Graphpad Prism 8.0繪製小提琴圖

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不會編程也可以快速繪製小提琴圖。

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

小提琴圖(Violin plots)是箱線圖與核密度圖的結合,因其形態類似小提琴而得名。小提琴圖在文獻中使用很多,下圖是國際知名期刊PNAS(美國科學院院報)2017年上的小提琴圖:

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

小提琴圖一般使用R語言繪製,那麼不會編程該如何繪製小提琴圖呢?

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

Graphpad Prism是由Graphpad公司推出的一款非常實用的集醫學繪圖、統計為一體的軟件,其最新版本Graphpad Prism 8.0增加了諸多新功能,小提琴圖就是最新支持圖表之一。小提琴圖是箱線圖與核密度圖的結合,包含以下幾層意義:

1.小提琴圖可顯示數據的集中和離散程度,下圖Graphpad Prism 8.0繪製的小提琴圖展示了任意位置的數據密度,數據越集中圖形越“胖”:

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

2. 小提琴圖箱線圖的性質展示了中位數和四分位數的位置:

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

簡單介紹一下四分位數(Quartile),Quartile是指在統計學中把所有數值由小到大排列並分成四等份,處於三個分割點位置的數值。多應用於統計學中的箱線圖繪製。它是一組數據排序後處於25%和75%位置上的值。

四分位數是通過3個點將全部數據等分為4部分,其中每部分包含25%的數據。很顯然,中間的四分位數就是中位數,因此通常所說的四分位數是指處在25%位置上的數值(稱為下四分位數)和處在75%位置上的數值(稱為上四分位數)。

現以Graphpad Prism 8.0軟件給介紹繪製小提琴圖的繪製詳細步驟以及一些Graphpad Prism 8.0的新功能:

1. 打開Graphpad Prism 8.0,新版界面如下,在New table&graph下選擇Column,Data table下選擇Enter or import data a new table,Options下選擇Enter replaced values,stacked into columns,Create:

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

2.在Data1中輸入數據:

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

在Graphs下,點擊Data1,Graph family下Column中選擇Box and violin,選擇小提琴圖:

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3. 對得到的原始小提琴圖進行設置和美化

顯示數據散點:

雙擊小提琴圖,Format Graph下將Plot:Violin plot only改為Violin plot ,Show all points(顯示所有數據點):

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顯示數據點如下:

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

雙擊小提琴圖,Format Graph下Symbols可對數據點顏色和形狀以及大小進行設置:

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

設置小提琴圖填充效果:

雙擊小提琴圖,Format Graph下Violin plot對填充顏色及邊界厚度及顏色進行設置:

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

Fill pattern為不同的填充模式,最終得到如下效果:

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同樣在Format Graph下可對四分位數及中位數進行設置,設置參數包括顏色,線條模式,線條厚度:

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

得到如下效果:

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

4.標記差異或文本

Graphpad Prism 8.0中Draw下可以繪製Lines with text(新功能):

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Lines with text有和獨特之處,即在連接線的正中間預設了一些常用的文本例如ns,以及差異標記#及方框,這能夠方便我們在連接線正中間添加文本,提高效率:

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5.導出圖片

GraphPad Prism 8.0導出tiff圖片最大分辨率(dpi)可高達1200 dpi,對於導出圖像的大小GraphPad Prism 8.0也有提高,Prism 7只能導出最大寬度達到11英寸tiff圖片,而GraphPad Prism 8.0將最大寬度提升至25英寸。

Graphpad Prism 8.0绘制小提琴图

今天給大家分享使用Graphpad Prism 8.0軟件繪製小提琴圖就到此為止,希望對大家有所幫助,謝謝大家!

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