天命十一（1626年）年，努尔哈赤去世，遗命阿巴亥殉葬。当时阿巴亥37岁，正值盛年，三个儿子阿济格22岁，多尔衮15岁，多铎13岁。阿巴亥百般支吾，不愿殉葬，但在诸王贝勒的逼迫下，最终自尽。
殉葬作为一种野蛮而残忍的落后制度由来已久，尽管早就有人提出应将其予以废除，却始终未曾彻底消失。明朝代替元朝之后，在复兴中原先进文明的同时，也恢复了这种落后的殉葬制度。
当时对殉死条件是有一定限制的：必须是爱妻，并且不能膝下有幼子。阿巴亥虽然是爱妻，但是却膝下有两幼子多尔衮和多铎，并不满足殉葬的要求。
关于阿巴亥的殉葬的原因，历史上众说纷纭，有观点认为，是皇太极为争汗位而制造的一场阴谋；也有观点认为，是努尔哈赤为惩罚阿巴亥与代善的私情。综合当时历史形势，阿巴亥不得不死的理由有三个。
第一，性格决定命运。阿巴亥性情善妒，从不懂得掩饰自己的情感，估计也得罪了不少人，早就成了人们的"眼中钉"。努尔哈赤在世之时，人们有所顾忌，努尔哈赤死后，他的遗孀大福晋也就成了待宰的羔羊，并且无力还手。
第二，新君政治集团的需要。乌拉那拉氏身为后金的国母，地位至尊，如不让她殉葬，等到她的三个儿子长大成人之后，倘若出现母-子联合的局面，那么对即位的新君将是一个巨大的政治威胁。
第三，努尔哈赤在世之时，应该是明确有过待其死后要以大妃殉葬的意思，于是诸贝勒也就乐得以此为借口，名正言顺地向大妃开刀了。
由此来看，说阿巴亥是皇太极阴谋害死的，的确是有些冤枉。在这件事上，皇太极不过是"顺水推舟"而已。
至于惩罚“阿巴亥与代善的私情”之说，则另有其深刻社会背景。后金有收继婚习俗，故努尔哈赤考虑在身后由大贝勒即二子代善继娶阿巴亥的打算。代善也知道父亲的这一想法，而阿巴亥也希望在努尔哈赤故去后在后金政权中寻找靠山，给三个小儿子铺开以后的生路。
但这种“默契”因小福晋德因泽的告发而大白于天下，成为纳尔哈赤的“家丑”。与此同时，德因泽又说大福晋送食物给代善和皇太极吃，但前者接受而食之、后者却接受而未食。后世因此有观点认为，德因泽告发是受到皇太极的指使，以达到排挤代善、打击阿巴亥的目的。
努尔哈赤派人调查属实，但由于家丑不可外扬，即以私藏金银的罪名而将阿巴亥"离弃"。阿巴亥因此带着儿子，过了一年多被休弃的日子，住在小木屋里自己煮饭吃。
关于私藏金银，阿巴亥是为了给亲生儿女奠定经济基础，暗下把家中的银两、绸缎、首饰及古玩等物，分别藏匿在大儿子阿济格和乌拉城娘家家中。
努尔哈赤先是派大臣额尔德尼等四人抄了阿济格的家，后又到乌拉城抄了娘家，索回了全部私藏财物。为了惩罚，努尔哈赤给阿巴亥制定了约法三章:一是不准她再与任何人来往，二是不准她听信谗言，三是与她隔房。
阿巴亥失宠，告发有功的庶妃德因泽和阿济根的地位迅速上升。然而，阿巴亥毕竟是阿巴亥，史书记载她"嫉妒、有机变"并非空穴来风，努尔哈赤占领辽阳之后，立即做出了一个重要决定，就是召回离异了一年的阿巴亥，将其重新立为大妃。由此可见，努尔哈赤仍旧对她有留念，他需要她为自己的事业助阵。
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