拿破仑首创参谋处
1796年至1815年，拿破仑率领法军先后远征意大利、埃及和叙利亚，又与“反法联盟”之间爆发“拿破仑战争”。这些战争规模空前，参战的不仅有步兵、骑兵等传统兵种，还有炮兵、工兵、通信兵、辎重兵等新兴兵种，师和军逐渐成为法军固定编制单位。拿破仑深感指挥庞大军队进行诸兵种协同作战极为吃力，便成立参谋处协助其进行指挥。
1801年，拿破仑任命贝蒂埃组建法军参谋处，参谋处共设4个科：第1科主管编制和兵力人数；第2科主管部队装备、炮兵、工兵以及给养、医院等；第3科主管侦察、情报、作战计划、通信、向导、军邮等；第4科主管内部勤务，为行政管理部门。该参谋处机构设置齐全，分工明确，基本具备现代参谋部的组织框架。
不过，受历史条件所限，当时法军指挥权仍高度集中于拿破仑本人，法军参谋处功能发挥极其有限。后人认为，拿破仑最终失败的一个重要原因，就是未能根据战争实际需要有效利用参谋处。
戴高乐成立三军总参谋部
第二次世界大战后期，虽然自由法国武装力量收复本土，但其指挥层战略眼光严重滞后和指挥关系混乱不清等问题凸显。二战后，时任法国空军部长居伊·拉·尚布尔指出：“1914年，法军总参谋部做好了应付1870年战争的准备；而在1940年，他们做好了应付1914年战争的准备。”针对法军领导指挥体制的军事改革势在必行。
1958年，戴高乐政府修订新宪法，并根据新宪法于1959年制定《国防组织法》，此法被认为是法军现行国防体制的基础。《国防组织法》对参谋机构作出重大调整，撤销原陆军部、海军部、空军部，成立三军总参谋部。三军总参谋部被明确为法军最高军事指挥机关，平时负责制订部队建设和作战计划，战时全权负责指挥法军所有军事行动。自此，法国总统可以通过国防部和三军总参谋部分别对全军实施行政领导和军事指挥。1982年2月，法国出台国防部法令，再次明确三军总参谋长可直接指挥法军陆海空三军，各军种参谋长任副总参谋长，负责协助支持三军总参谋长决策，但没有实际指挥权。
尽管上述规定十分具体，但在实际军事活动特别是危机发生时，军种参谋长因拥有部队实际控制权，即便接受三军总参谋长的指挥，也往往会与三军总参谋长和三军总参谋部讨价还价，致使三军总参谋部有名而无实，功能作用发挥极其有限。
提升总参谋部地位权力
冷战结束和海湾战争的爆发，使法军对未来作战和指挥的看法发生转变。为适应国际战略形势变化、捍卫国家利益，法国在时任总理、主张改革的巴拉迪尔主持下，于1994年2月颁布冷战结束后法国第一份《国防白皮书》。
这份《国防白皮书》提出传统的作战指挥方式、军队体制编制已无法适应新形势要求，强调联合作战能力建设。法国随后对三军统帅机关——三军总参谋部进行大幅度调整。
一是强调三军总参谋长和三军总参谋部在作战指挥中的核心领导地位。军事指挥权归三军总参谋长，由三军总参谋长通过三军总参谋部、联合作战中心、联合作战计划参谋部和特种作战司令部指挥作战行动。二是设立联合作战中心，由三军总参谋部直接指挥，取消各军种参谋部的作战指挥职能。三是成立直属三军总参谋长的诸军种作战计划参谋部和军事情报局，由三军总参谋部统一计划、组织和协调指挥法军及与盟国军队的联合行动。
改组后，三军总参谋部的内部分工更加明确、更加合理，最终形成三军总参谋长-三军联合作战中心-战区联合作战指挥部构成的3级作战指挥体制，提高了诸军种合成指挥效能。
各军种参谋长虽然没有指挥权，但实际权力很大，可全权负责本军种的预算安排、人员组织、军事装备分配以及战斗训练等除作战以外几乎所有事务。为加强集中指挥和推动军事转型，2005年5月，法国颁布新国防部法令，取代1982年2月8日的国防部法令，重新界定并强化三军总参谋长职能。
三军总参谋长被明确赋予负责法军全军军事规划准备和国际军事关系的组织活动，同时从各军种司令部手中获得领导军种日常行动的权力，各军种从此无法拒绝三军总参谋部过问各军种军事能力建设问题。可以说，自2005年起，各军种司令部不但在作战上隶属于三军总参谋部，在组织上也是如此，使三军总参谋长在作战指挥、军队建设上实现了垂直管理。这一重大改革，完全确立了三军总参谋长在作战指挥中的核心领导地位，使全军指挥权真正彻底集中于三军总参谋长一人手中。
在2013年马里的“薮猫行动”中，法军三军参谋部的作用得到检验。此行动由时任法国总统奥朗德亲自决策，三军总参谋长实施总体领导。2013年1月10日晚，法国接到马里“紧急军事援助”请求，11日上午奥朗德决定出兵。由于指挥权高度统一，当日下午参战法军陆、海、空、特种部队及部分国家宪兵力量就已经在三军总参谋长命令下实施军事打击。在三军总参谋部的直接指挥下，参战各军兵种部队实现紧密协调配合,成功完成了这次联合作战行动。
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