他支持學生愛國，軍警來抓人他把名單交了出去，之後學生更愛戴他了
八年抗戰中，西南聯大能夠團結發展，梅貽琦可謂功不可沒，提倡民主作風的梅貽琦喜歡說“吾從眾”。在處理很多具體的問題，梅貽琦非常注重調解三校的關係，比如解決老師的生活困難問題，工學院的清華老師組織了清華服務社，開展生產和勘查的業務，並且把賺來的收益補助給清華北大南開的困難師生，很多西南聯大的老師在回憶那段艱難歲月時，都對三校的合作精神大為讚美，鄭天挺先生曾說：西南聯大的八年時間裡，最值得珍貴的就是師生之間團結友愛的感情，不只是老師和老師之間，學生和學生之間，學校和學校之間也都是如此。
梅貽琦認為老師的職責不在於教導學生讀書，教學生如何做學問，而在於教學生如何做人，在這種思想的指引之下，西南聯大也誕生了很多令人稱道的學者，在抗戰的艱難時期，社會動盪不安，但是梅貽琦和西南聯大的教師們仍然堅持不懈，在危難時刻表現出中國知識分子的氣節和愛國之情。
值得一提的是，梅貽琦愛學生，保護學生是他身上最顯著的標籤之一，傅任敢先生在文章《值得我們學習》中曾這樣評價梅貽琦：做領袖的通常有兩種人，一種能夠讓人懾服，一種能夠讓悅服，梅校長毫無疑問是第二種，作為教育工作者，理應讓人悅服，因為教育的出發點就是愛。梅校長的品性中就具有這一點，他愛國家，愛清華，愛學校，愛他的學生，因此他把他的一生都奉獻給了學校，他曾經把他的兒子親自送到戰場，他也曾用自己的全部力量去保護自己的學生……
1935年，日本侵略者佔領了東北，華北整個中國陷入一片恐慌中，當時清華的愛國學生髮出呼籲，華北已經無法再安置一張平靜的課桌了！清華學生開始自發組織各種抗日愛國運動，結果卻遭到了軍警的鎮壓。一次，軍警到清華校園抓學生，學生們同警察發生了激烈的衝突，在場的老師們沒有任何主意，於是有人把目光投向了梅貽琦校長，意思是問我們該怎麼辦？平時很少說話的梅貽琦仍然沒有說話，直到國民黨向梅貽琦索要學生的名單，想要按照名單抓人時，梅貽琦終於開口說：你要名單，好，我這裡有一份，學生和老師都不理解梅貽琦的行為，不相信校長會出賣自己的學生，等到軍警開始按照名單抓人時，大家才發現軍警一個學生也沒有抓走，這是怎麼回事呢？原來梅貽琦只是把前一年的學生名單交給了軍警。
實際上梅貽琦非常理解也非常同情學生們的愛國感情，他礙於校長的身份不能參與，但是他一直在極力保護著他的校園和學生，學生遊行回來後，梅貽琦總是派人開車把學生接回來，對於當局逮捕開除學生，他也總是想方設法的加以保護，或者通知可能要被逮捕的學生立即離開學校。一次，為了保護一個學生脫險，他甚至把那名學生藏在自己的汽車裡想要偷運出去，而同學們也非常理解和體諒梅校長的苦心，每次發生學生運動，學生們害怕影響到梅校長，總是會貼出擁護梅校長的大幅標語。
1945年日本無條件投降，梅貽琦在西南聯大的使命也順利的完成了，最後三所學校師生先後北上返校，而清華更是在梅貽琦的帶領下第一個開學，並很快走上了正軌，迅速進入新的發展階段中。
可以說，抗戰烽火中的西南聯大之所以能夠傲然佇立，就是內部和外部共同努力的結果，外部取決於民主治校，學術自由的教育政策，而內在條件就是校長、老師，學生的全體努力，這一切都和梅貽琦不可分隔，在戰火頻頻，半壁淪陷的艱難環境中，梅貽琦保存了中國教育的元氣，用自己的精神力量鼓舞和帶動著學生們不斷前行，在中國現代史上最為艱難的風雨歲月中，西南聯大仍然能夠取得傲人的成就，正是中國現代教育歷史上的奇蹟。
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