马来西亚认为，其周边安全环境十分复杂，当前不仅面临与他国的领土争端等传统安全领域的问题，还面临恐怖主义、毒品走私等非传统安全领域的问题。马六甲海峡作为世界性的战略要道，加之丰富的自然资源，决定了马来西亚始终是外国势力争夺的目标。
马来西亚国土被南海分割为西马（马来半岛）和东马（沙巴及砂拉越）两个部分，为捍卫海上主权及其所谓的“专属经济区”内的油气和渔业资源利益，必然会与他国产生矛盾。此外，恐怖主义、毒品走私、非法移民、海洋资源争夺和海盗等问题也影响着马来西亚的安全与稳定。
马来西亚第18任武装部队总司令祖基弗里·宾・默罕默德・辛将军，在2011年6月发布的“一号命令”中详细阐述了马来西亚的安全环境：“全球地缘政治及地区形势的持续发展变化引发了对安全观和国防战略的重新诠释。”虽然当今东南亚的局势尚属平静，但是也存在着随时可能引发冲突的内部因素和外部因素。
近年来、随着中国和印度等亚洲大国的崛起，它们对东南亚地区的关注程度日益提升，其影响已经不仅仅局限于经济领域，还涉及到军事领域。相关各国旨在争夺南中国海资源而提出的领土要求被重新提起，马六甲海峡商船的通行安全问题也成为外部势力军事干预的借口。除此之外，非军事安全威胁也日益凸显，如跨国犯罪、公共安全、恐怖主义、自然灾害、影响国家政治稳定的社会动荡等等。
为此，马来西亚制定了长远防务战略的基本方针，以南海为主要战略目标，优先考虑海军和空军的建设发展，加强两个军种在南海的机动作战能力。作为南海争端的利益方．马来西亚一直在处心积虑地对南沙群岛部分岛礁实施军事占领。自1983年以来，马来西亚武装占据弹丸礁、光星仔礁、南海礁、榆亚暗沙和簸箕礁5个南沙岛礁，建设了以弹丸礁海军站为母站的一系列军事设施，以加强对这一海域的管控。1981年成立的海军特种部队，专门负责保卫其“专属经济区”等战略要地。与此同时，马来西亚军方还抓紧扩建兰卡威、纳闻、哥打基纳巴卢等海空军基地，加强海、空军的协同作战能力。
为实现军队的现代化．2009年马来西亚军方开始实施“马来西亚武装部队四维战略发展计划”。该战略计划有三个核心：联合部队，信息优势，水下、水面、地面、空中和信息领域的多维度。马来西亚军队希望政府在“第十个五年计划”（2011～－2015年）里能为“马来西亚武装部队四维战略发展计划”的实施提供大部分资金，并希望更好地解决三军协同及合成问题。马来西亚皇家海军规模有限，作为一支小型化部队，它必须通过革新以保持竞争力。
目前，马来西亚皇家海军正谋求创建一个由水面舰艇、飞机、潜艇和高素质军人构成的综合系统，但是所拥有的资源却十分有限。为保持先进性，马来西亚皇家海军只能积少成多，而不能重复建设。总体而言，马来西亚皇家海军面临着两大挑战：一是如何通过创新手段的应用来实现持续进步；二是如何通过技术更新，不断提高现有舰艇的战备水平和作战效能，以满足未来联合作战的需要。最近三年，马来西亚皇家海军实施的改革项目之一，就是将其现有舰队升级为“未来舰队”。马来西亚皇家海军“未来舰队”将包括新增的2艘“杰巴特”级护卫舰、18艘新一代巡逻舰、3艘多功能支援舰、3艘辅助舰、2艘潜艇、6架“超级山猫”直升机和多架海上巡逻机。事实上，马来西亚皇家海军潜艇部队从20世纪80年代就开始筹建，但是因为政府拨款的退缓粍费20多年直到2009年才开始列装，因此马来西亚皇家海军“未来舰队”的建成也将遥遥无期。
总之，马来西亚皇家海军未来的发展方向就是建设一支少而精的多功能舰队，使其有能力阻止其他国家对马来西亚海洋利益的侵犯，有效保障马来西亚的海上安全。
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