“如果有一天你碰到一個跟你長的一模一樣的人，你要把自己的命給他。”郭佑六歲的時候，母親告訴了他這個殘酷的事實。所以他的生命一直被這個詛咒般的叮囑所壓制，因為他不知道什麼時候會碰到和自己一摸一樣的人。
《天才J之謎題裡的倒計時》發生在《致命推理》之後，Satan正在尋找破解天眼系統最後一道防火牆的方法，全球40億生命在系統破解之後將會被偶然公式殺死。而唯一可以與之對抗的天才阿J卻陷入了和自己擁有同樣基因的克隆兄弟郭就的身份認同問題上。
天才阿J和兄弟郭就因為管家奶奶“筷子”而被聯繫起來，飽受肺癌折磨的“筷子”是撫養郭就的親人，但由於郭氏家族的計劃，他們一直流落他鄉。郭就也因此心生怨恨，與含著金鑰匙長大的阿J勢不兩立。
Satan的破解計劃有條不紊的進展著，他告訴郭就一個生物學上的現象。在南美的卡娜米亞島上，有一種特殊的植物叫做雙生花，一蒂雙花，長的一模一樣。這兩朵花從一出生就互相爭奪養分，但植物根部的養分只夠一朵花成長。到了花季，一朵花開，一朵凋零。
生物界的物競天擇似乎昭示著這樣一個道理，“真正美麗的東西都是獨一無二的”，Satan希望通過偶然公式實現他的夙願，成為世界秩序的掌控者。天才阿J和Satan的對決集中在如何破解天眼系統的第二道防火牆上。而防火牆和系統加密的技術支持正是格立公司。格立公司研發的浮動編碼技術不僅用在天眼系統的維護上，也被用來加密高中統考的試題。
這樣的劇情設計聽起來有點跳脫，但恰恰是最富有現場感的編排。《謎題裡的倒計時》作為《致命推理》所埋設線索的衍生，不僅劇情引人入勝，而且還很巧妙地插入了很多科幻設定：仿生人、數據安全等等。後者讓影片區別於瑪麗蘇的浪漫愛情網劇，讓還在學校讀書的漫畫迷們找到了移情的關鍵點，整體提升了影片品格。
《謎題裡的倒計時》是天才阿J的大腦和Satan的智能計算機之間的較量，阿J明白破解編碼的捷徑不是窮盡所有可能，而是尋找到編程者的思維方式。憑藉著這一優勢，天才阿J先於智能電腦破解出算法。但卻被Satan捷足先登。天眼系統被順利破解，全球40億份資料也被Satan順利竊取，這無疑給觀眾留下了巨大的懸念。
作為一部熟諳青少年亞文化的網絡電影，《謎題裡的倒計時》正在和它的觀眾一道將想象力和科學精神引入到公眾輿論場。它比瑪麗蘇的狗血愛情劇更能引發人們對於未來世界的關注，因為關心未來不只是科學家和科幻小說的工作，它也屬於青少年文化的一部分。極為難得的是，影片不僅劇情熱血，而且輸出著科學精神。或許我們將在最終章看到天才阿J和Satan之間的終極對決，也將會用數學公式發現那個神秘的X先生的真實身份！
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