章太炎精於《傷寒論》文獻研究及理論研究，他的研究成果至今猶有重大價值。1994年上海人民出版社出版《章太炎全集》，2016年重加編寫再次出版，內有多篇《傷寒論》文獻考據論文。
章太炎以《宋版傷寒論》為依據，將王叔和注語尋出，不僅確證王叔和絕未改竄經文，而且確證宋本《傷寒論》正文中有許多王叔和注語。這是一個前無古人的發掘工作。此前，人們讀的多是成無己《註解傷寒論》，而成無己對《傷寒論》正文中包含王叔和注語不曾知曉。讀趙開美白文本《傷寒論》者，對正文中的王叔和注，亦無所考、無所知。章太炎對王叔和注語的揭示與分析有重大意義。下引章太炎《論〈傷寒論〉原本及注家優劣》之文：
明趙清常所刻《傷寒論》有二：一單論本，為林億等校定者；一為論注本，即成無己所注者。單論本方下時有叔和按語（大字者，叔和按語也；夾註者，林億校語也）而成注本多刪之。如雲：
“疑非仲景方、疑非仲景意”者，凡得四條：1.芍藥甘草附子湯方下雲：疑非仲景方（68條）；
2.黃連湯方下雲：疑非仲景方（173條）；
3.蜜煎方下雲：疑非仲景意，已試甚良（233條）；
4.小青龍湯方下雲：蕘花不治利，麻黃主喘，今此語反之，疑非仲景意（39條）。
亦有明源流，較同異者，凡得七條：
1.柴胡桂枝湯方下雲：本雲人參湯，作如桂枝法，加半夏、柴胡、黃芩，復如柴胡法，今用人參作半劑（146條）；
2.生薑瀉心湯方下雲：附子瀉心湯，本雲加附子。半夏瀉心湯、甘草瀉心湯，同體別名耳。生薑瀉心湯，本雲理中人參黃芩湯，去桂枝、朮，加黃連，並瀉肝法（157條）；
3.大柴胡湯方下雲：一方加大黃二兩，若不加，恐不為大柴胡湯（103條）；
4.麻黃杏子甘草石膏湯方下雲：溫服一升，本雲黃耳杯（63條）；
5.去桂加白朮湯方下雲：附子三枚，恐多也。虛弱家及產婦減服之（174條）；
6.桂枝二麻黃一湯方下雲：本雲：桂枝湯二分，麻黃湯一分，合為二升，分再服，今合為一方（25條）；
7.桂枝二越婢一湯方下雲：本雲當裁為越婢湯、桂枝湯，合之飲一升；今合為一方，桂枝湯二分，越婢湯一分（27條）。
這是章太炎從宋本《傷寒論》發掘出來的王叔和按語。章太炎通過精心研考，發現宋本《傷寒論》正文中包含王叔和之語，實為突破性的研究成果。章太炎讀書心細如髮，目光如電，罅漏畢照，所以才有這樣的成就。下面是章太炎對上述材料的分析判斷：
其稱“本雲”者，是仲景原本如此。其雲“疑者”，則不敢加以臆斷。此等成本多刪去之，唯存芍藥甘草附子湯、大柴胡湯、麻黃杏子甘草石膏湯、桂枝二越婢一湯方下四事爾。假令王叔和改竄仲景真本，疑者當直削其方。有大黃無大黃者，當以己意裁定，焉用彷徨顧卻為也？王叔和於真本有所改易者，唯是方名，如上所舉生薑瀉心湯等；有所改編者，唯痙溼暍一篇。其文曰：“傷寒所致太陽痙溼暍三種，宜應別論，以為與傷寒相似，故此見之。”此則痙溼暍等本在太陽篇中，王叔和乃別次於太陽篇外。詳此諸證，即知王叔和蒐集仲景遺文，施以編次，其矜慎也如此，猶可以改竄誣之耶？
章太炎雲：“本雲者，是仲景原本如此”，許多讀者對“本雲”缺乏正確理解，章太炎予以正確解釋。（錢超塵 北京中醫藥大學）
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