付加苗子
田餘慶先生在《東晉門閥政治》一書中提及：
回顧晉末歷史，事端迭起，矛盾交織。各種矛盾在局勢的演化中都起了自己應起的作用。我在這裡試圖說明的問題只是：各種矛盾的發展都受這個時代的主要矛盾的制約，都在促進次等士族奪取門閥士族的統治權力，從而完成（晉）孝武帝開始的重振皇權的過程。“晉祚盡昌明”，而繼立的宋祚卻執行著司馬昌明（晉孝武帝）的遺囑；其中被揚棄的，是以“王與馬共天下”為開端的門閥政治。這是一個歷史的辯證過程。見《東晉門閥政治》“劉裕與孫恩”章第五篇：孫恩、劉裕與次等士族。從門閥政治的“變態”回覆到皇權政治的傳統，是東晉末年的歷史大勢。劉裕之所以能擊敗桓玄，與這一大勢是分不開的，可以說，種種原因都是圍繞這一大勢展開的。
東晉門閥政治本身東晉皇室（司馬家小宗）與南渡北方世族相互妥協的產物。這種政治妥協是脆弱的皇權與僑居的世族聯合的臨時機變產物，一旦世族腐化，便無法阻擋皇權政治在時來運轉之後的迴歸。
世族門閥本身，為了維持各家的地位，就不可能允許一家獨大；為了維持世族門閥的一致利益，也不可能容許司馬皇室重振皇權。而上述利益訴求，還都是建立在東晉那脆弱的內外形勢之上。因此東晉門閥政治本身的維持，就必須依靠高智商情商的政治人才來運用手腕平衡各方關係。這也是王導、謝安對於東晉政治的作用所在。
桓玄從滅殷仲堪取得長江中游割據優勢開始，到入京篡晉，各家門閥之所以大多持默許態度，是因為前一陣東晉孝武帝與司馬道子父子的一系列重振皇室型政治動作，嚴重觸犯了世家門閥的政治利益，並有進一步威脅各大門閥莊園經濟利益的可能。可以說，各家門閥對桓玄上位的默許，並非對桓玄本身的認可，而是對東晉皇室的自保式反擊。各家門閥是希望桓玄能夠在上位後繼續維持門閥政治及其背後的經濟利益的，各家門閥的心目中，希望桓玄最好是像王導謝安一樣的斡旋宰相。桓玄之所以能夠使劉牢之率領北府兵歸降，並藉此徹底掌握局面，並非桓玄與北府兵關係有多鐵，而僅僅是因為劉牢之對司馬元顯的不滿與忌憚。
然而事態的發展使得各家門閥和北府諸將都對桓玄失望了。
驕奢荒侈，遊獵無度，以夜繼晝。百姓疲苦，超爺勞瘁，怨怒思亂者十室八九焉。 ----------《晉書·桓玄傳》桓玄篡晉侵犯各大門閥世族政治利益不說，還完全沒有一個開國之君應有的勵精圖治的樣子。逼得上至門閥世族、下至平民百姓的東晉士民離心離德。失民心、失士心，僅憑桓家上一代人（溫、衝等人）積累的軍功，也無法挽回日益流失的統治基礎。
一個新皇權，沒有威信，沒有民心，不是紙老虎，又是什麼？桓玄誅除北府將領，解散北中郎將府，雖說這是拔出京揚方面足以抗衡桓家荊襄之軍力的舉措，但大量被解散的北府兵出身低微，他們的出路也便只剩下北遁或造門閥的反。
劉裕的崛起，主要依靠劉穆之、劉毅、諸葛長民、檀道濟、王鎮惡等次等士族重組出一支嶄新的北府兵，這支軍事力量，從將領到兵卒都是次等士族以下的階層出身。這種階層結構決定了該軍事集團的務實能幹色彩，這種凝合了中下層精英的新軍事集團戰勝桓玄代表的腐壞了的舊門閥，是大勢所趨的。在這種新生中下層軍事集團的對比下，即便是舊門閥也能看出孰優孰劣，桓楚政權不僅無法保障門閥政治的平衡，連皇權政治的標準都達不到，跟著桓楚遲早要完。
陳郡謝晦謝述謝靈運、太原王懿、彭城劉榮祖、潁川庾悅庾登之、琅琊王誕王惠王準之王景文、陳郡袁湛、太山羊玄保等世家大族紛紛在劉裕霸府時期加入劉裕集團也算是一個側證。雖然劉裕造宋也遭到不少舊門閥人士反對，但好歹人家劉裕有強有力的軍事功績、軍事實力與軍政人才，以至於舊門閥實力只得放棄門閥政治訴求，改為向新皇權妥協。桓楚在沒有做到上述三軍之前，便為了個人野心匆匆篡位，是典型的作死。而且桓玄的出身決定了他的使命只能是修葺孝武帝與會稽王破壞了的門閥政治之平衡，然而他卻妄圖依靠祖輩軍功僭越晉統，這就是典型的搬起石頭砸自己的腳了。
寒鯤
主要原因是因為桓玄不得人心，而且驕奢荒淫，遊獵無度，使得百姓苦不堪言，朝野勞瘁。其次，劉裕手底下有一大幫的兄弟死心塌地的跟隨他，而桓玄眾叛親離。
元興三年，北府兵將士劉裕，劉毅，何無忌，諸葛長民，魏詠之，檀憑之和劉裕之弟劉道規等紛紛起兵討伐。劉裕與何，檀斬桓修於京口，又與劉道規，孟昶等斬桓弘於廣陵。劉裕暗中策劃，以河內太守辛扈興，弘農太守王元德，振威將軍童厚之等在建康為內應。劉裕率軍進逼，桓玄急加桓謙為征討都督，以殷仲文代桓修為徐，兗二州刺史，又派遣吳甫之，皇甫敷阻拒義軍。劉裕先後斬吳，皇甫二人，接著又大敗桓謙的兩萬軍隊。桓玄挾持晉安帝司馬德宗西奔，劉裕入建康。
桓玄至潯陽，江州刺史供給器甲兵力，桓玄又西上江陵，收集荊州兵，不出二旬，眾至兩萬，樓船，器械甚盛。桓玄於是又率戰艦二百艘，由江陵東下，與劉毅大戰於崢嶸洲，劉毅因風縱火，桓玄大敗，逃回江陵。益州刺史毛璩弟子毛修之為桓玄部下，誘桓玄入蜀，至江陵枚回洲，桓玄被益州督護馮遷殺死。義熙元年（405），劉毅攻入江陵，斬桓玄黨羽，盡滅桓氏，迎安帝還建康，劉裕都督諸州軍事，控制了東晉政權。
