醫療救助基金以地方各級財政撥款為主，輔以專項福利彩票公益金、社會捐助等多渠道籌資；同時，中央財政通過專項轉移支付對中、西部貧困地區給予適當支持。
各級政府採取了不同的籌資標準，有的根據轄區人口或低保人口定額列支，有的依據低保救助金按比例籌集，有的則根據貧困人群醫療服務需求據實籌資。醫療救助資金納入社會保障基金財政專戶，實行專項管理、專款專用制。
醫療救助實行民政部門主管，財政、衛生、社保、審計等多部門參與管理、督查等機制。作為一項複雜的系統工程，部門之間的合作與協調至關重要。
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