1971年10月29日出生於廣東省汕頭市潮南區成田鎮家美社區家一村。
童年時，當時馬化騰的父母在東方縣工作，1984年13歲正在讀初二時馬化騰隨家人從海南遷至深圳 。隨後擁有了第一臺自己的個人電腦。
隨後就讀於讀於深圳大學計算機系計算機專業。馬化騰最喜歡的是用天文望遠鏡遙望星空。
1993年從計算機專業畢業後，馬化騰進入深圳潤迅通訊發展有限公司，開始做編程工程師，專注於尋呼機軟件的開發，至升任開發部主管。該段經歷使馬化騰明確了開發軟件的意義就在於實用，而不是寫作者的自娛自樂。潤訊提升了馬化騰的視野，以及給馬化騰在管理上必要的啟蒙。
1998年，實用軟件概念不僅培養了馬化騰敏銳的軟件市場感覺，也使他從中盈利不菲。馬化騰是風靡一時的股霸卡的作者之一，他和朋友合作開發的股霸卡在賽格電子市場一直賣得不錯。馬化騰還不斷為朋友的公司解決軟件問題。這使他不僅在圈內小有名氣，而且也有了相當的原始積累。
1998年馬化騰與他的同學張志東“合資”註冊了深圳騰訊計算機系統有限公司。之後又吸納了三位股東：曾李青、許晨曄、陳一丹。作為一家沒有風險資金介入就成立的軟件公司，初期的每一筆支出都讓馬化騰和他的同伴心驚。
在決定做OICQ的時候，當時國內已經有了兩家公司先做，產品比騰訊更有市場名氣。馬化騰沒有想得更多，除了因為這個產品可以和公司的主項發展業務移動局、尋呼臺、無線尋呼方案和項目相互促進外，也因為當時飛華、中華網等許多公司有意向做即時通訊項目，市場顯得很有發展前景。
初期發展過程中，騰訊經過一個很重要的賠償官司：在1999-2000年左右，仿照ICQ開發的OICQ搶了很多ICQ的用戶群，尤其是中國大陸用戶，後來ICQ公司通過法律途徑，最終判定騰訊敗訴，停止使用OICQ這個名稱，並歸還OICQ域名給ICQ公司，同時賠償了一定金額的費用，自此騰訊便使用了QQ這個名稱。
1999年2月，騰訊開發出第一個“中國風味”的ICQ，即OICQ後，受到用戶歡迎，註冊人數瘋長，很短時間內就增加到幾萬人。人數增加就要不斷擴充服務器，而那時一兩千元的服務器託管費對公司都不堪重負。
2000年，第一次網絡泡沫席捲了整個中國互聯網，騰訊進入了最為困難的時期，在面臨資金困難時，曾險些把開發出的ICQ軟件以60萬元的價格賣給深圳電信數據局，但終因價格原因告吹。
軟件賣不掉，但用戶增長卻很快，運營QQ所需的投入越來越大，馬化騰只好四處去籌錢，馬化騰拿著改了6個版本、20多頁的商業計劃書開始尋找國外風險投資，最後碰到了IDG和盈科數碼，獲得了第一筆投資。騰訊的發展逐漸步入了正軌。
2004年6月16日，馬化騰帶領騰訊在香港交易所主板掛牌上市
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