紅籌架構主要有兩種類型，即直接股權控制和通過VIE協議控制。兩種類型的建立環節不同，其解除環節亦存在差別。
一、股權控制類紅籌架構拆除過程的涉稅問題
股權控制類紅籌架構中紅籌公司轉回境內上市時，境內擬上市主體保持不變，即紅籌架構中的外商獨資企業（WFOE）。股權控制類紅籌架構拆除的關鍵在於把實際控制人通過境外公司間接控制的境內擬上市主體的股權還原到境內實際控制人名下。實務操作中主要的形式是股權收購，主要環節如下圖示：
境內受讓方（如實際控制人、高管及PE投資者）收購擬上市主體的全部或部分外資股權，將其重組為境內人士控制的內資企業或中外合資企業，然後變更為股份有限公司。
涉及主要稅務問題包括：
1、境外公司SPV向境內受讓方轉讓其所持有的境內擬上市主體的股權的企業所得稅問題
（1）境內受讓方應源泉扣繳企業所得稅
境內受讓方從境外公司SPV處受讓其所持有的境內擬上市主體的股權時，應向境外公司SPV支付股權轉讓價款。
根據《企業所得稅法》及其實施條例，以及《國家稅務總局關於加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函[2009]698號），境外公司SPV作為非居民企業，取得源自中國境內的股權轉讓所得，應當就其股權轉讓所得繳納企業所得稅，股權轉讓所得是指股權轉讓價減除股權成本價後的差額。同時，境內受讓方作為股權轉讓款的支付人，應當作為扣繳義務人，實行源泉扣繳，稅率為10%。
（2）股權轉讓對價確定的問題
鑑於境外公司向境內受讓方轉讓境內擬上市主體的股權時涉及企業所得稅源泉扣繳問題，且股權轉讓對價的確定關乎到轉讓方的所得稅繳納情況，因此，境外公司向境內受讓方轉讓股權時的轉讓對價確定亦是不可忽視的問題。
《國家稅務總局關於加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函[2009]698號）第七條規定：非居民企業向其關聯方轉讓中國居民企業股權，其轉讓價格不符合獨立交易原則而減少應納稅所得額的，稅務機關有權按照合理方法進行調整。
境外公司SPV作為境內受讓方的關聯方，在向境內受讓方進行股權轉讓時，必須要遵守以上規定。
已過會的世紀華通的招股書中提到，諸葛曉舟通過上興國際（BVI公司）持有華通有限30%的股權，考慮到上興國際作為BVI公司，透明度較低，為了增強公司股東的監管透明度，上興國際將持有的華通有限的股權轉讓給永豐國際（香港公司，諸葛曉舟100%控股），轉讓價格為註冊資本。但是當地稅務機關根據國稅函[2009]698號認定，此股權轉讓應按照獨立交易原則定價，因此上興國際於IPO期間補繳了2009年11月轉讓世紀華通3,900萬股股份產生的企業所得稅及滯納金共計263.45萬元。
在拆除紅籌架構過程中，涉及到股權轉讓對價確定的問題時，應遵循公平交易原則，合理確定交易價格。重點在公平交易，如果目標企業出現虧損或者剛成立不久，註冊資本作為定價依據亦是公允的。尤其是涉及到境外公司將股權轉讓給境內公司或自然人，受讓方支付轉讓對價需要匯出境時，外管局需要受讓方提交《對外支付稅務證明》。我們認為，在股權轉讓價款確定問題上應當與地方稅務主管部門進行充分溝通，對股權轉讓價的確定予以解釋和說明，以免出現後續被稅務部門按照獨立交易原則調整計稅基礎而補稅的風險。
2、境內擬上市主體外商投資企業性質發生變更可能涉及的稅收優惠問題
