元朝殘餘力量北逃後，是為北元，北元又分裂為韃靼和瓦剌二部。其中韃靼衰退，瓦剌遂成為中國北疆的最大威脅。此後由於與明朝的長期戰爭及內亂、內戰不休，元氣大傷，蒙古人逐漸喪失了進取中原的雄心。但在失去了原農業地區的支援和調節，單一的原始畜牧業和不發達的手工業使蒙古人的生活陷於困境。獲取漢地的物資成為蒙古部落的期盼。而朝貢和打仗都是獲取物資的手段，因而韃靼、互剌諸部及兀良哈三衛不斷襲擾明朝邊地，往往是大掠之後自動退兵，形成歷史上所謂的“北虜之患”。隨著明朝吏治腐敗程度的不斷加深，邊防力量漸趨削弱，“北虜之患”日益加重。
瓦剌也先汗在1449年(明英宗正統十四年)入寇中國，是為土木堡之變。蒙古在此後百年的內鬥，韃靼重奪主宰地位，韃靼土默特部的俺答脫穎而出，於明嘉靖年間獨立建國，進而威脅中原。
嘉靖年間，韃靼諸部屢屢入犯，兵力動輒數萬，甚至數十萬，明王朝的腐敗軍隊根本抵擋不住蒙古人驍勇善戰的騎兵。1546年(嘉靖二十五年)，俺答稱汗，遣使議和並求通貢市，明世宗屢次拒絕。1550年(嘉靖二十九年)六月，韃靼首領俺答率領所部數萬精兵犯大同、薊鎮，大破古北口入塞，一直攻到北京城下。而明軍不僅京營官兵毫無鬥志，各路“勤王”之師也怯懦不敢戰，聽任韃靼軍隊在京師周圍肆意劫掠八日，滿載而去，史稱“庚戌之變”。俺答以武力成功逼使明廷答應開市，但北部邊境薊遼地區的滋擾直到1553年(嘉靖三十二年)方始消停。
1567年(隆慶元年)，俺答數犯邊地，而土蠻亦同時入寇，進犯薊州，蹂躪昌黎、撫寧、樂亭、盧龍，使人民的生命財產遭受嚴重損失，邊境形勢極為嚴峻。朝廷商議對策，工科給事中吳時來提議調兩廣總督譚綸、福建總兵戚繼光、廣西總兵俞大猷到北方“專督練邊兵”。福建巡撫涂澤民則懇求：“戚繼光才猷超邁，忠勇性成，功勳茂著，八閩愛戴，如出一口。……蓋一日有閩即不可無此官，乞將戚某專心料理閩事”。兵部意見：“戚某與譚綸向在福建，文武相資，練兵禦寇，立有成效，應取回京，共修戎政。”明穆宗朱載垕決定：“速召戚某同譚綸回京，訓練兵馬，以備緩急之用。”
戚繼光於1568年(隆慶二年)二月任神機營副將;五月，總理薊、昌、保練兵事務，節制三鎮與總督同;三年正月，破例以總理兼任薊鎮總兵，鎮守薊州、永平、山海關等處。譚綸則於1568年(隆慶二年)三月任薊遼總督;四年十月為兵部左侍郎，協理京營戎政;六年七月為兵部尚書，入掌兵部。戚繼光兼任薊鎮總兵後，在長期的親密戰友譚綸的極力舉薦和傾力支持下，在內閣大學士張居正(隆慶六年六月出任首輔)的高度賞識和極度信任下，開始了軍事生涯的又一次輝煌。
1570年(明穆宗隆慶四年)，俺答為救孫兒把漢那吉，與明朝開始和談，次年達成協議，明朝封俺答為順義王，開放十一處邊境貿易口岸，史稱俺答封貢。北虜問題至此告一段落，封貢換來北疆過百年和平，直到滿清崛起時，九邊烽煙再現。可以說，蒙古人自從被朱元璋逐回草原那一天起，無時不想著“光復中原”，對於明朝的統一政策，必然是拼死反抗，和平統一是不現實的，明朝開通馬市互惠蒙古人，其實也是養虎為患。隨著滿清的崛起，和蒙古人一拍即合，在戰略上擠壓明朝的空間，互通聲勢，曾經強大的明朝在這樣的內憂外患中風雨飄搖，一直到滅亡。
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