科學、哲學與宗教的關係大致可以整理成下圖：
哲學本身是以邏輯學為基礎，知識論及形上學為二大支柱，倫理學又架構在這二大支柱之上。 形上學與倫理學與宗教較接近，是研究關於人生從何來? 死往何去? （形上學）及人應該怎麼做?（倫理學）這人生三大問題；而方法為知識論與邏輯學，則與科學接近。而會有這樣的關係，其實與這三個領域的歷史發展有關。
在原始社會，人類的力量非常渺小，必須在充滿自然風險的環境中求生存，對影響生命的大自然力量十分敬畏，認為所有的大自然力量背後都有一個神，天神，地神，山神，海神，風神，雷神……等等，於是形成了最原始的宗教。隨著氏族部落到城邦的發展，人類隨著文明的進展，開始用理性思考宇宙最初本原及本原如何產生世界生滅變化的問題，哲學於是從宗教中產生。之後，只要能透過實驗實證的，又從哲學中分離出來，成為各門各科的科學。
科學、哲學與宗教三個領域也有了不同的方法：
科學重實證，強調再現性；
哲學重邏輯，強調合理性；
宗教重信仰，強調光啟或覺悟。
之後，西方哲學就在宗教與科學中間擺盪，展開正反合的辯證歷程。如果把本質/現象，主觀/客觀，唯心/唯物，理性主義/經驗主義等等哲學這些對立的概念跟宗教與科學間關係的遠近，大致可以整理成下圖：
這個圖只是大概的描述，其中像畢達哥拉斯及赫拉克利特也是很重要的哲學家沒有特別標出來，但大概是介於米利都學派跟愛莉亞學派中間的轉折。另外，就是留基波——德謨克利特——伊比鳩魯這一組有二條線：留基波大概是愛利亞學派芝諾的學生，早於蘇格拉底； 而德謨克利特大概跟蘇格拉底同時，伊比鳩魯則在亞里斯多德之後。還有唯一不是左右擺盪的是從新柏拉圖主義到理性主義，而這個特例剛好是從中世紀的神學哲學進到近代哲學理性主義的進程。
從這個發展來看，目前哲學的發展處在科學實證主義階段，但科學文明的發展在自然界造成了生態的破壞，在社會上也造成了人群的巨大差距。當歷史走向極端時，或許就是要從科學——物質的這一方往另一個方向：宗教——心靈的方向發展了。
讓我們再從西方哲學回過來看中國的哲學，黑格爾曾說中國沒有哲學。 如果從方法來看，中國的確沒有像西方哲學有邏輯學及知識論這種完整系統化的方法論。 但從內容或所問的問題來看，中國確實是有形上學及倫理學的內容，而且是合邏輯的，只是不像西方哲學有完整的論述過程。 而《易經》以相反相成的陰陽內涵及卦序中非覆即變解釋宇宙及人生的生滅變化的辯證歷程，跟老子的本體論述也都達到西方形上學最高的高度。如果我們真的讀懂《易經》參透宇宙的變化，或許會遠遠超過西方哲學的論述，我們實在應該對我們老祖宗留下的經典有信心並好好研究。或許會在中國哲學的基礎上，融合西方哲學的精華後找到答案，而成為這個時代的指引。尤其，西方哲學走到現在已經遇到瓶頸，進入了死衚衕，才有霍金在《大設計》中所說的“哲學已死”，哲學在當下遠遠落後於科學，貌似已經跟不上科學的步伐，哲學真的會退出歷史舞臺嗎，會被科學取代嗎？這也既是當下哲學的窘境，也正是當下哲學的使命。
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