後期底質變壞的原因
（一） 在目前高密度、高投餌量、低透明度養蝦模式下，大量的飼料殘餌、排洩物、浮游生物屍體等有機物不斷沉入池底，是造成水質和底質變壞最重要的原因；大量的有機質存在，為池底厭氧性微生物大量繁殖提供了充足培養基。
（二） 大量而頻繁地排放水，使池塘泥土中礦物質和微量元素流失，造成塘底“沙漠”化，塘底滲漏，保水、保肥的功能減退。
（三） 有益微生物減少，致使池塘逐步失去生態平衡，塘底的自淨功能喪失殆盡，底質日益惡化，需要適當補菌。
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（四） 養殖水深與增氧能力脫節，造成底層溶氧不足，底泥發臭。池塘底層溶氧會經常不足，使有機物在厭氧狀態下分解，增加了氨氮、亞硝酸鹽的釋放量。
（五） 增氧機安裝位置不當，未能與池壁形成角度，導致大量髒東西在被帶到池邊角落形成死角，時間久了容易發臭。
（六） 水較瘦或藻類老化的池塘，藻類光合作用差，溶氧低，導致有害物質降解速度緩慢，底泥容易發臭。
（七） 經常使用絮凝劑和吸附劑，造成底質中大量的有害物質沉積，底泥變酸、發酵變臭。
（八） 藻類含量高、透明度低、水色濃的池塘，會減弱中下層水體的光合作用，中下層水體產氧能力下降，同時藻類的新陳代謝導致死藻量較大，也會造成底質惡化加快。
二、養殖戶怎麼處理：
攪動底泥
養魚期間，可用機械吸出部分淤泥以減少水中的耗氧，並及時為飼料地提高大量的優質肥料，或在晴天將淤泥噴至水的表層，充分利用上層的氧盈，加快淤泥中氧債的分解，以降低夜間下層水的時間耗氧量，防止魚類浮頭。可以選擇晴朗和有風的天氣，每1～2周進行一次。
施用生石灰
養殖期間可以施放石灰。施放石灰的數量視淤泥多少而定，一般為每666.7平方米20-40公斤，溶化成石灰水全池潑灑。施用生石灰的作用表現在以下幾方面:首先，施用生石灰於酸性底泥，可使pH值升高，有利於分解有機質的細菌繁殖，從而促進營養物質的再生循環，增加水質肥力。其次，施用生石灰可以增加水體的硬度和鹼度，較高的鹼度、硬度可以增強水體的緩衝容量，抑制pH值的強烈變化，提高了光合作用對二氧化碳的利用率。再次，殺滅淤泥中的魚類寄生蟲、病原菌和對魚類有害的昆蟲及其幼蟲等。另外，施用石灰還可以促進水體中腐殖質聚沉，從而增加水體的透明度，有利於浮游植物的光合作用。
還可使用過氧化鈣微粒製劑，不但可以增加水中的溶氧量，還可利用其產生的氧可以加速底部有機質的分解，改善池底淤泥的酸性環境，抑制硫化氫的產生。
施用光合細菌
光合細菌是一種水質淨化營養菌，具有優化水質，促進池底有機物循環，消除水中有害物質的作用，它能同化氨氮，增加水中溶氧和營養，促進浮游動物生長，從而使養殖水體少換水，節約能源。水體中水生動物的排洩物及從集水區流入的有機物，被有機營養細菌分解成有機酸和氨基酸。光合細菌再把這些組分作為基質加以利用，使自身得以增殖。在參與淨化水質的同時，又被輪蟲、枝角類所捕食，這些輪蟲和枝角類又成為魚類的餌料，改善了魚類的營養條件。
定期改底
中後期改底每10～15天進行一次；高溫天氣(水溫超過35℃)每7～10天1次,但底改產品用量稍減，因塘底水溫偏高,有機物腐爛要比平時快2～3倍,所以使用改底產品應少量多次。
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