這本書斷斷續續的譯了一年多，本來是新書的，都變成老書了。Python發展這麼快，有些內容都趕不上形勢了。最近工作比較忙，沒有時間把它翻譯完了，幸好正文部分已完，就此截止了吧。翻譯過程中學到了很多東西，也有許多感觸，在這裡記錄一下。
我接觸Python是在讀博士後的實驗室之後，之前用了六年的perl和C。新的實驗室的氛圍是用Python，所以就下決心轉了過來的。最初用Python，它的強制縮進讓我用起來很不舒服，有一種拘束感，這或許是用perl習慣的原因吧；但是，經過了更長時間的使用後，特別是現在，發現三年前寫的代碼，現在重新啟用，還能看得很清楚，確實讓人覺得很爽的。這在用perl時，是沒有過的。
Python在生物信息中有很好的應用，正如我在ChinaUnix論壇的討論中提到的：
“ 1，Python的學習曲線很好。對於沒有接觸編程的人能很快上手，對有編程經驗的人更是容易寫。
Python代碼的閱讀性好，學習別人寫的Python，像在讀一本小說一樣流暢，這一點是別的語言比不了的。
2，Python的數據結構特別適合生物信息。比如Python的序列用於生物序列的分析是得天獨厚的，其字典功能的強大更不用說了。
Python的面向對象很好，能很容易把生物信息學中的數據對象化。
3，Python有諸多的軟件包支持，擴展性很好。除了有廣泛的計算機科學的軟件支持外，生物信息學中需要的許多模塊有Biopython，pygr支持，還有matplotlib,networkx，scipy等科學計算、研究中強大的軟件包支持，python是一種很好的膠水語言，與R有rpy的接口,能提供很好的統計學支持。
4，Python同樣支持正則表達式，使得它在文本處理方面，能力不比perl差。
”（其他關於Python的這個應用調查見http://bbs.chinaunix.net/thread-3760935-1-1.html）
提到Python就不得不提perl。關於生物信息的perl和Python的比較和爭論由來已久，這裡我僅給出幾個鏈接，看看大家怎麼說的：
http://quwubin.is-programmer.com/posts/4039.html
http://www.yelinsky.com/blog/archives/344.html
http://www.dxy.cn/bbs/topic/8440360
http://www.zhihu.com/question/20091346
http://www.douban.com/group/topic/31254327/
這本書的翻譯的過程中，有幾個特點使我印象深刻：
1，本書對Python做了深入淺出的介紹，儘量避免了許多專業的編程術語，從生物信息應用的角度出發來教編程。同時它又旁徵博引，為深入的學習提供了可能。課後的習題可以加深對本章概念的理解。
2，它不僅是Python的基礎教程，還有大量的第三方應用包的介紹，使讀者能很快的適應python的開發環境做一些小的應用。在開發中學編程是最好的學編程的方法。
3，作者對所有的書中的代碼都有網上的鏈接。可以直接下載使用，便於讀者的學習。
4，作者的某些章節的介紹，說理清楚，例子舉得恰當。比如數據庫一章，通過循序漸進的例子，把數據庫設計分析得條條是道，很另人佩服。
當然它也有一些不足，就重要的說幾點，
- 本書對python初學者是一個很好的教材，但是它對於如何使用help和dir卻沒有介紹，不能說不是一個重要疏漏。這裡我補充一下：
在python交互方式下，對任何一個對象，包、函數或類，都可以用help（ObjectName）的形式，顯示其函數的幫助。用dir(ObjectName)的方法，可以顯示對象的屬性和方法列表。
這個兩個函數在用Python在工作中是必備的。
- 本書講的是生物信息學的應用，有幾個軟件包是用的非常多的，它卻沒有提及，比如：
a．rpy/rpy2, Python和R的接口，可以在Python中調用R的對象和函數；
b．numpy/scipy, 用於科學計算的軟件包；
c．matplotlib，Python的科學繪圖包，圖形酷似matlab的圖，非常漂亮。
d．networkx，複雜網絡研究的軟件包，系統生物學用的很多。
- 原書內容，排版和拼寫中還有些錯誤，不多，我在譯文已儘量改正了。
當然我這裡是有點雞蛋裡面挑骨頭了，一本書不可能包羅萬象。這本書涵蓋的內容已經讓我受益匪淺，只是願望中這樣的好書希望它能無瑕疵罷了。
有網友提到是不是能把文稿打成pdf，以便於學習，很抱歉最近工作太忙，實在沒有時間整理了。本書的第四部分的若干程序，由於網上有代碼，就不在這裡排版了，偷懶了，呵呵。
非常感謝Yummy對譯本提出的大量修改意見，還有各位朋友的關注和意見。譯文中肯定還有很多不足和錯誤，這裡僅供參考，還請讀者對照原文閱讀。請方家多加指正。
前言
第一部分 編程
第一章 介紹
第二章 初識Python
第三章 基本編程：數據結構
第四章 編程：流程控制
第五章 處理文件
第六章 代碼模塊化
第七章 錯誤處理
第八章 面向對象編程（OOP）介紹
第九章 正則表達式
第二部分 Biopython
第十章 Biopython (I)
第十章 Biopython (II)
第三部分 高級主題
第十一章 網絡應用
第十二章 XML
第十三章 Python和數據庫
第十四章 合作開發：版本控制
第四部分 帶註釋代碼的Python菜譜 第十五章 批量操作序列
第十六章 過濾載體汙染的網絡應用
第十七章 用Prime3尋找PCR引物
第十八章 對引物集計算解鏈溫度
第十九章 從Genbank過濾出特定字段
第二十章 轉換XML BLAST文件到HTML
第廿一章 推導剪切位點
第廿二章 用限制性內切酶處理DNA突變
第廿三章 多序列聯配的網絡服務器
第廿四章 用存儲在數據庫中數據來畫標記位置
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