想成爲PubMed高手必會的9個技巧

想成为PubMed高手必会的9个技巧

想成为PubMed高手必会的9个技巧

Pubmed作為國際上公認的最具權威的生物醫學文獻數據庫,是科研者文獻搜索的重磅利器。因而為了讓各位實驗新手快速晉級為玩轉Pubmed的科研達人,本文則將壓箱底的10大絕招傾囊相授,希望能助大家一臂之力。

1

廣撒網,多撈魚

在科研課題決定之初,利用Pubmed進行充分的文獻調研早已是一件家常便飯的事情,然而讓人頭疼是,在搜索關鍵詞後,跳出的結果大多不是自己想要的劇情,很多與關鍵詞不匹配的文章充斥其中,無疑加大了研究者文獻篩選的工作量。

舉個栗子,打開Pubmed網頁之後,在檢索框中,輸入Inflammatory bowel disease TNF後,點擊“Search”或按Enter鍵,結果如下圖所示。

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顯然,對於輸入Pubmed的多詞詞組,它會查詢詞組索引,如果查到相應詞組會將其作為一個檢索詞來檢索,但如果沒有查到相應詞組,則會將其拆分成單個詞分別檢索。所以Inflammatory bowel disease TNF就相當於Inflammatory AND bowel AND disease AND TNF。

如果不想把詞組分開咋辦?方法很簡單,四個錦囊妙計送給你:1)加雙引號:“Inflammatory bowel disease”TNF;2)加標段標識[tw]:Inflammatory bowel disease[tw] TNF;3)加短橫線:Inflammatory-bowel-disease TNF;4)加截詞符*:Inflammatory bowel disease* TNF

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2

查缺補漏,MeSH是“大功臣”

但是問題又來了,Inflammatory bowel disease還有一種縮略寫法IBD,上面的搜索方式無疑會漏掉一些文獻,而且還有一些關鍵詞還會有很多同義詞,不是一次性搜索就會全部出現的。此時,Pubmed裡的一款總結同義詞的利器——MeSH霸氣上線了。

以liver cancer lncRNA為例,在MeSH裡輸入liver cancer,就會跳出主題詞liver Neoplasms,這名詞看上去可就高大上多了。

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點擊第一個主題詞liver Neoplasms後,可尋找相應的副題詞並進行打鉤後,點擊右邊上的“Add to Search builder”加到你的關鍵詞構建(PubMed Search Builder)中。這樣第一條關鍵詞就是“肝腫瘤的遺傳學分析”

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然後不要退出,繼續輸入關鍵詞lncRNA,也通過“Addto Search builder”加到關鍵詞構建中,這個時候需要注意的是,用“And”這種邏輯語言的話,就代表求交集了,當然還可以自主換別的邏輯語言。構建完你的關鍵詞之後,點擊了“SearchPubMed”就OK了。

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3

精確檢索文章

當然你要是有所針對的或特異性的搜索具體作者、雜誌或者其他信息等,還可以進行更加高級的檢索,點Advanced就可以了!

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進去之後是個這個界面,檢索之後的步驟就是一樣的了:

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又或者,在Pubmed的主頁面中,點擊Pubmed Tools中的Single Citation Matcher,進入以下界面,輸入特定的雜誌、日期、作者名字(第一作者或通訊作者)即可靶向某篇特定的文章。

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4

獲取全文攻略

Pubmed是摘要數據庫,其本身並不提供文獻全文服務。對於檢索到的文獻,若檢索結果列表中顯示的PMC Full text 圖標的文章。這類文章可以直接到PMC 中去閱讀網頁版的全文,或者在網頁版全文閱讀頁面找到PDF 下載鏈接進行下載。

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另外,LinkOut-more resources這裡也可以鏈接到數據庫,若數據庫中的有全文鏈接,也可直接點擊PDF進行下載。

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5

臨床研究文獻檢索

一般,Pubmed檢索出的整體結果是未經分類,研究者需自行閱讀分類或使用filter(濾器)自行篩選。因而,若想查看具有針對性的臨床研究文章,也需花費大量的時間和精力。但是Pubmed主頁裡Pubmed Tools中的Clinical Queries可讓研究者簡便快捷的找到相關文獻。

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點擊後,可進入以下界面,其中包括了三大板塊:Clinical Study Categories(可選擇病因、診斷、治療、預後和臨床預測指南等)、Systematic Reviews和Medical Genetics(臨床遺傳學)。

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選擇右下的see all,回到PubMed主頁。輸入你的二級關鍵詞:TNF,點擊搜索文章即可。

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追蹤最新文獻

首先sign in to NCBI,即登陸“My NCBI”,沒有的小夥伴可以註冊一下。其次在搜索框中輸入breast cancer,點擊Search按鈕後在新界面中點擊Create alert。

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在新的界面中,根據自己的研究熱點、時間安排等來設置推送的文章內容以及接收頻率。設置完成後點擊save即可。

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之後,點擊右上角的My NCBI,可在以下界面中點擊Manage Saved Searches,可更改、刪除自己的設置。

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英文期刊查詢

當已知雜誌名稱或者雜誌ISSN號(國際標準期刊編號)時,在Pubmed檢索框分類選項中選擇“NLM Catalog”,在檢索內容框中輸入雜誌名稱(用引號進行限制)或ISSN號,點擊Search進行檢索即可。

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當已知某篇英文文章時,以《Surgical treatment of pulmonary tuberculosis:the phoenix of thoracic surgery》為例,可在Pubmed中檢索出該文章後,點擊雜誌名稱J Thorac Dis,此時會跳出自動選擇框,點擊選擇“Search in NLM Catalog”,即可進入雜誌信息頁面。

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8

Pubmed神插件

為了直接讓Pubmed直接顯示雜誌的影響因子,可以通過以下兩款神插件——pubmedy和“醫學文獻助手”來實現。將其安裝至瀏覽器後,會在Pubmed搜索界面下直接查看IF、Cited、Citation以及FullText(PDF)/direct pdf等。對於pubmedy插件,目前支持以下8種瀏覽器,一般將插件直接拖入瀏覽器即可。

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以Google瀏覽器的安裝為例,如下圖所示:

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9

手機上優雅地使用Pubmed

關注微信公眾號:Pubmedplus,然後即可手機頁面中點擊pubmed進入搜索界面。

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選擇“搜索”按鈕後,選擇相關文獻後,可查看其IF(影響因子)、Cited(被引次數)、Ref(參考文獻)、Fulllink(全文鏈接,其中FreeFull是免費的)、scihub。

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另外,該搜索引擎還可進行中文搜索,即實現中文輸入檢索式自動翻譯為英文,並進行搜索。還可通過“一鍵翻譯”將文章摘要直接翻譯為中文,準確度高!

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