千年攻爵
《寵物小精靈》系列動畫中，給觀眾們留下印象最深的邪惡組織就是火箭隊，畢竟由武藏、小次郎和喵喵組成的行動小隊一直以來都在為他們幕後的反派組織刷臉。不過，包括大家耳熟能詳的火箭隊，神奇寶貝世界中還存在其餘十一個邪惡組織，雖然都被統稱為“反派組織”，但實際上他們的目的卻各不相同。
火箭隊
從動畫第一季的「無印篇」開始，火箭隊便一直在執行搶奪神奇寶貝的計劃，而且曾經還製造出一直傳說的神奇寶貝“超夢”，從表面上看，眾人都知曉他們在渴望得到世界上最強的神奇寶貝，但實際上執行這一切的目的就是為了利用這些強大的神奇寶貝“征服世界”。
熔岩隊&海洋隊
熔岩隊與海洋隊一直以來都是“水火不容”的對立組織，熔岩隊一心想利用固拉多“擴張陸地面積”，相對的海洋隊則想利用蓋歐卡“擴張海洋麵積”，他們只追求自認為完美的攝像卻完全不顧及其他人是否陷入危難，沉浸在自己幻想裡的他們一直被人們視為瘋狂的反派組織。
銀河隊
如果說火箭隊欲征服世界，那麼銀河隊則是欲重新“創造世界”，他們一直在尋找控制帝牙盧卡和帕路奇亞的方法，並想要利用這兩隻神奇寶貝的力量將現有世界清零並重新創造出比現在的世界更加完美的世界。
等離子隊
欲將“神奇寶貝與人類完全分離”的等離子隊，表面上在世界各地演講（洗腦）分離的好處，背地裡則研究並製造著將人類與神奇寶貝的關係清除的機器，同時還研究了許多控制神奇寶貝的便攜式機器。
閃焰隊
表面上他們是研發高科技為民眾帶來便捷的普通科研組織，但實際上他們卻一直在以此賺取自己製造控制基格爾德的裝置，但是一直以來都沒有什麼重大的突破，所以只在暗地裡執行著自己的計劃。
骷髏隊
這是一個自發組織的反派組織，他們沒有任何遠大的邪惡目的，只會到處滋事惹麻煩以及搶奪他人的神奇寶貝，起初骷髏隊只是一小股流氓勢力，後來卻逐漸擴大併為其他反派組織提供有償支持。
