明崇祯十七年，李自成攻破北京城后，崇祯皇帝在煤山自缢身亡，大明朝也宣告灭亡。除了投降李自成的部分官吏外，明朝大部分官员和皇室宗亲都逃到了南方。为了与李自成和清军对抗，明朝的文武大臣拥立福王朱由崧即皇帝位，改元弘光。这也是南明历史上第一个政权。
吴三桂投降清朝后，清军快速入主关中，并打败了李自成的大顺军。在满清皇室看来，李自成始终只是贼寇，不足为虑。南明的朱由崧才是他们的心腹大患。因为在天下百姓看来，朱家才是皇室正统，而他们只是入侵的少数民族罢了!为了消除隐患，清军在击败李自成后，快速南下，并攻破了扬州，进行扬州“十日屠”。不久，南京城也被攻破，弘光帝朱由崧被俘。
弘光政权灭亡后，唐王朱聿键又在郑芝龙等人的拥护下于福州称帝，史称隆武帝。隆武帝继位之初，在大臣黄道周的主持下还发动了短暂的北伐。再加上“联寇抗清”的政策，一度取得不错的战果。但随着郑芝龙叛降清朝，隆武政权也趋于崩溃，隆武帝在被俘后也绝食而亡。
隆武政权灭亡后，中国又出现了两个南明政权。分别是桂王朱由榔的永历政权和唐王朱聿鐭的邵武政权。绍武帝朱聿鐭并没有把清军放在眼中，而是急着与西南部的永历帝争夺正统地位。结果被清军趁虚而入，灭亡了邵武政权。从成立到灭亡，邵武政权只坚持了41天，真的令人感到可笑。
邵武政权灭亡后，清朝统一天下的绊脚石就只剩下永历政权，所以他们集中兵力要除掉永历帝。恰逢当时张献忠被杀，大西军群龙无首，所以永历帝便联合农民军共同抵抗清军。再加上郑成功在东南沿海的强势崛起，抗清局面一度出现高潮。但永历政权内部并不安稳，随着孙可望等三王内讧，清军攻势的加大，永历政权也开始衰败。
为了谋得东山再起的机会，永历帝于1659年逃亡缅甸，被缅甸王莽达收留。后来吴三桂率军攻入缅甸，莽达之弟莽白趁机发动政变，杀掉兄长成为缅甸王。为了向清军示好，莽白发动“咒水之难”，杀死永历帝身边42名大臣和太监，然后将他交给吴三桂。
永历帝被俘后，接连追问了吴三桂三个问题：“汝非汉人乎?汝非大明臣子乎，何甘为汉奸叛国负君若此?汝自问汝之良心安在?”吴三桂听完半天没有回答，然后“缄口伏地若死人，左右扶之出，则色如死灰，汗浃背。”后来清廷让吴三桂把朱由榔送到北京，吴三桂担心途中生变，便请旨在昆明绞死了永历帝。从此，明朝正统政权彻底灭亡。
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