信息系統缺少推理功能，不能從存貯的信息中推導出其他有用信息;信息系統中包含大量的重複信息元素，使系統顯得臃腫、低效。
而知識組織所形成的序化知識系統，能適時地將知識傳播到適當的地方和適當的人，不僅能存貯顯性知識，還能挖掘並存貯人的智慧和經驗等隱性知識;知識組織模擬人的感覺和思維規律進行組織，按照一定的推理策略，提供問題的解決方案;知識系統中的知識元素具有唯一性，不能重複，因而提高了系統的工作效率和結果的準確度。
信息組織僅侷限於對已存在的信息的組織，對於存貯於人腦中的隱性知識則無能為力。知識組織則不僅對顯性知識進行組織，而且還主動去探索人類的精神世界，併力圖從中挖掘出對社會發展有價值的隱性知識，以實現知識的全面共享，促進知識創新。
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