通過股權併購方式搭建紅籌架構的企業，其境內公司的性質是外商投資企業。根據《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法》第八條規定，生產性外商投資企業，經營期在10年以上的，從開始獲利的年度起，實行“兩免三減半”的稅收優惠政策，即第1年和第2年免徵企業所得稅，第3年至第5年減半徵收企業所得稅。外商投資企業實際經營期不滿10年的，應當補繳已免徵、減徵的企業所得稅稅款。雖然《外商投資企業和外國企業所得稅法》已經失效，但是根據《關於外商投資企業和外國企業原有若干稅收優惠政策取消後有關事項處理的通知》第三條之規定，外商投資企業按照《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法》規定享受定期減免稅優惠，2008年後，企業生產經營業務性質或經營期發生變化，導致其不符合《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法》規定條件的，仍應依據《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法》規定補繳其此前（包括在優惠過渡期內）已經享受的定期減免稅稅款。
可見，拆除紅籌架構導致境內企業性質變更的，將面臨著被追繳之前免徵和減徵的所得稅稅款的問題。但是，在實踐中，並非所有因拆除紅籌架構導致企業性質變更的都需要補繳稅款。符合一定條件下，可以無需補繳已免徵、減徵的稅款。
根據IPO案例，我們可以看到主要會存在以下三種情況：
（1）拆除紅籌架構之後，擬上市主體的控制權回到境內，但是仍保留部分境外投資者（不低於25%），以保持其外商投資企業的地位，就可繼續享有外商投資企業所得稅的優惠。
2008年《企業所得稅法》及其實施條例施行之後，居民企業的所得稅稅率統一調整為25%，外商投資企業的稅收優惠取消。但是作為過渡，根據《國務院關於實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》，原享受低稅率優惠政策的企業，在新稅法施行後5年內逐步過渡到法定稅率。原享受企業所得稅“兩免三減半”、“五免五減半”等定期減免優惠的企業，繼續享受優惠至期滿為止。
（2）拆除紅籌架構後保留部分境外投資者，且外國投資者的股權比例高於25%，其後因首發上市導致外資比例低於25%的情形。
根據2002年國家稅務等四部委聯合頒佈的《關於加強外商投資企業審批、登記、外匯及稅收管理有關問題的通知》規定，外國投資者出資比例低於25% 的外商投資企業，除法律、行政法規另有規定外，其投資總額項下進口自用設備、物品不享受稅收減免待遇，其它稅收不享受外商投資企業待遇。
而根據《關於外商投資企業合併、分立、股權重組、資產轉讓等重組業務所得稅處理的暫行規定》第五項第一款之規定：凡重組前企業的外國投資者持有的股權，在企業重組業務中沒有退出，而是已併入或分入合併、分立後的企業或者保留在股權重組後的企業的，不論重組前的企業經營期長短，均不適用稅法第八條關於補繳已免徵、減徵的稅款的規定。這裡的稅法第八條即為《外商投資企業和外國企業所得稅法》第八條。
（3）拆除紅籌架構之後，境內公司變為內資企業，但不需要補交稅款，代表案例：海聯訊。海聯訊信息2000年成立時為外商投資企業，2008年由於拆除紅籌架構變更為內資企業，經營期未滿10年，應當補繳相應的所得稅稅款。但是海聯訊地處深圳，根據深圳特區政府《關於深圳特區企業稅收政策若干問題的規定》，對從事工業、農業、交通運輸等生產性行業的特區企業，經營期在10年以上的，也實行“兩免三減半”的稅收優惠政策。可以看出，深圳市地方所得稅優惠政策和外商投資企業的稅收優惠政策在期限、金額方面存在重合。據此，海聯訊即使不再擁有外資身份，亦可根據地方政策享受優惠，從而免於補繳稅款的負擔。
綜上，對於拆除紅籌架構的企業，其之前作為外商投資企業享有的所得稅優惠，應當根據其變更之後的企業性質（外資或內資）和外資股權比例（大於或者小於25%）的情況分別對待。對於之前享有的稅收優惠不予補繳，應當由相應的稅務主管部門出文確認。
3、境外企業清算可能涉及個人所得稅問題
