直被人们视为疯狂的反派组织。
银河队
如果说火箭队欲征服世界，那么银河队则是欲重新“创造世界”，他们一直在寻找控制帝牙卢卡和帕路奇亚的方法，并想要利用这两只神奇宝贝的力量将现有世界清零并重新创造出比现在的世界更加完美的世界。
等离子队
欲将“神奇宝贝与人类完全分离”的等离子队，表面上在世界各地演讲（洗脑）分离的好处，背地里则研究并制造着将人类与神奇宝贝的关系清除的机器，同时还研究了许多控制神奇宝贝的便携式机器。
闪焰队
表面上他们是研发高科技为民众带来便捷的普通科研组织，但实际上他们却一直在以此赚取自己制造控制基格尔德的装置，但是一直以来都没有什么重大的突破，所以只在暗地里执行着自己的计划。
骷髅队
这是一个自发组织的反派组织，他们没有任何远大的邪恶目的，只会到处滋事惹麻烦以及抢夺他人的神奇宝贝，起初骷髅队只是一小股流氓势力，后来却逐渐扩大并为其他反派组织提供有偿支持。
