大腦灰質異位的臨床表現有：癲癇發作，約80%的腦灰質異位症患者伴有癲癇發作，常為難治性癲癇發作，癲癇發作的類型與腦灰質異位症的位置、形狀及大小有關；精神智力發育障礙；神經系統功能障礙。
如果伴有不可控制的癲癇，需要謹慎選擇植入人工耳蝸。如果伴有精神智力發育障礙也會影響術後康復進展；神經系統功能障礙可能導致言語理解效果差。
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