我們都知道菌肥最厲害的地方就是含有活性功能“菌”！
而菌肥中的菌賴以生存的條件是有機質。
土壤中有足夠的有機物或腐殖質時才能被微生物菌利用，進而使土壤微生物快速繁衍，激活營養元素。
微生物菌在土壤中作用主要是產生各種酶，分解各種養分，產生各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養分。
而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足夠的有機質才行。所以我們提倡有機肥和和菌肥搭配使用！
有機質和生物菌密切關係！
土壤理化性狀的改善，加強了土壤有益微生物的活動，從而最大限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長髮育，促進作物生長，最終達到增產增收的目的。
另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發生病害的程度，進而起到增加產量的作用。
根系衰弱：根系靠什麼促？
首先是根的趨水趨肥性，使根系有一種內在的向外向下伸長的刺激，缺了有機質的土壤含水性差，各類肥料溶液向根部“表達”能力差，致使根系生長的內在刺激不足；其次，土壤微生物同根系的互動，是根系生長的外源刺激。
土壤板結的主要原因是有機質的缺失，而不是由於使用化肥。這並不是說化肥對土壤板結沒影響。有機質缺失，化肥對土壤板結影響的烈度就更加凸顯。而有機質豐富，化肥被利用率大大提高了，化肥殘留於土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質會因轉化為水溶有機化合物， 以及豐富的土壤微生物的多重作用而無害化，使土地可以永續耕作。
所以歸根結底，化肥“使土壤板結”的負面作用並不是化肥之過，而是人們忽視了向土壤施用足量的有機肥料的結果。
土壤中有機質不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源刺激太弱，根系就失去了生長的外部刺激。
土壤板結和藥害（土壤中農藥殘留嚴重）造成農作物多種病害。如果土壤中有機質豐富，這些危害是可以減輕甚至是可以避免的。
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