在紅籌架構拆除後，境外用於架構的離岸公司往往面臨清算註銷。此時，還應注意，境內自然人（實際控制人、高管等）所持股的離岸公司在清算註銷時，若發生股權溢價回購或清算後存在剩餘財產並分配至境內自然人，則境內自然人還可能產生個人所得稅的納稅義務。
二、VIE控制類紅籌架構拆除過程的涉稅問題
拆除VIE控制類紅籌架構的模式根據具體情況有各種選擇，但是其目的是一致的，主要就是解除VIE控制協議，還原真實股權結構、清理境外公司及其WFOE。
在普通情況下，VIE架構拆除所涉及的稅務問題也主要是境內受讓方收購SPV所持控制公司股權的企業所得稅問題、控制公司性質變更的稅收優惠問題等，與股權控制類紅籌架構無異。
當然，還可能存在運營公司股權轉讓的情形，鑑於運營公司為內資公司，股東亦均為境內自然人或法人，因此與普通股權轉讓無本質區別，重點問題在於注意轉讓定價，要符合獨立交易原則，以免被主管稅局進行納稅調整。
但是，在實際控制人、高管等無法取得足夠資金來源或引進足夠資金能力的境內投資人的情況下，單純以直接的股權收購來解除SPV與境內控制公司的關係以實現境外投資人退出可能無法實現。因此，在必要情況下，VIE架構拆除中還可能涉及使用利潤轉移渠道向境外輸送用於股權回購的資金，如境內控制公司向SPV分配利潤，或境內運營公司向境外公司支付特許權使用費等。以下就該等情況可能涉及的稅務問題闡述如下：
1、控制公司向境外SPV分配利潤或運營公司向境外公司支付特許權使用費的企業所得稅問題
根據《企業所得稅法》及其實施條例，境外SPV或離岸公司作為非居民企業，取得源自中國境內的股息、紅利等權益性投資收益和利息、租金、特許權使用費所得，以收入全額為應納稅所得額。同時，境內受讓方作為股權轉讓款的支付人，應當作為扣繳義務人，實行源泉扣繳，稅率為10%。
2、運營公司向離岸公司支付特許權使用費模式應特別注意，國稅總局新規對運營公司向離岸公司支付特許權使用費模式的避稅效果產生嚴重影響
根據《企業所得稅法》及其相關規定，境內公司向外支付的特許權使用費可以在企業所得稅稅前扣除，因此，在採取VIE架構的公司中，有時會通過境內運營公司直接與境外主體以商標、域名、著作權等特許權使用費形式搭建另一條利潤轉移渠道，利用特許權使用費預提所得稅稅率低於企業所得稅稅率的便利。
比如，註冊一家境外公司，以該境外公司的名義申請中國境內註冊商標，雖然該註冊商標只在中國境內使用，但是所有權人卻在境外。這樣境外所有權人通過將商標許可給境內運營公司使用、收取商標使用費，就可以用10%的預提所得稅加上5.6%左右的流轉稅，來換取境內運營公司25%企業所得稅的扣除，總體上達到避稅效果。但是，近期，2015年3月18日，國家稅務總局發佈了《關於企業向境外關聯方支付費用有關企業所得稅問題的公告》（以下稱《公告》），對該問題進行了規範。
《公告》規定，如果境外關聯方僅僅是無形資產的所有權人，但對於無形資產的價值形成沒有貢獻，那麼境內企業向其支付的特許權使用費就有可能不被允許在企業所得稅前扣除。這樣企業就要面臨一方面繳納境內25%企業所得稅、另一方面繳納10%預提所得稅的雙重徵稅風險。
其實不僅僅是VIE結構，許多紅籌架構中企業都在使用類似的方法向境外轉移利潤，它們在實施後，同樣面臨極高的稅務風險。
《國家稅務總局關於企業向境外關聯方支付費用有關企業所得稅問題的公告》（2015年3月18日發佈）規定，企業向未履行功能、承擔風險，無實質性經營活動的境外關聯方支付的費用，在計算企業應納稅所得額時不得扣除；企業向僅擁有無形資產法律所有權而未對其價值創造做出貢獻的關聯方支付特許權使用費，不得扣除；企業因接受不能為企業帶來直接或者間接經濟利益的勞務活動而向境外關聯方支付的費用，不得扣除；企業以融資上市為主要目的，在境外成立控股公司或者融資公司，因融資上市活動所產生的附帶利益向境外關聯方支付的特許權使用費，不得扣除。
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