肥害產生的原因比較複雜，與作物品種、土壤水分條件、施肥方式等因素有關。小面積肥害常由施肥不當引起，大面積肥害通常由肥料中有毒有害物質超出作物忍受能力或者特殊的氣候條件導致。此外，“黑心肥”造成的減產、絕收，也應列入肥害範疇。
過頻過量過於集中和長期大量偏施
過頻、過量或過於集中施肥，會導致燒苗、枝葉徒長、倒伏、病蟲害加重、萎蔫，重者可致植株死亡。比如過量施用尿素、硝酸鉀、硫酸銨、碳酸氫銨等速效化肥，會灼燒樹根；有機肥施用過於集中或未經腐熟，因分解發熱並釋放甲烷等有害氣體，會對種子或根系產生毒害，易造成燒根；一次施用化肥或人畜糞尿過多，或施肥時水分不足，易引起燒苗或萎蔫。
長期大量施用某種肥料易導致作物營養失衡。比如，氮肥施用過多，會造成植物硝酸積累，葉片變黃。長期施肥品種不當，會加深土壤酸化或鹼化，傷害作物根系。
有毒有害物質超出作物忍受能力
一是肥料中有毒有害物質超出標準要求，屬於不合格肥料或假肥；二是雖然符合產品標準，但其含有的有毒有害物質超出了農作物忍受能力。
氯離子對忌氯的菸葉、茶葉、柑橘、葡萄、西瓜、馬鈴薯、甘薯、番茄等農作物施用含氯肥料，會嚴重影響作物生長。酸性土壤中，施用含氯化肥會使土壤酸性增強，增大土壤中活性鋁、鐵的溶解度，加重對作物的毒害。
縮二脲複合肥生產工藝中如高塔熔融噴漿造粒工藝，高溫時間持續過長，可能會產生縮二脲。縮二脲會導致農作物燒苗、燒根，造成肥害。
遊離酸遊離酸超標會傷害植物種子和幼苗，遊離酸含量高腐蝕性強，易導致土壤板結。若含量高於5%，施用後容易引起作物根系中毒或腐爛。
脫水型燒傷型毒害型肥害
脫水型肥害由於一次施用化肥過多，或施用濃度過大，或土壤水分不足，施肥后土壤內肥料濃度大，引起作物細胞內水分反滲透，造成作物脫水，往往使得作物萎蔫，輕者影響生長髮育，重者造成死亡。
燒傷型肥害有的化肥如碳銨在氣溫比較高的情況下施用，容易產生大量氨氣，燒傷作物葉片，輕者作物下部葉尖發黃，重者全株赤黃枯死。
毒害型肥害有的化肥如石灰氮，如果直接施用，會在土壤中轉化，分解過程中產生有毒物質，毒害作物根部。又如在水稻田施用過量的硫酸銨後，稻根會因硫化氫毒害變黑，引起秧苗受害乃至死亡。
科學施肥加大有機肥投入
農民應通過肥料科學統籌管理防肥害於未然， 做到“一要二不宜三不要”。
一要選用有機質含量高，經過發酵含有益生物菌的優質商品有機肥。如果使用動物糞便等土肥，也一定要經過充分無害化發酵後使用。土肥發酵時最好摻入有益生物菌，如EM液等。
二不宜一是尿素不宜作種肥，過磷酸鈣拌種用量不能過多，最好是兌水施或拌土施；二是碳銨不宜在高溫時施用，石灰氮不能直接施用，要拌細土或農家肥，進行堆積漚制，待毒素消失後再用。
三不要一不要使用含有激素的化肥和未發酵的動物糞肥；二不要使用含氯高和縮二脲超標的肥料；三不要貪圖便宜，盲目購肥。
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