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这个问题的答案是确定的，乙方肯定要开票给甲方。而需要承担多少税费，要根据甲、乙都是什么类型的纳税人以及40万是含税还是未税金额来计算，我们逐一假设各种情况来回答这个问题。
1、甲、乙双方都是一般纳税人，40万是未税的，那么乙方需要给甲方开据专票，税率是6%，那么乙方要开出含税40+40*6%=42.4万的发票，甲方需要支付乙方40万的设计费和2.4万的增值税。同时，乙方还要缴纳12%（7%的城建税，3%教育附加，2%地方教育附加）的三项附加税，一共是24000*12%=2880元。
2、甲、乙双方都是一般纳税人，40万是含税的，那么乙方需要给甲方开据税率为6%的专票，未税价是40/（1+6%）=37.74万，增值税款是2.26万，甲方需要向乙方支付总计37.74万的设计费和2.26万的增值税。同时，乙方还要缴纳12%（同上）的三项附加税，一共是22600*12%=2712元。
3、甲方是一般纳税人，乙方是小规模，那么乙方需要到税务局代开税率为3%的增值税专票，如果40万是含税的，则乙方应缴纳40/（1+3%）*3%=1.17万的增值税，甲方应向乙方支付38.83万的设计费和1.17万的增值税，同时乙方应缴纳总计1.17万*12%=1404元的三项附加税；如果40万是未税的，则乙方应缴纳40*3%=1.2万的增值税，甲方应向乙方支付40万的设计费和1.2万的增值税款，同时乙方应缴纳总计1.2万*12%=1440元的三项附加税。
4、甲乙双方都是小规模纳税人，那么乙方应向甲方开据税点为3%的增值税普通发票。如果40万是含税的，那么乙方应缴纳40万/1.03*3%=1.17万的增值税，开给甲方的发票上显示设计服务费38.83万，增值税额1.17万，总计40万。三项附加税同上是1404元。如果40万是不含税的，那么乙方应缴纳40万*3%=1.2万的增值税，甲方应向乙方支付40万的设计费和1.2万的增值税款，同时乙方应缴纳1440元的三项附加税。
5、甲方是小规模，乙方是一般纳税人，那么乙方需要开给甲方6%的增值税普票。如果那40万是含税的，那么乙方应缴纳40/(1+6%)*6%=2.26万的增值税，发票金额显示37.74万的设计服务费和2.26万的税额，同样的乙方需要缴纳2712元三项附加税。如果40万是未税的，那么乙方应缴纳40万%6%-2.4万增值税，发票金额显示40万的设计服务费和2.4万的税额，同时乙方需缴纳2880元的三项附加税。
以上，即是开具40万设计费的税费计算方法。如果甲方只付给了乙方40万的设计服务费，那这里可以理解为是含税的金额，那么乙方就只有按照含税情形下6%和3%两种税率来开据总额是40万的票，从上面可以找到对应的选项以及应缴纳的税款。
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首先请确认这边设计费是否是双方真实发生的交易，否则很容易涉及虚开发票的问题；如果是真实发生的，具体以下几个步骤：
1.确认甲、乙双方有无签订正式的合同，合同是证明交易真实发生的凭证之一；规避一定的风险；
2.确认合同约定的金额是否是含税金额，这个一般在签订合同的时候会有约定，如果是含税金额，那么40万元里就包含了增值税；如果40万元是不含税的金额，40万元乘以税率就是需要缴纳的增值税。
3.如果甲方需要开具的是增值税普通发票，那么只要对方提供税号，乙方就可以直接开具相应的普通发票；但是如果甲方是一般纳税人的话，对方需要开具的一般是增值税专用发票，因为可以作为甲方的进项税额进行抵扣，这个时候你需要向甲方要开票资料，然后根据其提供的开票资料进行开票，此时需要注意：
（1）若乙方是一般纳税人，则乙方根据甲方提供的开票资料，直接自行开票，税率是6%；
（2）如果乙方不是一般纳税人，而是小规模纳税人，小规模纳税人需要开具增值税专用发票需要到税务机关进行代开（除了几个行业的小规模纳税人可以自行开具增值税专用发票）；
（3）需要注意的是，小规模纳税人开具发票适用的征收率，而增值税一般纳税人用的是税率。不要搞错了。
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合法的都是需要开票的，首先确认合同金额是否是含税价格，如果未含税，按照行业标准来，设计费属于文化创意服务，现在已划入营改增试点行业，也就是可以开具增值税专用发票，适用6%税率，当然你还需要确认你（乙方）是小规模纳税人还是一般纳税人，小规模纳税人是开不了增值税专用发票，只能开增值税普通发票，小规模纳税人的服务税率是3%。所以，得看甲方需要什么样的增值税发票，因为两者不仅是税率不一样，而且增值税专用发票还可以进行进项抵扣，一般有规模的公司都会要增值税专用发票。
当然，如果说不是一般纳税人能不能开出增值税专用发票的，也是可以的，需要找当地税务部门代开。
所以，你说的费用应该就是不含税的销售收入*确定的税率。
供参考，欢迎讨论。
