拿破崙首創參謀處
1796年至1815年，拿破崙率領法軍先後遠征意大利、埃及和敘利亞，又與“反法聯盟”之間爆發“拿破崙戰爭”。這些戰爭規模空前，參戰的不僅有步兵、騎兵等傳統兵種，還有炮兵、工兵、通信兵、輜重兵等新興兵種，師和軍逐漸成為法軍固定編制單位。拿破崙深感指揮龐大軍隊進行諸兵種協同作戰極為吃力，便成立參謀處協助其進行指揮。
1801年，拿破崙任命貝蒂埃組建法軍參謀處，參謀處共設4個科：第1科主管編制和兵力人數；第2科主管部隊裝備、炮兵、工兵以及給養、醫院等；第3科主管偵察、情報、作戰計劃、通信、嚮導、軍郵等；第4科主管內部勤務，為行政管理部門。該參謀處機構設置齊全，分工明確，基本具備現代參謀部的組織框架。
不過，受歷史條件所限，當時法軍指揮權仍高度集中於拿破崙本人，法軍參謀處功能發揮極其有限。後人認為，拿破崙最終失敗的一個重要原因，就是未能根據戰爭實際需要有效利用參謀處。
戴高樂成立三軍總參謀部
第二次世界大戰後期，雖然自由法國武裝力量收復本土，但其指揮層戰略眼光嚴重滯後和指揮關係混亂不清等問題凸顯。二戰後，時任法國空軍部長居伊·拉·尚布爾指出：“1914年，法軍總參謀部做好了應付1870年戰爭的準備；而在1940年，他們做好了應付1914年戰爭的準備。”針對法軍領導指揮體制的軍事改革勢在必行。
1958年，戴高樂政府修訂新憲法，並根據新憲法於1959年制定《國防組織法》，此法被認為是法軍現行國防體制的基礎。《國防組織法》對參謀機構作出重大調整，撤銷原陸軍部、海軍部、空軍部，成立三軍總參謀部。三軍總參謀部被明確為法軍最高軍事指揮機關，平時負責制訂部隊建設和作戰計劃，戰時全權負責指揮法軍所有軍事行動。自此，法國總統可以通過國防部和三軍總參謀部分別對全軍實施行政領導和軍事指揮。1982年2月，法國出臺國防部法令，再次明確三軍總參謀長可直接指揮法軍陸海空三軍，各軍種參謀長任副總參謀長，負責協助支持三軍總參謀長決策，但沒有實際指揮權。
儘管上述規定十分具體，但在實際軍事活動特別是危機發生時，軍種參謀長因擁有部隊實際控制權，即便接受三軍總參謀長的指揮，也往往會與三軍總參謀長和三軍總參謀部討價還價，致使三軍總參謀部有名而無實，功能作用發揮極其有限。
提升總參謀部地位權力
冷戰結束和海灣戰爭的爆發，使法軍對未來作戰和指揮的看法發生轉變。為適應國際戰略形勢變化、捍衛國家利益，法國在時任總理、主張改革的巴拉迪爾主持下，於1994年2月頒佈冷戰結束後法國第一份《國防白皮書》。
這份《國防白皮書》提出傳統的作戰指揮方式、軍隊體制編制已無法適應新形勢要求，強調聯合作戰能力建設。法國隨後對三軍統帥機關——三軍總參謀部進行大幅度調整。
一是強調三軍總參謀長和三軍總參謀部在作戰指揮中的核心領導地位。軍事指揮權歸三軍總參謀長，由三軍總參謀長通過三軍總參謀部、聯合作戰中心、聯合作戰計劃參謀部和特種作戰司令部指揮作戰行動。二是設立聯合作戰中心，由三軍總參謀部直接指揮，取消各軍種參謀部的作戰指揮職能。三是成立直屬三軍總參謀長的諸軍種作戰計劃參謀部和軍事情報局，由三軍總參謀部統一計劃、組織和協調指揮法軍及與盟國軍隊的聯合行動。
改組後，三軍總參謀部的內部分工更加明確、更加合理，最終形成三軍總參謀長-三軍聯合作戰中心-戰區聯合作戰指揮部構成的3級作戰指揮體制，提高了諸軍種合成指揮效能。
各軍種參謀長雖然沒有指揮權，但實際權力很大，可全權負責本軍種的預算安排、人員組織、軍事裝備分配以及戰鬥訓練等除作戰以外幾乎所有事務。為加強集中指揮和推動軍事轉型，2005年5月，法國頒佈新國防部法令，取代1982年2月8日的國防部法令，重新界定並強化三軍總參謀長職能。
三軍總參謀長被明確賦予負責法軍全軍軍事規劃準備和國際軍事關係的組織活動，同時從各軍種司令部手中獲得領導軍種日常行動的權力，各軍種從此無法拒絕三軍總參謀部過問各軍種軍事能力建設問題。可以說，自2005年起，各軍種司令部不但在作戰上隸屬於三軍總參謀部，在組織上也是如此，使三軍總參謀長在作戰指揮、軍隊建設上實現了垂直管理。這一重大改革，完全確立了三軍總參謀長在作戰指揮中的核心領導地位，使全軍指揮權真正徹底集中於三軍總參謀長一人手中。
在2013年馬裡的“藪貓行動”中，法軍三軍參謀部的作用得到檢驗。此行動由時任法國總統奧朗德親自決策，三軍總參謀長實施總體領導。2013年1月10日晚，法國接到馬裡“緊急軍事援助”請求，11日上午奧朗德決定出兵。由於指揮權高度統一，當日下午參戰法軍陸、海、空、特種部隊及部分國家憲兵力量就已經在三軍總參謀長命令下實施軍事打擊。在三軍總參謀部的直接指揮下，參戰各軍兵種部隊實現緊密協調配合,成功完成了這次聯合作戰行動。
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