中微在中國半導體產業的傳奇，不單是打破關鍵技術的壟斷，其創業 14 年來，三次面對大廠的專利侵權訴訟，都奇蹟似地從被動到主動，一直處於不敗之地。
2007 年，就在那年中微剛研發出來的刻蝕機，即將進入國際最先進的晶圓代工生產線時，他的老東家應材認為有竊密之嫌，因此在美國聯邦法院提出訴訟。 為了證明自己的清白，中微聘請了美國一流的知識產權訴訟律師，花了兩年半的時間，徹查了中微 600 多萬件文件和 30 多人的電腦和文件，都沒有找到關於應材的圖紙，技術數據和商業機密，這個訴訟最終得到和解。
在中微和應材的官司還沒和解之前，另一個美國競爭對手：泛林研發又向中微發難。泛林研發在 2009 年在臺灣狀告中微的專利侵權。尹志堯表示，公司創立時就研究過對方的專利，確認其專利無效的，即使對手的專利是有效，中微的設計是不一樣的，也未侵犯其專利。
該官司只經過 8 個多月，中微就取得了一審的勝利，對方上訴四次都被法院駁回。而在此過程中，中微更掌握確鑿的證據指出對方竊取中微高度機密的技術文件，並在上海法院提出告訴，最後取得訴訟的勝利。
2017 年 LED 設備廠商 Veeco 在美國紐約地方法院告 MOCVD 石墨托盤供應廠商給中微提供的石墨托盤侵犯 Veeco 專利，而中微也立即採取反制行動，向中國專利局與其他國家專利主管機構訴請 Veeco 的專利無效進行反擊。
但就在美國法院仍在審理 Veeco 專利是否有效、中微設計是否侵權時，美國方面就先宣佈對石墨托盤出貨禁令，讓中微無法獲得供貨，直到中微訴請 Veeco 的專利無效得到批准，且在福建法院狀告 Veeco 托盤鎖定的設計侵權，最後福建高等法院也對 Veeco 進口中國的 MOCVD 設備實施出貨禁令，一連串的動作讓 Veeco 不得不妥協，進而與中微進行和解談判，除了撤銷相關訴訟外，更進一步同意與中微共享石墨托盤專利。
和福建晉華鬥敗美光芯片一樣，尹志堯的中微比中芯幸運，三次面對國際大廠專利訴訟都奇蹟脫身，原因就在於國家有了應對企業爭端的經驗。而中芯當初對標臺積電失敗，就在於中芯反訴對手時，未得到支持。
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