1931年9月18日，日本侵略军通过9·18事变，正式开始了侵华战争。在战事开始之后，日本军医学校也完成了战时体制的转移。当时日军战场上的卫生条件得不到保障，死于传染病的士兵比战死的士兵要多很多。据统计，在战场上战死的士兵死亡率只占总死亡率的22.8%；而且对霍乱、伤寒、痢疾等疾病既不能预防，治疗上也是有心无力，得了传染病就被拉走等死了。日本军医学校为了预防传染病，开始玩了命的生产各种传染病的疫苗。石井四郎这时展示出了作为一个医者的才华，为了生产预防痢疾的药片，他设计发明了后来以他名字命名并申请了个人专利的“石井式培养罐”。
（1929年的日本军医学校）
1932年4月，石井四郎经过疏通，在日本军医学校内建立了防疫研究室，地点就在军医学校防疫部的地下室。在《陆军军医学校五十年史》中，有如下记载：“有鉴于9·18事变之前的世界形势及我国医学界的现状，本校深感有关战场疫病预防的研究已刻不容缓。虽有部分人员正在研究，适逢此次9·18事变突然爆发，战场疫病预防法的研究已经成为越发紧迫的国防上的重要课题。为此，本校已获上级批准，于1932年4月对防疫部部分地下室进行改造，以应急性地设立防疫研究室（主任为二等军医正梶冢隆二）。”表面上看这是个战场预防传染病、防范疫情的部门，但石井四郎朝思暮想的细菌武器研究机构终于成立了。而且这个部门的预算并没有在军医学校的预算中，另由临时军费中支出。研究室成立以后，石井四郎又发明了一个东西“石井式滤水机”并获得了专利，这个东西为侵华的日军在战场上提供了急需的清洁水源，也令他声名鹊起。
在《陆军军医学校五十年史》中有一个记载应该引起大家注意，在1932年8月，石井四郎去中国东北出差了，跟他一起去的还有学弟、日后的主要帮凶增田知贞。这是现在有据可考的石井四郎第一次去东北。第二年，也就是1933年，石井四郎又去了中国东北，而且一待就待了半年，一直到1934年的3月下旬才回日本。
那么，石井四郎去东北具体是去哪里了呢？有一个叫做浅见淳的军医，曾经做过石井四郎的学生，对石井四郎比较熟悉，当时正在哈尔滨以南背荫河地区守铁道，曾经看到过石井四郎以“东乡一”的名字在背荫河一带晃悠。而且同石井四郎一同行动的人员都用假名，并自称“东乡部队”。
（背荫河在平房区东南方向）
东乡部队在背荫河地区的活动，现在资料很少，没有留下什么证据。 当地的老乡亲们称呼东乡部队所在地为“中马城”，是因为当时在这修造建筑时监工是个日本人，姓“中马”。现在能说明白的就是“东乡部队”并不是一支“正规军”，而是一支“杂牌军”，没有正式番号，没有正式编制，也不能示人。因为天皇还没批呢（日军自称皇军，建一支军队必须当时的裕仁天皇批准才行）！
1933年-1935年之间，还使用过“加茂部队”这个名称，究其原因自然是石井四郎是加茂人。在731部队还是“东乡部队”在背荫河活动时，已经有大量千叶县加茂村的村民在部队里打工、服役了。在上一章我已经说过，加茂是个相对封闭、保守、落后的村字，经济情况也不好。石井回乡在老家大量征召加茂村民到东北打工，给的工资非常高，比在日本国内打工要高好几倍。有很多加茂村民通过给石井四郎打工赚了不少钱，让自己的家庭过上相对富裕的生活。在石井的老乡们“圆满”完成上级交代的任务后，不管是打杂的、做饭的、烧锅炉的，石井四郎还都会给予一次性退休金，说白了就是封口费，意思就是别把这些烂事说出去。此外还要发一枚勋章，叫做“勋八等旭日勋章”，因为保密，731部队给的勋章是一张白纸，不能写明干什么了。这是在战后很多年里731部队的取证非常困难的原因之一，因为在加茂村民看来，石井四郎是为他们做了“好事”的人，帮助他们摆脱贫穷。他们自然不会出卖自己的“恩人”。
而且在这个731部队的“幼兽时期”，这些军医们就已经开始使用活人进行细菌实验了。在得到勋章和一次性退休金的老乡里，有一个叫做瓜生荣二的（好“二”的名字），他得到的一次性退休金比别人都多。为什么呢，因为被人给揍了，据他家亲戚说，瓜生荣二在实验对象逃跑时，脑袋瓜子挨了一记重击，所以多给点钱，起到安抚之意。这件事情是1934年9月，16名在押”犯人“逃跑（真为他们高兴），其中12人跑到东北抗日联军第三军去了（这也是现在已查明的731部队历史中唯一一次成功的逃亡）。这个瓜生荣二后来又去了平房，在特别班里面当差了（当时怎么就没把他揍死呢！）。通过这件事，我们可以知道，在东乡部队背荫河地区活动时，已经开始用活人进行人体试验了。
1955年中旬，石井四郎的老师清野谦次去世，石井四郎跑过去参加追悼会。在追悼会上还不忘发表长篇大论对自己在战时的做为大加吹捧、粉饰功过。但同时也留下了一些证据可以令人追溯。说什么“在日本国内和中国设立了324个医学研究所，结果是传染病和死亡率直线下降。国家欣喜，支持继续搞。这样就在哈尔滨建造了有丸之内大厦14倍半那么大的综合医学研究所，飞机场、铁路什么都有，就像美国的洛克菲勒研究所一样。”人家洛克菲勒研究所是治病救人，为人类的医学和科学事业做贡献。他石井四郎的“研究所”是杀人工厂，天天祸害人，能是一个东西么？总之，石井四郎在这里所说的研究所便是731部队在平房的特别军事区。
1936年，日本天皇裕仁颁布敕令，终于给了“东乡部队”名份，正式名称“关东军防疫给水总部”。1941年正式确定番号为“满洲第731部队”。731部队中的平房大本营1936年就开始建造，其外围建筑使用了大量的中国劳工，都是从附近的屯里摊派的，不去干活也不行。但是其核心设施石井四郎就只信任加茂村民了。“口字楼”和“特别监狱”都是一水儿都是由加茂村的雇员施工，不用中国老百姓。
1938年6月，根据日本关东军1539号命令，关东军防疫给水部正式进驻平房特别军事区。平房特别军事区占地120平方公公里。其中核心区域6.1平方公里。里面的设施极其现代化，所有的马桶都是抽水马桶，而且居然是24小时供应热水。从那时开始，从吉林拉法开往哈尔滨的火车到了双城的周家站必须拉上窗帘，到了哈尔滨的孙家站才能把窗帘拉开。火车上有日本宪兵，谁敢拉开窗帘，那就倒了血霉了，等待着这个不幸的人的命运，很有可能就是解剖台和焚尸炉了。
731部队这个邪恶的怪物，终于张开了它那恶臭的、充满细菌的血盆大口，开始吞噬众生了。
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