自穆尔爵士率英军自科鲁尼亚撤走之后，拿破仑便以为他已排除了英军再次干涉西班牙的一切可能性。所以他便准备回国，在次要竭尽全力攻占奥地利首都。当拿破仑从巴利阿多利德一回到巴黎，便立即开始为新的多瑙河战役组编部队。同时情报部门向他呈交了一份奥军最近兵力部署报告。当时奥军编为九个军，由查理大公指挥，其中右翼位于波希米亚，有165000人。左翼位于施蒂里亚（今格拉茨）和卡林西亚计有95000人。另外还有10万预备队，一支在加利西亚，另一支由路易大公指挥保卫维也纳。
查理大公的打击力量显然大大超过了法军在德意志境内可调集的兵力，法军在德意志境内的总兵力不超过9万人，因此只能采用攻势防御战略，聚集兵力，后发制人，战争初期，他只命令德意志境内的部队在多瑙河谷的雷根斯堡附近集结，静观奥军行动。同时开始组建新的莱茵观测军，随时准备投入战斗。同时在3月，把西班牙的近卫军紧急调回国内。
当拿破仑还在头疼西班牙的战事之时，奥军抢先一步。4月9日，查理大公未经宣战即率四个军共十四万人向德意志境内的法军开始进攻。其中科鲁华特将军率第五个军为其右翼，自多瑙河北部向雷根斯堡推进。查理大公指挥的奥军主力向西推进至多瑙河和伊萨尔河谷。奥军的入侵使法军措手不及。
但是由于奥军的行动迟缓，让拿破仑有了准备的时间，拿破仑在后方迅速指挥军队开始运转。达武奉命从雷根斯堡慢慢退却并与勒费弗尔的巴伐利亚军在多瑙河以南地形复杂的丘陵地带会合，这两个军应并肩作战，坚守阵地，顶住查理大公的正面进攻。与此同时，乌迪诺和马塞纳则从奥格斯堡东进，强行军抵达弗赖辛和兰茨胡特，以打击正在进攻雷根斯堡的查理大公主力部队的左翼，并切断其交通线。
但是拿破仑对战局太过乐观，迄此法军遭遇的仅是奥军的前卫部队，但到20日黄昏时，奥军已拿下了雷根斯堡，之后查理大公的主力在正南方向宽20英里的正面上展开，向法军和巴伐利亚军全线进攻，但是法军还是坚守住了阵地。次日凌晨2时，他收到了达武的报告说他正受到奥军三个军的重压而且缺乏弹药。拿破仑当即决定驰援达武。同时，他还命令乌迪诺率两师生力军北进以增援达武。而法军的南路也到达了一个叫埃克缪尔的小村，拿破仑在那里可以听到达武抵抗六万六千名奥军进攻的枪炮声。下午2时，拿破仑的先头部队进入格罗斯-拉贝河谷，抵达埃克缪尔并向查理大公的左翼进攻。与此同时，达武和勒费弗尔也向东发起反击。奥军全线均遭卷击，夜幕降临时，奥军朝雷根斯堡的多瑙河大桥溃逃。拉纳率两个骑兵师在月光下乘胜追击，一直追到桥头堡。
法军步兵由于长途行军早已疲惫不堪，因而未能勇猛追击。到次日时，查理大公已将主力撤到了多瑙河左岸(即北岸)，席勒军三万人在兰茨胡特败北后，也撤过了因河并沿多瑙河南岸的维也纳大路退却。查理大公留下一支强大的后卫部队据守雷根斯堡的桥头阵地，然后便向东北朝波希米亚山区退去。
经过反击，拿破仑没有达到其主要目标，即消灭奥军并切断其通往维也纳的退路。但是也将北路的奥军一分为二，通往维也纳的大路上只有席勒指挥的较少的那一半兵力掩护。拿破仑迅速地重新组织力量向维也纳进军，因为他急于抢在查理大公之前赶到那里。
马塞纳4月27日于帕绍强渡因河时没有遇到任何困难。但5月2日在艾贝尔斯贝格强渡特劳恩河时，却遭到席勒后卫的顽强抵抗。该河在此流经一狭窄的峡谷，峡谷之上有一座长二百码的木桥。奥军密集的炮火可以纵射该桥。拿破仑命令马塞纳不惜一切代价向前推进，在这场血战中，法军伤亡五千人，而奥军伤亡则在六千人以上，后者还被迫放弃了阵地。
放弃阵地的席勒，让为维也纳守不住，只好向北与查理大公的军队会合。维也纳城内的马克西米大公在象征性的抵抗之后，5月13日上午法军第二次攻占了维也纳。
进入维也纳的拿破仑才发现对于敌军的行踪茫然无知，而且更使他恼火的是其参谋机构对他正与之作战的这个国家也未提供任何情报。在奥皇逃往波希米亚以及查理大公的军队也在多瑙河北岸销声匿迹之后，拿破仑现在的问题是促成第二次奥斯特里茨会战，一劳永逸地粉碎奥地利的军事力量。但是如何才能使之成攻，请看下回图文介绍。
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