雖然指紋識別和其他基於生理特徵的生物識別技術一樣，可以用於通道控制，但相對來說，指紋識別技術的應用場景更加廣泛。這是由其設備體積小所決定的。
這樣小的體積，可以使它被應用於小到手機、PDA，大到指紋門禁門鎖等各種電子類產品上。而掌形識別、虹膜識別，則幾乎無法與它比擬。
同時，因為指紋採集設備可以感知手指的不同動作，如手指移動方向、指紋單擊雙擊等，使它可以被用於替換部分需要手指操作控制面板，如筆記本電腦上的觸摸板、手機上的方向鍵等，甚至可以用不同手指表示不同的快捷操作鍵。
另外，基於手指的數目相對臉形、虹膜、掌形等較多，可以實現非常有意義的邏輯組合控制。如對於非常重要的應用場合，可以使用多指認證、多指有序控制等，以實現更為安全的指紋認證。
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