医疗救助基金以地方各级财政拨款为主，辅以专项福利彩票公益金、社会捐助等多渠道筹资；同时，中央财政通过专项转移支付对中、西部贫困地区给予适当支持。
各级政府采取了不同的筹资标准，有的根据辖区人口或低保人口定额列支，有的依据低保救助金按比例筹集，有的则根据贫困人群医疗服务需求据实筹资。医疗救助资金纳入社会保障基金财政专户，实行专项管理、专款专用制。
医疗救助实行民政部门主管，财政、卫生、社保、审计等多部门参与管理、督查等机制。作为一项复杂的系统工程，部门之间的合作与协调至关重要。
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