我们都知道菌肥最厉害的地方就是含有活性功能“菌”！
而菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。
土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，激活营养元素。
微生物菌在土壤中作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，给作物提供更多养分。
而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行。所以我们提倡有机肥和和菌肥搭配使用！
有机质和生物菌密切关系！
土壤理化性状的改善，加强了土壤有益微生物的活动，从而最大限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，反过来又刺激微生物的生长发育，促进作物生长，最终达到增产增收的目的。
另外，功能性微生物在作物根系周围形成优势种群，抑制或拮抗有害病原菌的生长繁殖，减轻了作物发生病害的程度，进而起到增加产量的作用。
根系衰弱：根系靠什么促？
首先是根的趋水趋肥性，使根系有一种内在的向外向下伸长的刺激，缺了有机质的土壤含水性差，各类肥料溶液向根部“表达”能力差，致使根系生长的内在刺激不足；其次，土壤微生物同根系的互动，是根系生长的外源刺激。
土壤板结的主要原因是有机质的缺失，而不是由于使用化肥。这并不是说化肥对土壤板结没影响。有机质缺失，化肥对土壤板结影响的烈度就更加凸显。而有机质丰富，化肥被利用率大大提高了，化肥残留于土壤中的硫酸根、氯离子、亚硝酸盐等物质会因转化为水溶有机化合物， 以及丰富的土壤微生物的多重作用而无害化，使土地可以永续耕作。
所以归根结底，化肥“使土壤板结”的负面作用并不是化肥之过，而是人们忽视了向土壤施用足量的有机肥料的结果。
土壤中有机质不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根际微生物群落稀疏，根系生长的外源刺激太弱，根系就失去了生长的外部刺激。
土壤板结和药害（土壤中农药残留严重）造成农作物多种病害。如果土壤中有机质丰富，这些危害是可以减轻甚至是可以避免的。
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