这本书断断续续的译了一年多，本来是新书的，都变成老书了。Python发展这么快，有些内容都赶不上形势了。最近工作比较忙，没有时间把它翻译完了，幸好正文部分已完，就此截止了吧。翻译过程中学到了很多东西，也有许多感触，在这里记录一下。

我接触Python是在读博士后的实验室之后，之前用了六年的perl和C。新的实验室的氛围是用Python，所以就下决心转了过来的。最初用Python，它的强制缩进让我用起来很不舒服，有一种拘束感，这或许是用perl习惯的原因吧；但是，经过了更长时间的使用后，特别是现在，发现三年前写的代码，现在重新启用，还能看得很清楚，确实让人觉得很爽的。这在用perl时，是没有过的。

Python在生物信息中有很好的应用，正如我在ChinaUnix论坛的讨论中提到的：

“ 1，Python的学习曲线很好。对于没有接触编程的人能很快上手，对有编程经验的人更是容易写。

Python代码的阅读性好，学习别人写的Python，像在读一本小说一样流畅，这一点是别的语言比不了的。

2，Python的数据结构特别适合生物信息。比如Python的序列用于生物序列的分析是得天独厚的，其字典功能的强大更不用说了。

Python的面向对象很好，能很容易把生物信息学中的数据对象化。

3，Python有诸多的软件包支持，扩展性很好。除了有广泛的计算机科学的软件支持外，生物信息学中需要的许多模块有Biopython，pygr支持，还有matplotlib,networkx，scipy等科学计算、研究中强大的软件包支持，python是一种很好的胶水语言，与R有rpy的接口,能提供很好的统计学支持。

4，Python同样支持正则表达式，使得它在文本处理方面，能力不比perl差。

”（其他关于Python的这个应用调查见http://bbs.chinaunix.net/thread-3760935-1-1.html）

提到Python就不得不提perl。关于生物信息的perl和Python的比较和争论由来已久，这里我仅给出几个链接，看看大家怎么说的：

http://quwubin.is-programmer.com/posts/4039.html

http://www.yelinsky.com/blog/archives/344.html

http://www.dxy.cn/bbs/topic/8440360

http://www.zhihu.com/question/20091346

http://www.douban.com/group/topic/31254327/

这本书的翻译的过程中，有几个特点使我印象深刻：

1，本书对Python做了深入浅出的介绍，尽量避免了许多专业的编程术语，从生物信息应用的角度出发来教编程。同时它又旁征博引，为深入的学习提供了可能。课后的习题可以加深对本章概念的理解。

2，它不仅是Python的基础教程，还有大量的第三方应用包的介绍，使读者能很快的适应python的开发环境做一些小的应用。在开发中学编程是最好的学编程的方法。

3，作者对所有的书中的代码都有网上的链接。可以直接下载使用，便于读者的学习。

4，作者的某些章节的介绍，说理清楚，例子举得恰当。比如数据库一章，通过循序渐进的例子，把数据库设计分析得条条是道，很另人佩服。

当然它也有一些不足，就重要的说几点，

1. 本书对python初学者是一个很好的教材，但是它对于如何使用help和dir却没有介绍，不能说不是一个重要疏漏。这里我补充一下：

在python交互方式下，对任何一个对象，包、函数或类，都可以用help（ObjectName）的形式，显示其函数的帮助。用dir(ObjectName)的方法，可以显示对象的属性和方法列表。

这个两个函数在用Python在工作中是必备的。

1. 本书讲的是生物信息学的应用，有几个软件包是用的非常多的，它却没有提及，比如：

a．rpy/rpy2, Python和R的接口，可以在Python中调用R的对象和函数；

b．numpy/scipy, 用于科学计算的软件包；

c．matplotlib，Python的科学绘图包，图形酷似matlab的图，非常漂亮。

d．networkx，复杂网络研究的软件包，系统生物学用的很多。

1. 原书内容，排版和拼写中还有些错误，不多，我在译文已尽量改正了。

当然我这里是有点鸡蛋里面挑骨头了，一本书不可能包罗万象。这本书涵盖的内容已经让我受益匪浅，只是愿望中这样的好书希望它能无瑕疵罢了。

有网友提到是不是能把文稿打成pdf，以便于学习，很抱歉最近工作太忙，实在没有时间整理了。本书的第四部分的若干程序，由于网上有代码，就不在这里排版了，偷懒了，呵呵。

非常感谢Yummy对译本提出的大量修改意见，还有各位朋友的关注和意见。译文中肯定还有很多不足和错误，这里仅供参考，还请读者对照原文阅读。请方家多加指正。

前言

第一部分 编程

第一章 介绍

第二章 初识Python

第三章 基本编程：数据结构

第四章 编程：流程控制

第五章 处理文件

第六章 代码模块化

第七章 错误处理

第八章 面向对象编程（OOP）介绍

第九章 正则表达式

第二部分 Biopython

第十章 Biopython (I)

第十章 Biopython (II)

第三部分 高级主题

第十一章 网络应用

第十二章 XML

第十三章 Python和数据库

第十四章 合作开发：版本控制

第四部分 带注释代码的Python菜谱 第十五章 批量操作序列

第十六章 过滤载体污染的网络应用

第十七章 用Prime3寻找PCR引物

第十八章 对引物集计算解链温度

第十九章 从Genbank过滤出特定字段

第二十章 转换XML BLAST文件到HTML

第廿一章 推导剪切位点

第廿二章 用限制性内切酶处理DNA突变

第廿三章 多序列联配的网络服务器

第廿四章 用存储在数据库中数据来画标记位置

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