崔永元方舟子事件的矛盾最早起源於2013年的"轉基因"之爭。
方舟子發起了一項食品科學實踐活動，而崔永元對此發出了質疑，兩人就此開始爭論，最後上升到質疑對方的語言邏輯、科普資格的問題。
崔永元
方舟子
2013年9月兩人因"轉基因之爭"開始辯論，期間兩人均出現語言辱罵行為，隨後兩人爭論便開始了。
2013年12月崔永元自費50萬再次赴美調查轉基因。崔永元離開央視，並透露方舟子向央視"告狀"，方舟子予以否認。辯論升級為鬧劇。
2014年1月崔永元轉帖"方舟子在美國究竟擁有幾處房產？"並評論稱："我不認為這些錢都是肘子嗑普騙來的，肯定還有其他的騙法。"方舟子質疑崔永元的"崔永元公益基金"，針對"口述歷史"和"鄉村教師培訓"項目報告提出質疑。
2014年1月13日方舟子正式起訴崔永元損害其名譽權，索賠30萬元。2014年4月崔永元提起反訴，索賠67萬元。
2015年6月海濱法院公開宣判：雙方均構成名譽侵權，互賠4.5萬元。相互道歉，刪除侵權微博。
那麼，崔永元為什麼要反對轉基因呢？
崔：
我有選擇的自由
基因有可能有害
關於轉基因，方舟子通過試吃轉基因食品等有影響力活動表明"創造條件讓國民可以天天吃轉基因食品"的立場，崔永元的最基本論點是在不明白轉基因食品是否安全的情況下，民眾有權選擇吃轉基因食品也可以選擇不吃轉基因食品，並且自費調查轉基因食品的安全狀況。由此而形成了挺轉與反轉的爭論，我們絕大多人對轉基因食品的問題是不瞭解的，包括所謂的挺轉人士，甚至方舟子也不是這方面的專家。
這場爭論，無論誰贏對我們民眾都有好處，會讓我們更接近真相，當然這要依賴於全過程的透明（法律上也一樣）。從立場上來看，崔永元是在為大多數民眾爭取選擇的權利，你能支持誰自己判斷。
崔永元和方舟子的爭論：
崔永元：
轉基因食品，你吃嗎，可以選擇吃，我可以選擇不吃。
你可以說你懂"科學"，但我有理由有權利質疑你懂的"科學"到底科學不科學。
你可以說我白痴，我也可以說你白吃。
方舟子：
你當然可以選擇不吃，但是不要傳謠阻礙中國農業技術發展。
我科普的是各國際權威科學機構認可的科學，你根本不懂，有何資格質疑？
崔永元：
哪句是"傳謠"？你怎麼知道我不懂？
先補習一下語文和邏輯入門再"科普"好不好？
這麼兩句中國話都看不明白，有何資格科普？
方舟子：
說轉基因玉米讓老鼠長腫瘤，轉基因大米有問題，是不是謠言？
你上過了幾節生物課，讓你覺得自己比生物學家都懂什麼是轉基因？
我一個生物化學博士，寫了二十多本科普書，還沒資格做科普？
我做科普的資格還要由一個主持人來認定？
不僅做科普要有語言和邏輯，做主持人也要有語言和邏輯。
比如才說了"你可以說我白痴"，真被人當成是轉基因方面的白痴了，馬上又改口說"你怎麼知道我不懂"，這又是哪門子的"語言和邏輯"？
別人究竟可不可以說你白痴？
在我看來，轉基因本來就違背了生物的生長特性，如果真的食用轉基因食品的話，對人體肯定是有一定的不好的。
對於此事件，大家有什麼觀點呢。
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