打敗盧明月部隊後，秦叔寶打響了自己的名頭，張須陀對他刮目相看，讓他跟在自己身邊，此後，秦叔寶大殺四方，跟著張須陀到處討伐起義軍，順利的鎮壓擊敗了好幾路實力不錯的起義軍，戰無不勝。起義軍就成了他的工作，簡直就是死對頭，但是嚴格來說，這些都不算是真正的起義軍。
因為他們大都是為了生存，而不是有著嚴明紀律的反對帝王的部隊，都幹著燒殺搶奪的營生，根本就不是真正的起義。後來，張須陀帶著秦叔寶又立了許多功勳，在海曲之戰上，叔寶給士兵起了帶頭作用，絲毫沒有因為自己得到張須陀的賞識就失去了那股勁頭，他大頭衝鋒，打敗了宣雅，升了職位，這算是他的第一個官職吧。
但是不巧的是，這個時候天下已經大亂，起義的軍隊有多又亂，根本除不盡，反而不斷增加，對於對抗起義軍的張須陀來說，就註定他的工作不好做了，616年，張須陀與與還算強大的瓦崗交戰，被敵人算計，中了埋伏，被團團困住，本來已經奮力衝出突圍，但是手下的將領都還在抵抗，他就返回去援救他們，在起義軍中進進出出了四次，最後沒能逃出，戰死沙場。
有人說他殺人無數，殺得還都是起義軍，就是個滿手都是起義軍鮮血的人，但是，這些都不算是真正的起義軍，做的都是坑害百姓的事，而且張須陀掏出去後又反身營救部下，這樣的將領怎能不讓人佩服，讓人頗為感動，他死後，突出重圍的部下都很是傷心，非常的悲痛。張須陀死後，秦叔寶帶領著剩下的部下投靠了裴仁基，從此受他的指揮。
617年，裴仁基眼看瓦崗勢力強盛，自己不是對手，乾脆跟隨他們起義吧，就投靠了瓦崗，秦瓊自然也成了李密的手下。瓦崗的李密出身可謂是高貴顯赫，家裡都是當官的，但他卻不像其它的世家公子一樣，看不起別人，據記載，在選擇誰當瓦崗第一領導的時候，他放下身段，與翟讓過招，他們比的是射箭，誰射的準誰以後就是第一人，這大當家的比試當人不能太簡單了，他們在靶子上寫一個王子，王子的最中間就是靶心，誰射中了靶心，那當然誰就是王。
寫王字的時候還被特意寫的很細，李密淡定的拉起弓箭，瞄準後射了出去，一擊即中，就當上了寨主，也就是大當家。她的眼光也是毒辣，一眼就看中了秦瓊，讓他帶自己的親衛兵。618年，李密的軍隊與宇文化及的部隊開始決戰，那打的是天昏地暗，簡直能殺上一天，就是分不出勝負，終於一次，李密被飛出來的弓箭射中了，摔下馬後就昏迷不醒了，大家都以為大當家的被射死了，頓時情緒低沉，沒有了信心，眼看著敵軍就要衝過來了，秦叔寶沉著冷靜，從大人的部隊中救出來李密，然後又聚集了剩下的兵力。
李密回來後，發起反抗，戰士們氣勢大漲，擊敗了宇文的部隊。但自己也受到了很大的損傷，已經不適合再次交戰，迫切的需要休養，這時，又來了一個勢力，這個人是王世充，他想要趁著瓦崗還沒修養過來，趁機斬殺他們，帶領了20000大軍殺了過來，李密卻沒有想清楚利弊，非要正面進攻，王世充是破釜沉舟般的決心，他沒有帶大量的糧食，每個人都抱著必勝的決心，而瓦崗剛剛經歷了大戰，還沒有緩衝過來，結果自然是王世充獲勝，瓦崗從此不復存在。
李密讓下來昔日的兄弟部下，自己投靠了大唐，秦叔寶沒有了辦法，只能投降王世充。這個王世充人品就不行了，奸詐小人，都覺得跟著他沒有出息，當即離開了他，投靠了李淵，去跟隨大唐建立一番事業。秦叔寶和程咬金歸順大唐後，李淵給特們拍到了李世民的手下，這個時候的秦叔寶也就二十出頭，與李世民年齡相仿，脾氣相投，當然受到重視，當上了馬軍總管，成為了李世民手下的先鋒部隊，王牌軍啊可謂是，此後就開始了征戰沙場。
每次遇到敵方的猛將精銳士兵，李世民就拍出自己的王牌秦叔寶，讓他騎馬拿槍上前開路，秦叔寶每次都做得很漂亮很成功，就只就是沒有對手，李世民把這些看在眼裡，他在李世民心中的分量不斷增加。在李世民的實力不斷強大後，終於迎來了危機，秦王府的將士要求殺掉李世民，這有秦叔寶沒有動搖，始終跟隨李世民，願意跟他一起受苦受難。李世民殺了皇太子，成為了皇儲，不久成為了唐太宗，願與自己同生共死的秦叔寶自然封官加爵不在話下，成為了大將軍。
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